朝廷一声令下，各地自然纷纷响应。大学士、直隶总督李鸿章和湖广总督李翰章、湖北巡抚彭祖贤共同保荐了薛福辰，与薛福辰同时受保荐的还有山西阳曲县知县汪守正、常州孟和名医马培之。于是，当年6月23日，薛福辰应召入宫为慈禧治病。当时他任广东雷琼道，调授督粮道，但因奉旨诊病而未能赴任。此时，宫廷内外皆知慈禧所患为“血蛊”症，医者仅以治血蛊剂进，久不得愈。薛福辰所诊脉象，虽亦以“血蛊”论之，而用药却皆疏通补养之品，故能奏效，大为前去会诊的曲阳知县汪守正及常州孟河马培之等名医惊服。

血蛊，也称血鼓，因跌仆坠堕后误用补涩所致腹胀膨满之证。《证治汇补》中说：“坠堕闭锉、气逆、气郁，误行补涩则瘀蓄于胃，心下胀满，食入即吐，名曰血逆;瘀蓄于脾，大腹膨胀，渐成鼓满，名曰血蛊。”《石室秘录·内伤门》中也说：“血臌之症，其由来渐矣，或跌闪而瘀血不散，或忧郁而血结不行，或风邪而血蓄不发，遂至因循时日，留在腹中，致成血臌。因血蛊病症引起腹胀，形似怀孕，民间联想丰富，于是，以讹传讹，薛福辰为慈禧打胎的传说不胫而走，以致成为流传至今的茶余饭后的谈资。

当时，薛福辰在宫廷滞留两年多，名公巨卿求治者应接不暇。光绪八年，时慈禧病体痊愈，薛福辰因治病有功，加赏头品顶带，调补直隶通永道。是年除夕，慈禧亲书“福”宇和“职业修明”匾额以赐。同时赐紫蟒袍、玉钩带一副，又赐宴体元殿、长春宫听戏。在直隶任内，严缉捕，重海防，济民困，政绩卓著。其时法越交战，军队调南布防，他特设官车局便利运输，避免征用民夫、骚扰地方，深受民众称颂。

光绪十年，即公元1884年，薛福辰到通永道履职。一次薛福辰因一件小事被监察御史魏乃劾参劾，要求将薛福辰调至太医院，这个奏议其实隐含着对薛福辰“因医受宠”的歧视。慈禧很了解薛福辰为官时同样政绩卓著，看到魏乃劾的奏章，斥为“大胆妄言”，将魏乃劾连降三级，反将薛福辰升为宗人府府丞。光绪十二年，薛福辰升顺天府尹。三年后，又迁任都察院左副都御史。

但是，此时的薛福辰已患了中风，多次上疏申请，最终才允许他开缺回乡调理。薛福辰于光绪十五年夏疏请退职，同年7月病逝，终年57岁，葬于漆塘大浮山。当时，御赐白银500两治丧。其所著《青萍图文集》、《医学发微》、《临症一得》等遗稿，均未写定，仅存《素问运气图说》一文。近代掌故大家徐一士在《一士类稿》中认为，薛福辰的病逝是长期心情抑郁所致。

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