第三，没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。由于美国的庇护，在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000多名日本军人公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，参与了细菌武器、化学武器的研制、生产和使用，包括惨无人道的用活人进行实验，理应受到严惩，但细菌战干将石井四郎、北野政次、若松有次郎、增田知贞等人，却被美军占领当局保护起来，并掩盖其重大的战争犯罪事实，成了为美国提供细菌战研究情报的“有价值的合作者”，而被免于起诉。作为交换条件，石井四郎等20名“细菌战专家”，向美国提交了长达60页的人体实验报告、20页的19年的作物毁灭研究报告和8000张“细菌战实验人体及动物的解剖组织”幻灯片;另还有石井四郎本人从事“细菌战各阶段研究20年经验的专题论文”。

由于美国的包庇，虽然侵华日军实施细菌战、化学战的事实早已真相大白，但日本政府至今不认错。虽经中国细菌战受害者多次向日本政府起诉、抗议，但一直到2002年8月，日本东京法院才作出“认定有侵华日军曾发动细菌战和杀害中国人民的事实，但拒绝向受害者赔礼道歉及经济赔偿”的裁决。不愿反省或否认自己过错的民族，极有可能重蹈覆辙。

第四，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。第二次世界大战结束后，1948年3月，美国国务院政策计划委员会主席乔治釰凯南与麦克阿瑟共同提出，并得到美国国家安全委员会批准的对日本的“新方针”为：美国政府应保护日本不受共产主义的威胁。因此，美国必须在日本留驻军队，缔结对日和约应该是简单的、一般性的，而不是惩罚性的，等等。此前，美国就释放了大资本家鲸川和航空工业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的根源没有得到彻底揭露。1948年12月24日，即对7名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部即宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。

东京审判战犯

1950年5月15日，中华人民共和国外交部发表声明指出：“中央人民政府认为驻日盟军最高统帅麦克阿瑟违法越权的行为，不仅破坏了第二次世界大战中远东同盟国关于设立国际军事法庭的协议，不仅破坏了远东国际军事法庭惩治日本战犯的庄严判决，同时，这种狂妄行为必然严重损害了中国人民以八年血战换来的制裁日本战犯的基本权利，损害中国人民防止日本法西斯侵略势力复兴的基本利益。因此，中华人民共和国中央人民政府对于麦克阿瑟以单方命令擅自规定提前释放日本战犯一事，绝对不予承认。”1950年11月21日，远东盟军总部又非法释放判刑本来太轻而且刑期未满的重光葵，他不久就当上了外务大臣和副首相，荒木贞夫、畑俊六等也被释放，贺屋兴宣甚至重新回到政界。

1951年9月18日，周恩来发表声明强烈谴责《对日和约》，他提出，《对日和约》“不仅不是全面和约，而且完全不是真正的和约，这只是一个复活日本军国主义，敌视中苏、威胁亚洲、准备新的侵略战争的条约”。第一，《对日和约》没有使日本结束与苏联、中国的战争状态，没有恢复和平，只是使日本决定性地从属于美国为首的资本主义国家体系。第二，《对日和约》第3条允许美国以托管的名义半永久性地对冲绳实行军事占领，第5条C项和第6条A项实际上允许美国以保卫日本安全为名，继续对日本本土实行永久性军事占领。第三，没有解决战争赔偿、领土等通常签字和约必须解决的问题。同时，在美国的操纵压力下，蒋介石国民党政府为了争取日本承认自己是中国的“合法政府”，竟放弃了战争赔款要求。

从1950年10月到1952年8月，在美国政府的支持下，吉田茂内阁政府先后为18万左右的军国主义分子解除“整肃”，使他们重返政坛，窃据要职。到1958年4月7日，所有未服满刑期的日本战犯最后都得到了赦免。更有甚者，甲级战犯岸信介被释放当年即当选为国会议员，后又出任日本首相，组成“战犯内阁”。其结果导致日本国内弥漫着“集体无罪意识”：既然身居高位、掌握国家大权者无罪，日本就无罪;既然天皇、政府、各级官员没有战争责任，所有罪责都在25名战犯身上，只要惩处了他们，日本的战争罪责就“洗净”了。从而，使日本多数政要不愿意认真反省和悔改战争责任，尤其是使日本右翼势力否认、歪曲、美化其侵略历史的言行大行其道。

第二次世界大战结束前后，美国对日本采取保留的天皇制，成为战后日本重建右倾保守政治体制的政治基础和精神支柱;美国对日本实行单独占领并包庇、赦免一大批犯有侵略战争罪行的日本战犯，且用“冷战”政策予以呵护，使日本战后一直没有认真反省和清理对外侵略历史，为日本军国主义思潮的复活提供了温床。这是自20世纪80年代以来日本少数右翼势力否认和美化其侵略历史的谬论肆意泛滥、为军国主义战犯招魂的闹剧连年迭演、政治右倾化趋势日益严重的主要历史渊源。

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