1912年1月1日，孙中山自沪抵宁，宣誓就任中华民国临时大总统。1月10日，临时参议院决议，以五色旗作为中华民国国旗，取红、黄、蓝、白、黑五色，代表汉、满、蒙、藏、回五族共和之意，请孙大总统颁行全国。1月12日，孙中山复函临时参议院，认为用五色旗作为国旗有三点不妥：(一)清国旧例，以五色旗作为海军一、二品大官之旗。今废清国国旗，而用其官旗，未免失体。(二)五色旗的用意为五大民族，但用颜色代替，取意不准确，譬如用黄色代表满族。(三)既然五族平等，而上下排列，仍有阶级。因此，孙中山认为，从旗帜的历史、旗帜的取意和旗帜的美观而论，用青天白日旗为宜。更何况其时独立各省所用之旗有十八星旗、五色旗和青天白日旗三种，用其一必废其二，所以不能遽付颁行。待清廷覆亡，民选国会成立后，再将国旗问题交国民公决。

在此期间，外交上发生了两件大事，皆与五色旗有关。一是荷属八达维亚爪哇岛泅水埠(今印度尼西亚首都雅加达)的华侨，得知清帝逊位，共和国成立的消息后，欢喜异常，升起五色旗并燃放鞭炮进行庆祝，遭到殖民当局的无理镇压，当场被荷警开枪打死三人，打伤十多人，拘捕数十人。不久，华侨致电南京临时政府，请求保护。

孙中山就荷属爪哇殖民当局迫害华侨事件，召集南京临时政府内阁开会，议决照会荷兰政府，提出：(一)限三日内释放被捕者;(二)赔偿财产损失;(三)被害者之赔偿;(四)恢复人权，与欧侨、日侨一律看待，并限一星期内答复。否则将禁止通商，不准民国悬有菏兰国旗。荷兰政府外交部复照中国驻荷兰临时外交代表刘镜人，就爪哇殖民当局侮辱五色国旗，暴虐华侨事件强行诡辩，竟胡说中国“不应将改建国体事通告华侨”。

另是驻日本公使汪大燮向日本政府通报中华民国成立，以五色旗为国旗后，2月24日，在日本神户、大阪等地，当地华侨在中华会馆召开中华民国共和祝贺会，当晚，举着五色旗，提灯游行庆祝时，也发生日警毁旗拘捕华侨和留学生事件。

这些外交事件表明：五色旗与中华民国临时政府在国际上已成为既定事实，有了一定的影响。

1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就任临时大总统。4月5日，临时参议院迁往北京。5月6日，临时参议院讨论国旗统一案。以蔡元培为代表的革命党议员们，坚持用青天白日旗作为国旗，湖北省的议员则认为，十八星旗与辛亥革命有密切关系，应以此为国旗，以示不忘武昌革命。但有人反对说：十八星旗代表独立的十八行省，不包括内外蒙古、东三省、新疆、青海、西藏。现在约法规定：民国分26个区域，是不是要改十八星为二十六星?可见，用十八星旗是不合适的。最后江苏都督程德全提出一个折中方案：以红、黄、蓝、白、黑五色旗代表汉、满、蒙、藏、回五族，作为中华民国国旗，以十八星旗作为陆军旗，以同盟会青天白日旗作为海军旗。此方案由北京政府正式公布。

1913年“二次革命”失败后，孙中山等革命党流亡日本，建立中华革命党，在颁发的党证及委任状上，均用青天白日满地红旗为国旗，青天白日旗为党旗，交加于上。1916年，在“护国运动”期间，起义于山东潍县和广东各地的中华革命军，都打出青天白日旗作为标志。

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