带着报复杨乃武的心态，刘锡彤带着仵作赶紧去了现场。仵作沈祥验得葛品连尸身仰面作淡青色，口、鼻内有淡血水流出，身上起有大泡十余个。但用银针刺探喉部却呈青黑色，擦之不去，不似是砒毒之征，心下疑惑。于是只是向知县禀报说是服毒身死，却未报何毒致死。刘锡彤也也不问，因为他只要听到“服毒”两个字，加上之前“羊吃白菜”的传闻，他在心里已经对这个案子下了定义：通奸谋夫。随后当即将小白菜叫来讯问，叫她交代如何毒死葛品连，小白菜答“不知”并且大呼冤枉，刘锡彤并不理睬，下令小白菜带回县衙审问。

回到县衙之后，刘锡彤立即开堂审案，但是审了一个下午都没有结果，小白菜坚决否认毒害葛品连，于是刘锡彤便改变战略，决定先审通奸。然而，小白菜只是承认自己与杨乃武仅仅是房东与租客的关系，杨乃武与葛品连的死更加不可能有关系。于是刘锡彤把心一横，决定对小白菜开始用刑。根据《大清会典事例》的规定，用于刑罚的法定刑具有三种：背板、夹棍和拶指，其中用于女性犯人的是背板和拶指两种。背板就是竹制或者木制的板子击打臀部，拶指则是专门用来夹手指的。即使是这种法律规定之内的刑讯手段，也不能是一个弱女子可以承受得了的。小白菜在大堂上几次昏死过去，最终熬不过酷刑招了，作了与杨乃武系因奸情而谋害亲夫葛品连致死的供述。

小白菜作完口供后，已是次日凌晨三更，但刘锡彤此时却没有半分睡意，他想着一鼓作气把案子审完，立即派一王姓书办并带民壮阮德等前往抓捕杨乃武。阮德和书办将杨乃武强行带到县衙。杨乃武半夜三更平白无故被强行带至县衙，窝了一肚子的火。当知县讯问时，他听的是目瞪口呆，这简直荒谬，他也绝不会认下着“欲加之罪”。刘锡彤拿出了小白菜的口供，气得杨乃武浑身哆嗦，不但否认与小白菜因奸谋毒之事，还以粗暴的态度顶撞刘锡彤，怒斥他凭空捏造，这使刘锡彤大为恼火，恨从中来的他想对杨乃武也用刑，但此时杨乃武有举人身份，系天子门生，不能用刑。这让刘锡彤一时没了办法，只好将杨乃武暂时押入大牢。次日，拿着小白菜的供词便呈报杭州知府，要求革去杨乃武的举人身份。杭州知府陈鲁又通过浙江巡抚杨昌浚向朝廷具题。同治皇帝在杨昌浚的具题上亲批：“杨乃武著革去举人，其因谋死本夫情由，著该抚审拟。”

杨乃武得知小白菜的供认说是初五交给其砒霜。于是，托人要求岳母本家亲友为其作证，证明其初五日在南乡除灵立继，初六日才回余杭城内。意在否定小白菜供认的初五日交砒霜的事实。但在葛品连死后第十天，即同治十二年十月二十日，刘锡彤将杨乃武和小白菜及全案卷宗解至杭州府时，杨恭治、吴玉琨、詹善政等人为杨乃武所作的初六日才回余杭城内的公禀却被刘锡彤压下了，没有随卷宗上呈杭州知府。有了“革去举人”御批之后的陈鲁毫无顾忌的对杨乃武用刑，最终，杨乃武熬刑不过，只得承认与小白菜因奸谋毒之事。当陈鲁追问砒霜来源时，杨乃武便编造了从杭州办完中举手续回余杭的途中，在本已熟识的仓前镇爱仁堂药店“钱宝生”处以毒鼠为名购得的。陈鲁得到这一口供，以为案情已经大白，便叫刘锡彤将钱宝生的证词取来。

拿到了杨乃武和小白菜两个人的供词之后，认为铁证如山，可以定罪判刑。同治十二年十一月初六日，杭州知府陈鲁作出判决，以因奸谋杀亲夫罪处小白菜凌迟之刑，以授意谋害他人亲夫处杨乃武斩立决。按照清朝的制度，死刑案件需要逐级审理，以免冤漏。像杨乃武小白菜这种发生在余杭的案子，除了要上交知府审理外，还要上交到浙江按察使司来核准。按察使司是清朝掌管全省刑狱的衙门，相当于现在的省最高人民法院，浙江按察使司审核后，再由巡抚上报给朝廷。浙江按察使蒯贺荪，开始觉得案有可疑。因为杨乃武乃是个举人，他自己也是个举人。他不太相信一个举人会为一个女子而抛弃自己的前程不说，还得赔上自己的性命。于是，他找来刘锡彤，询及本案的经过情况，是否有不正常的情况。这刘锡彤向按察使拍胸脯保证，说此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，也就放心了。遂将案件按照杭州知府的意见上报浙江巡抚杨昌浚。在此期间，杨乃武在狱中，书写了关于自己是被屈打成招的申诉材料，由其妻小杨詹氏即詹彩凤向杭州各衙门申诉，但没有引起浙江巡抚及臬司等地方官员的重视。

在同治二十年的十二月二十日，此案第一次结案。此时距离杨乃武小白菜被收押刚刚过去了两个多月，浙江巡抚将此案上报了朝廷，只等朝廷批复之后就对二人执行死刑。杨乃武的家人此时并没有放弃，决定进京上告，但因为没有经验和门路，都察院在接到诉告后，认为杨家人违反律制越级上告，决定不予受理。不过都察院作为最高监察机关，也不是毫无作为，他还是下了一纸公文给浙江巡抚，要他重新复审此案。在那个时候，杨乃武与小白菜这种“通奸谋夫”的案子违背了最基本的三纲五常，属于人伦大案，在当时处罚极重。不仅当事人收到极刑，就连所在州县都要受到牵连加重赋税，最严重的连所在县城的城楼都要削掉几尺。浙江巡抚并不愿意沾手这种案子，于是又将它交由杭州府审理，案子到了始作俑者的手里，自然是毫无结果的，杨乃武与小白菜的案子已经成了“铁案”，几乎没有可能翻案。

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