攻下邓坎后，剿匪大军趁热打铁，剩勇追寇，接着又顺利地拿下了桑木、乌江、河渡三关，直达播州外围的娄山关。娄山关是播州城外的一道天然屏障，山势高峻险要，仅一条小路通过关口，可谓是“一夫当关，万夫莫开”之地。娄山关由于道路狭窄，无法通过大批兵马，只宜智取，不宜强攻，秦良玉便帮丈夫定下了一个巧取的方案。这天凌晨，秦良玉与丈夫马千乘双骑并驰，沿正路攻向关口，只见两杆长矛上下翻飞，挡关的敌兵一一倒下，而后上的援兵也无法一涌而上。当秦良玉夫妇两人并肩血战、而敌兵越聚越多时，几千白杆军突然从关口两侧包围过来，敌兵猝不及防，纷纷作鸟兽散。攻下娄山关后，叛军失去了护身符，剿匪大军一鼓作气，攻陷了叛军据点播州城，杨应龙全家自焚而死，这场旷日长久的叛乱终于偃旗息鼓灰飞烟灭了。

平叛后论功行赏时，石柱白杆兵战功卓著，被列为川南路第一有功之军，秦良玉初次参加大战，立下汗马功劳，除受到重奖外，“女将军”的英名远播四方，闻之者无不肃然起敬。

万历四十一年(1613年)，秦良玉丈夫马千乘死于狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马千乘逮捕狱，活活折磨而死，时年仅四十一岁。

马千乘冤死于狱中后，朝廷仍保留了他家石砫宣抚史的世袭职位。而这时马家的继承人马祥麟年龄尚幼，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的官职。

秦良玉化悲痛为力量，毅然接过丈夫遗留下来的干斤重担，来完成丈夫未竟的事业，继续训练白杆兵，管理石砫民众，尽心尽力，尽职尽责。

明神宗万历末年，满人崛起于东北的白山黑水之间，以努尔哈赤为汗，建立后金，公然叛明。明神宗调集八万大军征边应敌，却不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。

辽东情势危急，直接威胁着大明之都北京城的安全。朝廷急调全国兵马赴援，秦良玉此已经46岁了，仍然亲自率领3000名白杆兵，连同自己的哥哥、弟弟、儿子，日夜兼程北上卫边，为国效力。

到了万历四十八年，秦良玉的白杆兵已与后金军队打了几场硬仗，大大挫伤了后金兵的锐气。这时，明神宗驾崩，明光宗继位，光宗在位仅一个月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝宝座。

前后几个月时间，明廷频繁易主。后金乘虚而进，攻占了沈阳，其气焰十分势猖撅，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏，为了抢回大明损失的国土，强渡浑河与后金兵激战，无奈因寡不敌众，秦邦屏战死疆场，秦民屏身陷重围。秦良玉闻讯后，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。其后，朝廷任命秦良玉为把守山海关的主将。

要塞山海关是东北通向内地的必经之路，后金军屡次派重兵前来叩关挑战，秦良玉都不为所激，只命部下加固防守，终使清兵无法得逞。一次，秦良玉的儿了马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭簇，援弓搭箭向远处的敌人射去，连发三箭，射死三个敌人，后金将领大为震惧，从此不敢轻易再来山海关挑衅了。

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