据统计，国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43,121具，南京红十字会收埋22,371具，慈善机构崇善堂收埋112,267具，慈善机构同善堂共埋尸7,000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18.5万余具。另有中国平民芮芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7,000余具；湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28,730具。

此外，日军支持的傀儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汊河一带收埋尸体3240具；第一区公所在城东南一带收埋尸体1,233具；南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3,000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。南京沦陷前，日军曾在上海、苏州、嘉兴、杭州、绍兴、无锡、常州等地屠杀平民。有日本部分历史学家曾经怀疑中方声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批南京以外被杀的华东人口。而中国历史学家认为若华东地区被杀人口也计算在内的话，总数可能高达一百万人。
    

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