至于乌坵海战，系发生1965年11月13日，当时国民党军队的两艘军舰山海舰、临淮舰由澎湖马公驶向乌坵执行伤员接运任务，于乌坵南方海面10浬处，遭遇大陆鱼雷快艇4艘、快速炮艇7艘及PF一艘共12艘，分作各6艘两批分别包围山海舰与临淮舰，双方激烈作战，隔日11月14日，临淮舰寡不敌众，先后被击两枚鱼雷后沉没，山海舰以寡敌众继续作战，一面驶近乌坵泊地，双方冲突才告结束。

其实蒋介石已经从反攻大陆的美梦中醒了过来，“国光作业”室逐渐被荒废，最后在1972年裁撤并入“国防部”，让这个反攻指挥部正式走入历史。当时也参与计划的前台军海军总司令部舰管室主任雷学明，2006年接受电视新闻独家专访时，回想起当年在八六海战牺牲的同袍，不禁哽咽落泪，雷学明说，虽然“国光计划”后来喊停，但是当年三军精英在山区挑灯夜战拟定计划的那一段日子，可是士气高昂。

1965年6月17日，蒋介石还召集军官，要大家有“为国牺牲”的准备。雷学明转述，蒋中正说执行你们的任务，你们的家眷、你们后面的后代我蒋中正我会负责照顾。雷学明说，近两百人罹难的八六海战，并不是国民党军队反攻大陆国光计划的一部份，却是让“国光计划”喊停的原因之一，他当时在海军担任参谋参与了“国光计划”，为了反攻大陆，台军三军精英可是在克难的环境里秘密作业。

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