清军引兵入关后，为了笼络人心，多尔衮下令，五月初六至初八，为崇祯帝哭灵三日，上谥号怀宗端皇帝，后来又改称庄烈愍皇帝。并将他和周皇后的棺木起出，重新以皇帝之礼下葬，葬在昌平明皇陵区银泉山田贵妃陵寝内，妃陵改称思陵，一后一妃陪着崇祯去往另一个世界。长平公主在京城游荡了几天，看到父母终于入土为安，长平公主虽然国破家亡，也终于得到了一丝安慰。但是其后她再也没有得到三个弟弟的丝毫消息。与她相依为命的，这时只有崇祯的袁贵妃。袁贵妃虽然重伤，最后也象长平那样死而复苏。清顺治二年，长平公主向顺治帝及摄政王多尔衮上书，说"九死臣妾，跼蹐高天，愿髡缁空王，稍申罔极。"她希望自己能够出家为尼，断绝这尘世间的哀伤悲痛。然而，她是先朝长公主，为了让汉人归心，这个愿望，清朝廷是不会答应她的。不但不答应，在长平公主上书不久，顺治帝的诏命就跟着下达了——不许公主出家，而是让她与崇祯为她选定的驸马周显完婚，并且同时赐予府邸、金银、车马、田地。但仅仅过了几个月，长平公主就病逝了，时为顺治三年，长平公主十八岁。赐葬广宁门外。

另外据张廷玉的《明史.公主传》记载“长平公主，年十六，帝选周显尚主。将婚，以寇警暂停。城陷，帝入寿宁宫，主牵帝衣哭。帝曰："汝何故生我家!"以剑挥斫之，断左臂;又斫昭仁公主于昭仁殿。越五日，长平主复苏。大清顺治二年上书言："九死臣妾，跼蹐高天，愿髡缁空王，稍申罔极。"诏不许，命显复尚故主，土田邸第金钱车马锡予有加。主涕泣。逾年病卒。赐葬广宁门外。”《明史.流贼传》记载“长公主绝而复苏，舁至，令贼刘宗敏疗治。”基本上与上面的说法相同。

但这只是历史的一说，还有一种说法说，长平公主没有死。而是出家做了尼姑。这个故事在民间传说和武侠小说中十分的流行。大致说有一位武功超凡的独臂女尼，乃是明崇祯皇帝的嫡出长平公主，因为国破家亡，被父亲砍去手臂后流落民间。怀着深仇大恨的公主练就了一身武功，誓要为父母报仇雪恨。人称独臂神尼九难。传说独臂神尼九难收了八个天下无敌的徒弟，其中有个吕四娘。吕四娘是九难的关门弟子，后来潜入深宫，刺杀了雍正皇帝，辗转为师父报了家国之仇。这八个了不起的徒弟，被称为"清初八大侠"，威震天下。此外，在金庸的小说《碧血剑》和《鹿鼎记》中也有长平公主的影子出现。在《碧血剑》中的长平给人最强烈的印象是长得相貌极美及气质高贵。十分符合她皇家公主出身的身份。;《鹿鼎记》再度描绘长平公主为独臂神尼，“白衣侠女纤尘不染，神功盖世浪迹江湖。可怜如花似玉女，生于末世帝王家。国破家亡烽烟起，飘零沦落梦天涯。”与此同时粤剧中有一部极为经典的《帝女花》，讲的也是长平公主的故事，说她在明亡后，出家为尼，后来又被清朝廷找到，要她与驸马完婚。为了让父母能够平安下葬，弟弟们能够被释出牢狱，她答应了这个要求。洞房花烛之夜，长平公主和驸马周世显服下了砒霜，以死报国。这些故事听来虽然浪漫，但毕竟只是传说而已。那么真实的历史又是怎样的呢?

也许历史的真实真的是无人可知，想象长平公主短暂的一生，经历了风云变幻的际遇，历经了三个特殊的王朝。明、大顺、满清。也许她真出了家，选择了青灯古佛，缁衣黄卷相伴终生。也许她一生都没有踏出过北京城一步，郁郁而终。但是，有一点可以肯定缠了一双小脚的长平公主绝对不可能成为一个武侠高手。

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