始于20世纪50年代末。最早从事这项科研工作的，是历史系吴乃恭（1925-）教授。1952年8月-1953年1月，吴乃恭曾在中国人民大学哲学系从前苏联专家进修哲学课程；1956年8月-1958年2月，又赴北京大学哲学系师从冯友兰、张岱年、任继愈、朱谦之、周辅成、梁启雄诸教授学习中国哲学史史料学和先秦诸子。返校后至今，一直为历史系、政治系本科和研究生开设中国古代哲学史、思想史等课程。
    吴乃恭以儒家学说为研究重点，范围所及，包括先秦、两汉、魏晋、隋唐、宋明，直至清季、近代。对于儒家的每个重要人物，他都不同程度地提出了独到的视角和见解。人性论，是中国古代思想家、特别是儒家学派言必及之的根本理论问题之一。在《荀子性恶论新议》一文中，针对我国学术界流行的认为荀子的性恶论是天生性恶的看法，吴乃恭根据荀子的“顺是”这一关键用语，提出了荀子性恶论的真实主张乃“后天性恶”的新观点（《孔子研究》1988年第4期）。与此同时，关于儒家道德的现代转换问题，他也发表了自己的重要看法。在由国际儒家学术联合会举办的“孔子诞辰2540周年纪念与学术讨论会”和“纪念孔子诞辰2545周年暨国际儒学讨论会”上，吴乃恭宣读的《略论孔子仁学》和《儒家道德与21世纪育人》两篇论文，引起了与会者的关注，并分别被收入由中国孔子基金会编辑的《孔子诞辰2540周年纪念与学术讨论会论文集》和《儒学与廿一世纪》这两部大型文集中。
    以朱子学为核心的“新儒家”，对中国古代社会后半期的影响堪称巨大。随着清代实学派的登场和“五四”运动的爆发，有关朱子学的评价问题，哲学思想史界发生了严重的歧见。歧见当中的两大基本对立，表现为对朱子学的或否定或肯定的两种极端舆论中。在《评朱熹理学的社会作用》一文中，吴乃恭并没有回护朱熹理学中所表现出的迂腐和残忍。但是，他同时也主张要对朱熹理学维护经济制度的历史作用，给予充分的肯定。他反对给朱熹理学带上“反动”的帽子，而主张对朱熹理学中的理性和精华，如反佛、自然科学成果、一分为二的自然之理、即物穷理的认识论等，均应给予同情的理解并批判地继承之。他的观点，公正而客观，论文则被收入《朱子学新论--纪念朱熹诞辰860周年国际学术会议论文集》中。
    吴乃恭教授的研究，注重对原始资料的梳理钩沉和对思想家理论体系的整体把握。该学术风格，几乎贯穿于他的全部研究始终。多年的刻苦积累和笔耕不辍，使吴乃恭教授在晚年迎来了学术生涯的辉煌期。除了颇具影响的数十篇论文外，他还先后出版了《儒家思想研究》（40万字，东北师大出版社1988年）、《宋明理学》（39万字，吉林文史出版社1994年）、《孟子》（25万字，吉林文史出版社1997年）等几部重要著作，甚至在77岁高龄时，还推出了一部力作--《船山理论范畴》（44万字，吉林人民出版社2002年）。这部耗时五年而且是百分之百的手工劳作，除了其本身会产生可以预想的学术影响外，也给晚生后学，作出了很好的垂训和示范。
    1989年-2000年间，吴乃恭一直担任“中国哲学史学会”常务理事，1992年1月又被“国际中国哲学会”聘为中国大陆东北资讯中心学术顾问，成为具有一定国际影响的思想史专家。
    从20世纪90年代起，历史系的思想史研究，开始由以往的个案研究，朝中国古代特有的思维模式及其内在理路的研究方向上转移，并部分地将研究的参照系移诸西方。结合存在主义哲学家雅斯贝尔斯和神学家蒂利希的重要理论观点和中国传统思想的实际状况，韩东育首次对中国古代的“终极关怀”思想进行了系统而全面的整理，认为，中国古代“终极关怀”思想，主要包括“天人关系”、“人际关系”和“身心关系”这三大基本关系。该研究的标志性成果--《天人·人际·身心：中国古代“终极关怀”思想研究》（东北师大出版社，1994年），是中国大陆第一部系统探讨中国古代终极关怀思想的专著，比较全面地反映了中国古代思想家（从先秦到宋明）对于终极关怀的思考，也“比较全面地把握了终极关怀的基本精神，颇有心得”（张岱年序）。其特征表现为以下三点：一是论述的全面性，如讨论了不为当代新儒家重视的荀子，尤其是对战国末期到汉初杂家著作在终极关怀讨论上的重视；二是注意历史性，而没有光谈概念。从而使人得以了解某种观念所得以产生的现实条件；三是侧重于观念形成史的考察。它展开于作者对“天人合一”命题三个发展阶段的合理描述和杂家著作“全面地展现了儒道整合的首次盛况”等观点与结论中，尤其是后者。有学者认为，“对于这一过程的强调不能不说是作者的一个创见”（赵利栋：“中国古代的终极关怀--读《天人·人际·身心》”，《社会科学战线》，1996年第2期）。《文摘报》曾对此进行了论点摘编（1064期）。1995年，该书被评为吉林省社会科学优秀成果奖一等奖。作为思维模式及其内在理路研究上的重要铺展，韩东育有关道家的“无条件辩证法”、有关法家的“君主与法律并列第一”等学术观点以及“中国文化现象中的‘内平衡’与‘外平衡’”、“关于儒·道·佛三家的理论极限”等文章，亦多被《中华读书报》和中国人民大学《报刊复印资料》介绍、摘引和全文转载。
    然而研究显示，以儒家思想为核心的固有思维模式、内在理路，以及建立于其上的“终极关怀”思想，充其量只能产生和存在于中国古老的农业文明的基础上，唯此也就不可能生发出更多的近现代意义。古代印度佛教对儒家的挑战与近代西方文化对于儒学挑战的本质差异在于，前者是“形而上”而后者是 “形而下”。如果说对 “形而上”的挑战必须待之以 “形而上”的办法，那么，对待“形而下”的威胁，则只能应之以“形而下”的理论。中国古代终极关怀思想研究，对于理清和看清中国儒道释三家的思想特质，是重要的。然而其于近现代的失败，在证明中国式终极关怀的有效范围只能锁定于古典时代的同时，也日益凸显出对“形而下”理论、特别是对中国传统和与中国有过共同思想资源的日本新传统中有关这一类思考的关注与发掘所具有的现实意义和未来价值。学科本身的逻辑伸展，使中日思想史比较研究以及对东亚思想史的系统考察工作，被列入日程。
    日本是“儒家资本主义”的观点，长期以来一直是中日思想史比较研究领域的主流话语。然而实际上，就观念形态的主调而言，日本的近代化，自始至终都是一个“脱儒”的过程。无论是近代的明治维新还是它的胚胎期--江户时代，都未尝离却“脱儒”原则跬步。韩东育经过在日本国多年的实地潜心研究，发现了这一点并对既有的成说进行了史实与理论上的解构。指出，如果认为明治思想家的工作实现了日本人近代观念的质变，那么，它的量变过程，却存在于维新发生之前。而尤为重要的是，这种变化，并非来自海外刺激，而是文化内视--对先秦实学思想的再诠释的结果。这个结果，刚好体现于江户中后期日本思想界所发生的“脱儒入法”运动这一历史性的转变过程中。
    它直接和间接地影响了日本明治维新的进程，成为日本“脱亚入欧”说的理论先导。该学派奠基于江户中期思想家荻生徂徕，由他及其弟子所形成的“徂徕学”，创生了“日本近世新法家”。这项研究，理清了新法家与新儒家、原始法家与原始儒家、新儒家与原始法家、新法家与原始儒家、新法家与原始法家之间的深刻关联并真实地再现了法家思想资源在日本自生近代化过程中所发挥的重要奠基作用。它勾画出了这样一幅耐人寻味的图景：十八世纪末到十九世纪初，当中国的卢文弓召、王念孙、顾广圻等学者对韩非子做“低调”处理的时候，日本的荻生徂徕、服部元乔、户崎允明、宇佐美惠、河野龙子、小川信成、海盐道记、蒲坂圆、海保青陵等一大批学者，正致力于一场韩非复兴运动。该研究，以《日本近世新法家研究--徂徕学派与日本早期近代化的思想准备》（中华书局2002年）一书为终结标志，受到了日本东京大学黑住真等教授的首肯和学术赞誉，认为“日本近世新法家”的提法，使“徂徕学派经由作者之手，首次从它与东亚思想资源的相互关联中得到了正确的复原”（序言）。研究的部分观点，已在《历史研究》、《思想史研究》（东京）、《日本学刊》、《二十一世纪》（香港）、《读书》等杂志上被陆续发表，成为中日思想史比较研究领域的新话题。
    近年来，历史系从事东亚思想史研究的青年学者，已完成和正在承担的项目共5项，其中，有国家社会科学基金项目1项、教育部项目4项；出版相关学术著作4部，并在国内外重要刊物上以中、外文字发表学术论文数十篇。有的研究成果，已引起相关领域学者的关注和重视。