孙连仲的部队水不惊、鱼不跳，将总统府包围得铁桶一般，并将总统府的岗哨全部换成自己的人。夜色茫茫，中南海沉浸在宁静如水的月光之中。东方既白，中南海内一阵大乱，杂沓的脚步声惊醒了延庆楼内高卧的大总统，他立马火了，骂道：“何人敢在此放肆、喧哗?”侍从惊慌失措，腔调都变了：“大……大总统，来了……来了……”哆嗦着用手往门外指。

孙连仲带领着佩带“国民军”臂章的士兵直闯进来，立正敬礼，粗声大气地报告：“大总统，您不要怕，我奉冯检阅使的命令，特意来保护您的安全的。”他手一挥，端着雪亮刺刀枪的士兵分散开来，将总统曹锟软禁起来。直系军阀控制的北京政府垮台了。

“首都革命”后，电邀孙中山北上，共商国事。孙中山应冯玉祥的邀请，扶病北上途中，肝疾复发，到北京后即住进了协和医院。孙连仲实际上成为冯玉祥的副官长，什么事都由他经手。1926年1月3日，孙连仲代表冯玉祥到协和医院慰候孙中山的病况并请示对局势的建议;还会见了宋庆龄、戴季陶、宋子文、张继等人。

此时，奉系与国民军关系开始紧张。奉军张作霖、张学良父子带着一个团到了北京，住进顺城王府，国民二军的岳维峻、邓宝珊等人想缴张作霖的械，冯玉祥却犹豫不决。第二天晚上，孙连仲得报：张作霖的卫队抬着重机关枪在街上跑步赶往火车站，逃离北京，前往天津。孙连仲知道走漏了风声，立即去向冯玉祥报告，他虽然不敢向冯玉祥建议，也认为冯玉祥感情用事，贻误时机。国民军改为西北军，孙连仲升任西北军骑兵第二师师长。不久，冯玉祥下野去了苏联。

1926年4月，原本在第二次直奉战争的死对头奉直两系，成为新的搭档，造成了奉、直、直鲁(李景林、张宗昌)晋(阎锡山)军队联合“讨赤”，进攻西北军的不利局面。

孙连仲、韩复榘、石友三等部进攻雁北地区，孙部为左翼，在大炮掩护下，利用挖坑道，一举突破了阳高县城;接着又包围了天镇。他的对手是以防守而著名的晋军名将傅作义。孙连仲久攻不下，遂留一个团监视，转攻克应县县城，又向灵丘、蔚县而去。这时，南口失守了，西北军溃散，孙连仲率部撤退到甘肃一带。冯玉祥从苏联回来后，在五原誓师，重整旗鼓，制定了“固甘援陕，联晋图豫”的方针，很快与国民革命军会师中原。北伐完成前，孙连仲任第二集团军第二方面军总指挥，在彰德与奉军主力大战。北伐胜利后，孙连仲坐镇青海，担任青海省政府委员兼主席，不久他改任甘肃省政府主席。

中原大战前，在冯玉祥主持的军事会议上，孙连仲提出与冯玉祥相左的意见，认为不能放弃后方根据地全力进攻。冯玉祥否定了孙的意见，结果大败亏输，孙连仲投蒋介石，改编为第二十六路军。1932年12月中旬，在赵博生、董振堂领导下，一万七千多人在宁都起义，参加了红军。由于孙连仲但是不在部队，因此也没有受到蒋介石的重责，从此孙连仲便死心塌地地跟着蒋介石。

1930年3月，孙连仲接到冯玉祥的命令，迅速从兰州赶到潼关。冯玉祥亲自去车站接他。孙连仲急忙立正敬礼，喊了声：“冯先生，你好!”冯玉祥用一用讥讽地口吻说：“如今你们都是封疆大吏了，还管我好不好?”孙连仲听出他话里有话，于是说：“儿大大不过爹，山高高不过天，我们再咋样，还是你的部下，还是得听你的招呼!”冯玉祥这才有了笑容：“那好，仿鲁，可别忘了你自己说过的话。”

冯玉祥在军事会议上，提出和阎锡山联合反蒋介石的作战计划。由于西北军刚和中央缓和关系，得到了部分军饷和枪械，突然听到冯玉祥提出又要反对中央的主张，众人都感到意外，大伙七嘴八舌，纷纷表示反对。虽然冯玉祥没有骂娘，但他的家长作风再一次显露出来。大家都不敢说话了。只有石敬亭站起来说：“冯先生，打蒋介石可以，但我反对联合阎老西!”冯玉祥眼一瞪：“你不干可以辞职!”石敬亭说：“那好，我就辞职吧!”接着冯玉祥给他的大将们分配作战任务。一共是六路大军，孙连仲为第五路。

冯玉祥对孙连仲说：“仿鲁，你速回甘肃，立即动员全省人力和财力，要组织一切力量，倾巢东进。”

孙连仲在甘、青一带刚站稳脚跟，听说要放弃地盘，认为实在不妥，于是说：“冯先生，我以为孙殿英、刘镇华靠不住，阎锡山更靠不住。我们自己的实力不是太强，再说西北境内有许多土匪没有肃清，后方不靖，实在不应该在这时候出兵!过去我们在南口失利后，就是在甘肃建立了一块根据地，西北军之所以立于不败之地，就是靠着后方根据地的支撑，才能杀出潼关，挺进中原。现在我部一旦全力东进，马家军会趁机扰乱我们的后方，岂不是后院着火?不如让我留守战略大后方，万一打败了，也好有个退路。”

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