在各民主党派讨论共同纲领的过程中，产生了一些分歧，主要是要不要以“新民主主义”作为建立新中国的指导原则。讨论中，大多数人赞成以“新民主主义”作为立国原则，但也有人主张用“革命的三民主义”或“人民民主主义”。个别人士还开出了与共产党讨价还价的“纲领”。（注：《胡乔木回忆毛泽东》，人民出版社1994年版，第556页。）由于对解放区的情况和共产党的具体政策不甚了解，一些民主人士对要不要将革命进行到底、革命胜利后共产党还要不要民主党派等问题也提出了疑问。为了解除民主人士的疑虑，使他们进一步把思想统一到新民主主义的立场上来，保证共同纲领制定的顺利进行，周恩来对民主人士做了大量深入细致的思想工作，归纳起来有三个方面：
    首先，从政策上，教育各级干部要正确对待民主党派和民主人士。周恩来认为：必须让民主党派在实际的事实面前认识我党的政策和主张。他起草的以中央名义发出的《关于民主党派问题的指示》指出：“宣传只能起原则启示和一般的推动作用，最主要的还靠群众自己的切身经验来证明。如果空谈某某为君主立宪派”，而不去争取民主党派“走向进步”，“那么，群众的觉悟不但不会提高，甚至还会反对我们，以为是无的放矢。可以说，这种宣传有不如无”。对“民主党派，人民政治团体，应取积极态度，但不要一下子希望过高，期之过急”。（注：1948年11月周恩来起草的《关于民主党派问题的指示》。）他修改批发的中共中央《关于如何对待民主党派人士的指示》强调：我地方党的领导机关对各民主党派地方组织和民主人士应“以坦白诚恳的态度，向他们解释我党的政策和主张，与之协商一切重大问题，以争取他们同我党一道前进”。（注：《周恩来年谱》（1898-1949）（修订本），中央文献出版社1998年版，第834页。）
    其次，是安排民主人士赴解放区参观，让他们亲身感受党的新民主主义政治、经济、文化政策。1949年4月，中央统战部遵照周恩来的指示，组织吴羹梅等各界民主人士59人的民主东北参观团赴东北参观。参观团用40多天的时间，走遍了东北所有重要城市和若干农村。他们参观后的感想是：“使我们感到最重要的是：向来被人看作一盘散沙的中国人民，在中国共产党和毛主席领导之下，经历了长期的斗争和锻炼，现在已经组织成并教育成钢铁一样的坚强的集体了。政府的民主集中制已经充分发挥了效能--群众有发表意见的绝大自由，而中央的政策又能贯彻到最下层去。这样坚强的集体，在中国历史上是空前的。”“整个社会风气显然起了根本的变化。新生的朝气冲洗了旧社会的残渣，勤劳朴实的作风，代替了过去的奢侈颓废的病态，在这里，中共干部和党员的优良作风曾起了很大的作用。”（注：1949年6月27日《人民日报》。）
    第三，利用个别交谈、小型座谈、报告会等各种形式，广泛与民主人士接触，介绍情况，分析形势，阐述党的方针政策，并对他们的思想疑虑作令人信服的解答。（注：关于这方面的事实，中央文献出版社1996年出版的童小鹏《风雨四十年》第二部“为了开好新政协”一节有详细介绍。）党内其他领导同志在这方面也做了许多工作。
    经过艰苦的思想工作，到1949年6月，新政协筹备会正式开幕之前，各民主党派和无党派民主人士的绝大多数，在彻底推翻国民党反动统治和以新民主主义为原则建立新中国这两个基本问题上，与中国共产党取得了一致。这就为共同纲领的制定创造了不可或缺的必要条件。
    1949年6月15日，由23个单位134人组成的新政治协商会议筹备会在北平成立。毛泽东担任新政协筹备会常委会主任，周恩来等5人为副主任。筹备会下设6个小组，分别进行新政协的各项筹备工作。筹备会根据新的形势，决定重新起草共同纲领，由第三小组负责。周恩来兼任第三小组组长，许德珩任副组长，组员包括各民主党派和无党派民主人士章伯钧、章乃器、许广平、沈志远、黄鼎臣、李烛尘、邓初民等，有20余人。
    6月18日，周恩来主持召开第三小组成立会议。会上，周恩来有一说明：“我们小组负责起草共同纲领，任务繁重。这个共同纲领决定联合政府的产生，也是各党派各团体合作的基础。去年在哈尔滨的各党派代表曾委托中共方面拟定一个草案，我们也曾两度起草。可是去年工作重心在动员一切力量参加和支援解放战争，现在重点却在建设新民主主义中国及肃清反动残余。这是长期性的工作。因此，中共方面第二次的草稿也已不适用。”（注：1949年6月18日周恩来在新政协筹备会第三小组成立会议上的讲话。）会议决定，“委托中共方面负责草拟最初稿”。小组成员分工则按照“自由认定”原则分为政治法律、财政经济、国防外交、文化教育、其他（包括华侨、少数民族、群众团体、宗教等）五个分组进行讨论，提出意见报组长和副组长。
    周恩来亲自承担了草拟共同纲领初稿的重任。首先是确定起草的指导方针。对此，周恩来在6月22日新政协党组会上说得很明确：“过去偏重在动员各方力量，现在重点在肃清反动势力，着重建设方面。方针是一个，拥护新民主主义，反帝反封，反官僚资本，推翻国民党，建设新中国。此为各方同意的。”（注： 1949年6月22日周恩来在新政协党组会议上的讲话。）如果说，起草《中国人民民主革命纲领草稿》时的指导方针是重在革命，那么这次重新起草共同纲领的指导方针就是重在建设新中国。
    当时筹备新中国的事情千头万绪，解放战争尚未结束，作为中央军委副主席的周恩来还要协助毛泽东处理战事，要静下心来亲自起草共同纲领，实非易事。为此，周恩来把自己关在中南海勤政殿一个星期。从目前发现的手稿来看，周恩来从最初的提纲，到给毛泽东的送审稿，其间至少八易其稿。纲领标题最早拟为《新民主主义纲领》，后来改为《新民主主义的共同纲领》。对周恩来集中起草共同纲领的时间，过去有一种说法，认为是在6月下旬。目前发现的几个手稿都未标明时间。从他最后送毛泽东审阅稿的日期来推断，似应在7月下旬或8月上中旬。因为在给毛泽东的送审稿之前的四个稿子是连贯的，似乎是一气呵成。通常是周恩来写几段，秘书帮助抄正，然后他再修改，修改后接着再写。8月22日，周恩来将《新民主主义的共同纲领》（草案初稿）送毛泽东审阅，并附信说明：“主席，只印了50份，各人尚都未送。待你审阅后看可否能做修改的基础，然后再决定需否送政治局及有关各同志审阅。”（注：1949年8月22日周恩来给毛泽东的信。）