1945年12月15日，盟总发布了麦克阿瑟第448号指令，即所谓的"神道指令"，宣布废止国家神道，实行政教分离。但这道命令却同意靖国神社脱离国家管理成为宗教法人，并与其他宗教团体享受同等待遇，靖国神社终于逃过了灭顶之灾。

,二战结束后，随着冷战的激化，美国大幅度改变了占领政策，不但停止清算日本的战争罪行，而且打算将日本建造成“共产主义的防波堤”。在这种情况下，美国人自然不希望在靖国神社问题上得罪日本人。藏匿战争阴魂、容纳战犯亡灵的靖国神社，也因此得以保留，并成为半个多世纪来亚洲人民内心永远的伤痛。因此，对当前日本的靖国神社问题，美国人当年的自私行径应该负有一定的责任。

靖国神社一度成为美国人的眼中钉。

1941年12月7日，日本联合舰队偷袭珍珠港，悍然挑起了太平洋战争。在一次次战斗中，美国人亲自“领略”了日军拼死顽抗的“战斗精神”，他们不太明白日军为何在战场上不惧死亡？于是，美国开始究日本军国主义的根源。

1945年，美国陆军部下令拍摄了一部名为《认识你的敌人日本》的影片。影片中解说道：“天皇对于日本人说是最神的神，他一人独掌政治、宗教大权。日本人相信战死之后灵魂可以被供奉于靖国神社，对于日本人，最高的荣誉就是战死后被供奉在靖国神社，因为连天皇也会去俯首参拜，所以日本人与其投降不如选择战死。”可以说，战前的靖国神社实际上完全是日本军国主义用以愚弄和笼络国民，煽动他们效忠天皇并甘心充当炮灰的御用工具。

美国国立公文馆保存着一份1944年的美国国务院“战后计划委员会”的机密档案。档案中写道，“靖国神社等神社并非我们所认为的宗教。它们崇拜军国主义分子，培育了攻击性的国家主义精神，这样的神社违反信教自由，应当关闭……”

部分美军将领主张烧毁靖国神社，从精神上彻底解除日本武装。

1945年8月15日，日本宣布无条件投降。8月30日下午两点，美军将领麦克阿瑟乘坐的“巴丹”号座机抵达东京郊外的厚木机场。在鼓乐声中，麦克阿瑟志得意满，叼着玉米棒芯烟斗走下舷梯，他将作为盟军最高司令官、7500万日本人的绝对主宰者开始统治日本。此时的麦克阿瑟对日本军国主义恨之入骨，他一到任就下令解除日本武装，逮捕战犯。随后，美国公布了“战后初期对日政策”，表明美军将在日本实施宗教信仰自由，并禁止日本人打着宗教的旗号，搞极国家主义和军国主义组织及运动，矛头直指靖国神社。

紧接着，美国国务院也公开宣布了废止日本国家神道，全面压制军国主义、极国家主义的方针。美国政府、宗教界等就靖国神社的处置问题提出了各种方案，有的认为应该成“国纪念碑”，有的主张改为“无宗教色彩的追悼设施”，等等。然而在驻日美军军官们眼中，这实在是太便宜日本人了。一些美军将领，尤其是盟军总司令部(以下简称盟总)对敌谍报部的军官们，强烈建议麦克阿瑟放一把大火烧毁靖国神社，从精神上彻底解除日本的武装。这个建议打动了麦克阿瑟，很快，100名美国大兵开进了靖国神社。

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