牺盟会举办的军政训练班和民训干部团中的绝大多数，后来成为山西乃至全国抗战的骨干，实现了对山西旧政权的改造，使山西105个县政权中70余个掌握在坚决抗日的共产党员手中。抗日战争全面爆发后，为了不断扩大党领导的抗日武装力量，薄一波同志向阎锡山建议组建山西新军，1937年8月1日成立了新军部队山西青年抗敌决死队，他先后任总队、第一纵队政治委员。他创造性地制定了《政治委员制度条例》，提出政治委员为部队最高首长的制度，保证了我党对新军的领导权，使这支力量很快由一个总队发展到四个纵队，成为抗战时期我党领导的一支重要武装力量。1937年11月初，他率决死队第一纵队前往晋东南抗日前线，任山西省第三行政区政治主任，领导创建了太岳抗日根据地，配合八路军开展抗日游击战争。以薄一波同志为代表的共产党人与阎锡山成功地建立统一战线，对华北的抗日战争具有重要意义，对全国抗战也产生了积极影响。毛泽东同志关于把山西作为全国抗战的战略支点的伟大构想由此得到实现。毛泽东同志1943年在延安听取薄一波同志汇报后称赞说：“你们以少数人团结了多数人，取得了胜利，这是我们党统一战线政策的一个成功的例证”。

1939年底，阎锡山在蒋介石掀起的第一次反共高潮中率先发难，发动了企图消灭新军的12月事变。在八路军的支持和配合下，薄一波同志率新军坚决自卫反击，粉碎了阎锡山的阴谋。此后，新军正式编入八路军序列，他继续担任山西第三专员公署专员、决死队第一纵队纵队长兼政治委员，在党中央、北方局和八路军总部的直接领导下，巩固和扩大敌后根据地。1940年4月，他出席邓小平同志主持召开的冀南、太行、太岳地区军政党委员会高级干部会议，在会上提出安定民生、建立秩序、发扬民力、增加生产四项措施。会后他担任冀南、太行、太岳行政联合办事处副主任，领导太岳抗日根据地的建党、建政、建军工作。1941年1月任八路军太岳军区司令员兼政治委员，8月任八路军太岳纵队政治委员，同年任新成立的晋冀鲁豫边区政府副主席。1942年9月起任中共太行分局委员，中共太岳区委书记。从1942年11月开始，他和陈赓、安子文等同志共同领导了历时两年半的沁源围困战，粉碎了日寇妄图摧毁太岳根据地的阴谋，将敌人赶出沁源，被延安《解放日报》称为“敌后抗战中的模范典型之一”。1943年8月，他赴延安参加党的七大。后由于七大推迟召开，他到中央党校一部学习，并担任第一支部干事。1945年4月至6月，他出席了党的七大，当选为中央委员。

1945年8月日本宣布无条件投降后，党中央决定成立晋冀鲁豫中央局和晋冀鲁豫军区，薄一波同志任中央局副书记和军区副政委，协助邓小平同志主持中央局的日常工作。同年8月至11月，薄一波同志协助刘伯承、邓小平同志指挥解放区军民，取得了上党战役和平汉战役的胜利。在平汉战役中他和刘伯承同志一起，亲临前线同国民党将领高树勋会晤，争取了高树勋部的起义。1946年3月，他在晋冀鲁豫边区参议会一届二次会议上当选为议长。同年4月，赴延安汇报工作。随后参加了《中共中央关于土地问题的指示》(通称“五四指示”)的起草工作。6月，他领导晋冀鲁豫解放区贯彻“五四指示”，开展土地改革运动。1947年夏，他任晋冀鲁豫中央局第一副书记、代理书记。同年7月至9月，他率晋冀鲁豫解放区代表团赴河北平山县西柏坡村，参加全国土地会议，讨论制定《中国土地法大纲》。他在领导晋冀鲁豫解放区的土改复查和基层整党的运动中，坚持从实际出发，纠正“左”的错误，使土地改革运动得以健康发展。他结合解放区的实践，努力贯彻毛泽东同志关于“发展生产，繁荣经济，公私兼顾，劳资两利”的十六字方针，落实工商业政策，推动了晋冀鲁豫解放区经济的恢复和发展。

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