黄巢知攻东都无望，于是引兵南下，渡过长江，东趋下游。在越州(今浙江绍兴)，遭到镇海(今江苏镇江)节度使高骈部将张璘、梁缵的阻击，义军乃转由浙江南进，开山路七百里，进入福建，攻克福州(今属福建)。黄巢在福州大力打击官僚，地主，杀了顽固不化的“处士”周朴。

后率大军沿海岸南进，于六年九月攻占岭南重镇广州。经过大约两个月的休整，黄巢在这年冬又率领大军北伐，自号“义军都统”，并发表文告，宣布即将打入关中，指斥唐朝以宦官掌握朝政，纲纪紊乱，朝臣与宦宫勾结，贿赂公行;还宣布义军禁令，禁止刺史广殖财产，县令犯赃者全族处斩。他所指责的都是当时极弊，深得群众拥护。义军拥众数十万，从桂州(今广西桂林)出发，乘大筏沿湘江顺流北上，攻克潭川(今湖南长沙)，又下江陵(今属湖北)。本欲乘胜进兵中原，直趋关中，但至荆门(今属湖北)为唐将领刘巨客所败，乃转而东进。于广明无年(880)五月在信州(今江西上饶)击毙淮南(今江苏杨州北)节度使高骈的骁将张璘。

七月，自采石(今安徽马鞍山西南长江东岸)飞渡长江。高骄与唐廷有矛盾，又慑于义军声威，虽拥兵十幸万，但保境而已，不敢出战。黄巢渡江后门破竹之势跨越淮河，于十一月占领东都洛阳。进军途中，义军“整众而行，不剽财货”，沿途群众纷纷参加义军，众达百万。入洛阳城后，义至劳问冒民，间里晏然。黄巢北攻时，还特意转牒唐朝各镇兵将：你们各宜守垒，勿犯我兵锋。我将入东都，到京师向皇帝问罪，与你们无涉。这些话分化了敌人营垒，所以兵行无阻。黄巢在东都并未久留，随即转旗西指，于年底突破潼关(今陕西潼关东北)天险，最后攻下了京师长安。

唐僖宗和大宦官田令孜南逃成都。义军入城之日，向贫民散发财物，并由大将军尚让向群众宣布：“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹。汝曹但安居无恐!” 十二月十三日(881年1月16日)黄巢即位于含元殿，国号大齐，改元金统。原唐朝官员，四品以下酌情留用，三品以上全部罢宫。其中枢主要官员有：尚让为太尉兼中书令，赵璋为侍中;原唐官崔理和杨希古并同平章事(即宰相);孟楷、盖洪为尚书左、右仆射，兼军客使(掌管近卫军队);翰林学士中还有著名诗人皮日休。黄巢在长安执行严惩皇族、公卿的政策，唐宗室留长安者几无遗类，义军查获降官张直方夹壁中隐藏的高官显贵百余人后，全部处死。大齐政权还没收富豪的财产，号称“淘物”，宫室皆赤脚而行。次年，唐军曾一度攻人长安，义军暂时撤出，当夜反攻，将唐军驱逐出城。

但黄巢既未派大军追击唐僖宗，也没有首先全力歼灭分镇关中的唐朝禁军，大齐政权也缺乏必要的经济政策，生产、财政均无着落，这样，敌我力量对比就逐渐发生了不利于义军的变化。关中地主坚壁清野，使大齐政权陷入严重的缺粮困境;中和二年(882)大齐的同州(今陕西大荔)防御使朱温叛变降敌;沙陀族李克用应唐朝的乞援，率劲旅一万七千人南下;敌方军力大大增强。这时，黄巢发现困守关中已很不利，乃于三年四月东撤，攻逼蔡州(今河南汝南)，唐节度使秦宗权战败，投降黄巢。六月间，义军开始围攻陈州(今河南淮阳)。守将赵犨顽抗，义军久攻不克，朱温和李克用又先后前来增援赵犨，黄巢遂于四年四月解围，逾汴而北，又遇到唐徐州节度使时溥的阻击，作战不利，最后退至狼虎谷(今山东莱芜西南)，于六月十七日兵败自杀(一作为甥林言所杀)。历时九年余的农民战争至此结束。不久后，唐王朝即告灭亡，历史进入五代十国时期。

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