接着在5月和9月他又发动了对中国第五战区的襄东进击战(随枣会战)和对第九战区的湘赣会战(第一次长沙会战)。 襄东进击战他3个师团一个骑兵旅团面对李宗仁20个军30万人，湘赣会战他4个师团对薛岳52个师。共同的特点是，在宽大的正面上长途奔袭，穷追猛打，以消灭对方骨干兵团为目标(在江北是汤恩伯军团，在江南是关麟征集团)，不以占领地域为目标，速进速退。均因作战兵力不足和作战地域限制而没能完成任务。这表明日本军队已经陷入了他们最害怕的持久战中。
     冈村因此对大本营总参谋部的限制扩大作战地域的方针大为不满，也不认为板垣征四郎的诱降会有作用，他上书胡说什么：“敌军抗日势力之中枢既不在于中国四亿民众，亦不在于政府要人之意志，更不在于包括若干地方杂牌军在内之200万抗日敌军，而只在于以蒋介石为中心、以黄埔军官学校系统的青年军官为主体的中央直系军队的抗日意志。只要该军存在，迅速和平解决有如缘木求鱼。”他要求大举增兵一逞，由于他的上书和日本的大方针有冲突，他被调离前线，回日本当军事参议官，坐了一年冷板凳。
     1941年4月，冈村宁次被授予大将军衔。不久，被天皇钦点出任华北方面军司令，当时，华北方面军人员24.5万名， 马匹5.2万头，重炮740门 ， 汽车8000辆， 各种弹药1会战份粮秣一月份余。是日本最大的一个战略集团。他在北京郊外的翠明庄，集中一段时间分析了前任失误的原因，认为：华北方面军历来高度分散部署兵力，平均每3平方公里才2个人。由于缺乏确切定期的肃正目标，常常变成静止的防御。日军如不主动讨伐、则中共方面也不进犯。乍看起来，相安无事，宛如缔结了互不侵犯条约。但在双方共存期间，中共却在民众中秘密进行工作，充实其力量，一旦时机成熟，即可一举转向进攻。百团大战就是例证。

            因此，日军施策的目标，应是采取主动进攻的有计划的措施，要划分地域，限定时间巩固治安地区，隐蔽准治安地区的兵力，有计划进入治安地区，并以剩余的兵力向未治安地区挺进，使之向准治安区发展。最终目标是把华北1亿民众拉到日方。按照这样步骤去做，既不宜急于求成，也不可坐失时机，必须要有针对性的战法。冈村宁次称，八路军如附骨之蛆，药劲儿一过便又迅速生长，因此决不能放松对八路军的打压。他计划用三年时间把日军实际控制地区由10%提升到70% 。他判断是否是治安区的标准很简单，从中国姑娘的眼神可以看出当地的治安情况的好坏，第一、绝对见不到姑娘的踪影。系惧怕日本兵的佐证，为“治安不好”。第二、对我们的汽车、卡车感到稀奇而远远地从窗口眺望。为“治安稍好”。第三、在上项情况下，走出家门口眺望，中国姑娘神态自若地走在有日本兵往来的街道上，为“治安良好” 。
     1941年，冈村宁次调集数万日军，开始对中国军队进行残酷的大“扫荡”。中国的历史书上说他在担任华北方面军司令时提出“三光”政策，造成约270万平民的死亡，但在他的回忆录中却写到，他提出的口号是“不杀、不抢、不淫”的三不政策，其实这个“三不”比“三光”更厉害，表面对是日本军队的战争行为进行约束，其实他是要以此来收买人心，达到长期占领中国的目的。 国民党系军队受不了压力，光投降的就有40余万，这些投降将领也很有歪理，他们在北初次见到冈村时就说：“我们不是叛国投敌的人，共产党才是叛逆，我们是想和日军一齐消灭他们。我们至今仍在接受重庆的军饷，如果贵军要与中央军作战，我们不能协助，这点望能谅解。”这时八路军陷入很被动的局面，丧失了一半根据地和人口，平原富庶地带全部变成游击区，总兵力由40万减至30万。太行山上的前方总部被日军特种部队突袭，参谋长左权战死。彭德怀后来曾深有感触地对部下们说：“冈村宁次是一个比多田骏更为毒辣、更为老练的对手。他有很多本事，能实事求是，细致周密。每次进攻，他都要调查半年之久，做准备工作。没有内线发动配合‘维持’他不进行‘蚕食’。他不出风头，不多讲话，对部下不粗暴，你从他的讲话里看不出他的动向来。他经常广泛收集我们的东西，研究我们的东西，是历来华北日军司令官中最厉害的一个。”由于日本太平洋战场陷入困境，华北的日军不断被抽调，八路军终于坚持了下来。
     1944年，日军计划打通大陆交通线，责成华北方面军提出方案，这虽然不是冈村所主张的西安-成都作战，但他还是认真作了准备，其实他早在1941年秋就在黄河南岸夺得了一个桥头堡作为突破口，并不惜代价保持了两年之久。鉴于中国军第一战区40万众分为蒋鼎文和汤恩伯两个集团，而华北日军140个大队只能动用一半约12万人。他预计先消灭作为机动兵力的汤集团，然后再消灭以洛阳为中心的蒋鼎文守土部队。针对汤恩伯喜欢打运动战，而且喜欢趁日军退却时集中兵力突击一翼的习惯，冈村命令内蒙的战车第三师团秘密南下，部署在战线后方，准备在汤恩伯反攻的时候给他当头一棒。结果战场形势发展完全符合他的预计，汤的反攻刚刚显出模样就被打垮了。冈村也由守土的华北方面军司令调任进行大规模机动作战的第六方面军司令。在到达武汉上任的时候，他惊讶的发现华南的制空权已经被中美空军所夺去，武汉的军用仓库都被炸掉，连他要去广州都要绕道台湾，他冒险在夜间从南昌去广州视察，但他的下任冈部直三郎飞这条航线的时候就被击伤。在进行桂柳作战的时候，由于11军司令横山勇不执行命令，为争功抢先占领了柳州，破坏了他的大包围聚歼中国军队的计划，作为前任11军司令并率领11军打下武汉的他以铁腕整顿军纪，把11军从军长到师长到作战参谋一个不留全部撤换，显示了他的雷霆手段。
     由于冈村宁次在侵华战争中，为大日本帝国立下赫赫战功，1944年11月，日本政府升任他为日本中国派遣军总司令官。此时的冈村看到战争不利，曾想引兵直入重庆，引诱盟军大规模增兵中国，以解日本本土之危，但下属都信心不足，对他的芷江作战计划和老河口攻略计划阳奉阴违，出工不出力，他也只好尊从大本营的命令把派遣军主力部署到沿海一带防止美军登陆。正当冈村宁次一心要带领八十万侵华日军准备进行“玉碎”决战时，1945年8月12日，冈村宁次收到了东京大本营密电，此文的核心内容透露了准备接受投降的实情，冈村宁次看了这封电报感到“真是晴天霹雳”。冈村宁次立即向陆军大臣和参谋总长发了电报，要求拒绝《波茨坦公告》，继续作战，冈村宁次对于发动和进行侵略战争的热情可谓“矢志不移”。8月15日10时10分，冈村宁次接到了东京发来的关于“天皇陛下已决定接受《波茨坦公告》”的陆第68号密电。他心中顿时明白了，战败投降已成定局，除谨遵诏命外恐别无他策了。11时过后，中国派遣军总司令部两千余名日军官兵，按平时遥拜天皇的队形，在南京市鼓楼广场东面集合，聆听天皇亲自播讲的投降诏书。
     1945年9月9日 中国战区日军投降签字仪式在南京举行。冈村宁次代表其“中国派遣军”和驻台湾、越南北部的日军在投降书上签字。
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