欧洲各国的宗教改革，使罗马天主教会在欧洲的社会地位政治地位受到严重的威胁。面对这种情况，天主教会内部的一些有识之士严厉抨击教会内部的腐败，称各种邪恶和弊端就像从特洛伊木马中涌出的士兵一样从教会中涌出，他们纷纷倡议实行改革。就在欧洲各国宗教改革轰轰烈烈地展开的同时，天主教会内部也开始了改革。
    一：清除内部积弊，重新审定教规、教义。教会清除了一批无知、腐败、贪婪的神职人员，规定教士必须穿僧衣，执行教士独身制;在每个教区设立学校，提高神职人员的知识水平。教会在肯定赎罪券功效的同时，禁止非宗教目的的出售行为，并取消了销售机构。
    
    二：继续强化异端裁判所。宗教改革中后，异端裁判所的活动更为猖獗，大批“异端分子”被捕入狱，甚至被处死;同时，天主教会加强了思想控制，不断颁布违禁书目，查封宣传新思想的书籍，哥白尼的《天体运行论》赫然出现在第一批被禁书目中。
    三：网罗各种狂热的信徒，组建反对新教改革的团体，千方百计的破坏宗教改革，提升教皇声威，其中最有代表性的团体就是耶稣会。通过内部改革，罗马天主教会暂时摆脱了困境。
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