正所谓朝中有人好做官，段芝贵虽然因为性贿赂丑闻而被朝廷定为“永不叙用”，但在袁世凯面前，依然是颇得宠信。1911年辛亥革命爆发后，袁世凯逼迫宣统帝退位，从孙中山手中接过临时大总统的桂冠，跟着他的人个个封爵授勋，段芝贵也时来运转，起死回生了。因拥戴有功，段芝贵被袁世凯封为第一公爵，武卫右军右翼翼长。次年，他又升任袁世凯的驻京总司令官，继任拱卫军总司令。1913年秋，段芝贵又授陆军上将军衔，任陆军第一军军长，后在1914年改任湖北都督，授彰武上将军和镇安上将军。

段芝贵级别虽高，能力却不见得如何。所以，当时也有很多官员都“不尿他这一壶”。例如，他在东北担任东三省军务兼奉天巡按使时，就曾被张作霖设计撵跑。那些靠实力起家的军阀都对他的那些作为嗤之以鼻，把这个人讥讽为“草包”。袁世凯倒台以后，段芝贵转而投靠皖系段祺瑞。1920年直皖战争爆发后，段芝贵任皖系一路军总司令兼京师总司令。皖系失败后，段芝贵隐居于天津租界，1925年3月患脑溢血一病不起，黯然离世。

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