和清廷的情况相类似，李自成的死讯在南明的隆武朝廷里也激起了波澜。何腾蛟上奏自成身亡的经过情形以后，南明的隆武帝朱聿键“大喜，立拜东阁大学士兼兵部尚书，封定兴伯，仍督师”。尽管何腾蛟关于李自成死于九宫山团练之手的消息直接得自跟随李自成的许多大顺军将领，但由于何腾蛟也未能献上李自成的首级，隆武朝廷内部表示怀疑的便大有人在。右副都御史郭维经就曾经上书，认为李自成死于九宫山，五月死的，这些都是传言，而且是等到七月他的部下投降何腾蛟时才知道的，又是过了年以后上报的。就这样行大赏，似乎不太合适吧。况且李自成是生是死，是死在谁的手里都不知道。万一哪天杀李自成的人提着李自成的头来请赏，真不知道何腾蛟该怎么解释?而且万一李自成没死，以后在哪个地方出现了，到那时，皇上您可怎么办哪?这么一说，朱聿健也起了疑心，让何腾蛟再报一次，然后再宣布这一捷报。在这种情况下，何腾蛟又第二次上疏辨明“闯死确有实据，闯级未敢扶同，谨据实回奏”(即《逆闯伏诛疏》)。

这样，明、清双方虽然分别得到了李自成牺牲的准确消息，却都不同程度地表示了怀疑。其根本原因就在于谁也没有找到李自成的遗体，所以不敢十分确定。

李自成首级为什么没有落入彼此双方之手呢?原因很简单。就南明来说，大顺军在安葬了李自成遗体后就转入江西和湖南，通山县已属清军的势力范围。何腾蛟当时在湖南长沙，不大可能派人前往清方控制区去发掘李自成遗体。其次，何腾蛟名为五省军务总督，实力却相当有限，只是由于大顺军将领的主动才建立了联合抗清阵线，“一时骤增兵十余万”。即便有可能派军队进入通山县，何腾蛟也绝不敢开罪于实力远胜于自己嫡系军队的大顺军余部，跑去把李自成遗体挖出来枭首“报验”。这个道理十分明显，但他在疏中不便明说，只好含糊其辞地解释说剿抚道阻音绝，没法拿到他的首级报验。

至于阿济格未能取得李自成首级的原因，大约是由于时间相隔稍久，农历五月以后南方天气已相当炎热，“尸朽莫辨”也是完全可能的。上引康熙《通山县志》记载大顺军在领袖牺牲后曾对当地的地主武装实行报复性打击，杀了几千人。而清政府真正弄清楚李自成被害的具体情节，还是在顺治二年(1645)七月十五日江西湖广等八省总督佟养和上任后，“有至武昌出首者，行查到县”，才找到杀害李自成的凶手程九伯。阿济格向清廷奏报的时候还没有找到这个线索，他派去实地查验的人在几千具朽尸当中瞎转，无法取得实证就毫不足怪了。

总之“闯王”李自成是中国历史上一位千古少有的传奇英雄，他发动和长期坚持的大规模的农民战争，推翻了盛极一时的明王朝，但他却败在关外新兴的北方少数民族——满族所建立的清廷之下。无论是失误也好，即使有天生缺憾也罢，由于当世、后世都对于这次起义和与这次起义有关的历史资料的禁毁，致使我们今天对李自成一生中的许多问题已不可能充分地了解了。因此关于李自成失败后，直到最后归宿的疑案，至今也同样真相难明，虽然各方面各执一词，但诸多的记载与传说，还是有待于进一步去澄清和发现。

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