日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。
     日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。
     5、中国税关之新设。凡满洲陆路输入外国货物，须征之某输入税，宜于国境地方及内地重要都府新设税关。
     6、教育机关之新设。欲图人民知识之发达，宜于各都市新设学堂，授以外国语及普通教育，渐次进于高等教育。

     袁世凯的东北政策，实际上是他对东北全面进行改革的方案，包括东北地区由军府制改为行省制的改革，全面进行政治、军事、经济、教育等方面的改革，即全面推行新政，将早期现代化拓展至东北地区，以和内地相一致;还包括开放东北，正确处理和外国的关系等。袁世凯改革东北的方案，对于在东北推行新政，加强对东北的治理、建设，以改变东北的落后面貌，巩固东北的国防，抵制外国对东北的侵略，均有着极其重要的意义。这个改革方案，是面对沙俄对东北侵占即将结束而提出来的，因此是非常及时的。袁世凯改革东北的方案，由于沙俄没有如期撤兵和随后的日俄战争爆发而没有能够实现，但它却是全面改革东北的先声，对以后的改革产生了重大影响。
     日俄战争爆发后，清政府由于自身的软弱和无奈，不得不选择了局外中立。局外中立是袁世凯提出和具体负责实施的。这在当时来说也是出于无奈，不过即便局外中立，也需要一定的实力准备，正如袁世凯所说，“就我现在情事而论，不得不谨守局外，然公法局外之例，以遣兵防边，不许客兵借境为要义。防之不力，守局立隳，不但人之溃卒，我之土匪，必须认真防堵，而两大抅兵，逼处堂奥，变幻叵测，亦不得不预筹地步”。他在给清廷提出的局外中立国所负责任要点中有这样一条：“局外者，不得允战国借境攻敌，如无力阻止，亦为背局外之责，敌国即可引兵入境，自行抵御。”袁世凯将北洋新军开赴战区，严守中立区域，密切注视着战局的发展变化。不过清政府的中立，是有着原则性的前提条件并向各国严正声明的，即“东三省疆土权力，无论两国胜负，仍皈中国自主，不得占据”。
     这里还有一个问题需要说明，即清末袁世凯对日本的认识问题。袁世凯在任职于朝鲜12年的主要使命，即秉承李鸿章和清廷的意旨，维护中、朝传统宗藩关系，抵制日本和其他列强向朝鲜的渗透。袁世凯在完成这一使命时有得有失，但总体上说他对日本是有着一定认识的，对日本的抵制是非常明显的。1882年，袁世凯参加了平定朝鲜“壬午兵变”的军事行动。
     1884年，袁世凯又亲自指挥中国军队平定了“甲申政变”，粉碎了日本扶持开化党颠覆政府脱离中国的企图。正因为如此，甲申事变后中、日两国谈判，日本代表提出要对袁世凯进行严惩。袁世凯在任职驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣期间对朝鲜的积极经营，促使中朝贸易额激增，1885-1893年间竟增长了6倍多，而同一时期的日朝贸易额仅增长2倍。日本人惊呼，“我国商人与中国商人在朝鲜的竞争优势已失，朝鲜大量的商业利益从我国商人手中转向中国”。这对野心勃勃要侵占朝鲜的日本来说是决不甘心的，终于在1894年发动侵朝侵华的中日战争，打败中国，吞并朝鲜。而袁世凯由于对日本侵略的抵制和对中国权益的维护而被日本视为仇敌，日本政府“以执政亲中国，疑朝鲜拒日，皆中国驻朝总办袁世凯所为，殊怨袁”，对袁世凯“憾之刺骨，百般排陷之”。
     然而，日本是不以占领朝鲜为满足的，下一步的目标就是侵占中国，而侵占中国首先要占领中国东北。早在1890年，日本内阁总理山县有朋就抛出《外交政略论》，提出主权线和利益线的新概念，“何谓主权线，即国家的疆土是也;何谓利益线，即与我国主权线安危相系的相关地区”;“我国利益线的焦点有三，即朝鲜、西伯利亚铁道和中央亚细亚是也”。侵略中国和朝鲜是日本明治维新以后对外扩张的既定目标，山县把朝鲜和中国作为日本利益线的焦点，只不过进一步确认日本政府的国策而已。沙俄利用八国联军侵华期间单独出兵中国东北，与日本向这一地区的扩张是相抵触的，日俄矛盾激化，最终导致日俄战争的爆发。
     日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。加上他这一时期在北洋以日本为榜样，大力推行新政，聘请了一大批日本军事、警政、教育等方面的人员为教官和教习，对日本表示友好，因此一些日本人把他作为亲日派来看待，“那么就有这样一个结论，袁世凯被划入亲日派的巨头之中”。“日本外交官和军人都把他视为独一无二的朋友”，“在当今中国没有比袁更高明的人才，中国政府今后必定归他掌管，因此，现在如拥护他的立场，他则必定感恩戴德，更加采取亲日主义”。而实际上，袁世凯是一个非常讲求实际的实用主义者，在1898-1907年间所谓的中日关系“黄金十年”的大环境中，他有亲日的倾向是很正常的。但袁世凯决不是一个亲日派，当时是一个具有一定民族情感的官僚，日俄战争之后他对东北主权的维护和对日本侵略的抵制就是很好的说明。
     日俄战争以日胜俄败而告结束。战争一结束，袁世凯就迅速做出反应，立即派军队和行政官员接受地面，恢复行使中国主权。他说：“日俄方分期撤兵，清理地面为目下第一要义，而已撤之区，必须以全力保其治安，方免丛生枝节。惟日人新胜甚骄，狡计孔多，又须审慎详筹，方能有济。”袁世凯奏调张勋率北洋巡防淮军10营开进东北，以接收地面。他在奏陈中说：“东三省日本军队已撤地方，照约应由中国酌派军队，以资治安。现奉天北路日军次第撤退，业经臣商明盛京将军赵尔巽，派正任四川建昌镇总兵张勋，督率所统淮军马队驰往，驻扎昌图府一带。”在日本阻止中国军队一时还不能进入东北的情况下，“是遣陆军入其界内，恐一时尚办不到，日人之作梗如此”。袁世凯主张采取灵活变通的办法，将军队秘密派往。他的办法是：“拟在陆军内随时密□，将弁头目零星改装前往，再由关内招募壮丁，只杂入赴东苦工内陆续东行，先成一二营至五六营，编伍训练，或托名巡警，或托名巡防，如日军不生阻扰，便可竭加增添，倘其猜疑作梗，再另行筹商。”袁世凯还认为，为保证此项办法得以实施，必须严守秘密，暗自操作，即不必请示清廷，“此为相机试办之法，只无确切把握，暂不必具折奏明。只不必多用文牍，恐有泄露，重生阻力”。袁世凯采取非常的手段收复东北主权，而且为了减少麻烦，严守秘密，不向清廷汇报，只求收复失地的效果，这种行为是无可厚非的。像袁世凯这样积极收复东北主权，当时在满汉官员中是不多见的。