1945年8月20日，日本陆军参谋次长河边虎四郎中将飞往菲律宾马尼拉，几天后他返回日本，带回了正式签署的投降文书之副本，此外并有盟军最高司令官麦克阿瑟的第一号指令。在这份指令中，麦克阿瑟规定了军队无条件投降的实施具体办法，停止全部国内军需工厂的生产，迅速解除军队的武装，撤去军事设备，停止飞机飞行等等。
    当时的内阁对关闭工厂一项颇为踌躇，因为按照规定，稍与军需有关的工厂，必须全部停工，若按日本式来理解，那么几乎全国工厂都得关闭。最后内阁为忠实履行投降手续，不节外生枝，全部执行。
    

在美国内部也有一些人对无条件投降原则持有异议，如国务卿赫尔和陆军部长史汀生等，在这些人当中最具代表性的就是前驻日大使约瑟夫·格鲁，格鲁曾担任过10年的驻日大使，是美国国内著名的“日本通”，他的日记《使日十年》被作为研究美日关系的重要资料在中国出版。
    
    
    约瑟夫·格鲁，在相当程度上主导了美国战后对日政策的制定
    二战爆发前，格鲁就多次对日本即将发动的进攻向国内发出警告，珍珠港事件发生后，他被日本扣留，之后被遣送回了美国。格鲁认为，无条件投降原则忽略了日本政治结构的特殊性，即天皇制问题。
    如果美国按照一般性的解释对日本执行无条件投降原则，必然会指向废除天皇制，但这样将难以保障日本投降的有序进行，他说“我很清楚地知道，到了日本应该投降的时候，只有天皇能促成其实现；也只有他颁布诏书，即日本人所认为神圣的文件才能使投降生效”。
    同时，他认为保留天皇制也能使日本在投降后得以维持正常的社会秩序，他在1944年4月写给赫尔的备忘录中写道“企图废弃或撇开天皇制度，据我判断，只会妨害我们实现我们的最后目的，如果我们坚持这样做，这种决定只能引起混乱”。
    当时，美国国会和民众正处于严惩日本偷袭珍珠港卑劣行为的强烈情绪之中，对日作战也尚未进入最后阶段，因此，格鲁并不急于道出自己的看法，1944年12月，格鲁被罗斯福提名为副国务卿，在向参议院进行的陈述中，格鲁说“我从来没有表示赞同战后保留日本天皇，也没有表示赞同战后废黜日本天皇，我想等待和观察，我相信这将会成为简单的常识”。
    尽管国内存在着不同意见，罗斯福仍始终坚持着无条件投降原则，鉴于日本败局已定，美国于1945年2月7日出台了题为“日本无条件投降”的文件，用以明确美国内部各部门在日本投降时和投降后的职责和权限并协调美国和其他盟国间的行动，该文件包括了五个附件，其中明确规定了日本无条件投降书要由日本天皇和帝国武装部队最高司令官签署。
     

罗斯福去世后，副总统杜鲁门接任，这也直接引发了美国对日政策的调整。杜鲁门上任后短短几周，德国就投降了，因此，他在德国投降问题上没有费多少力气，于是，日本投降问题就成了唯一由杜鲁门亲自主导的外交议程，他也因此对这一问题格外关注，特别是在减少美军伤亡和扩大美国战后利益方面。
    杜鲁门对外交事务不熟悉，他比罗斯福更加倚重外交人员，这就加大了已经成为全盘负责远东事务的副国务卿格鲁的影响。同时，在处理德国投降和分区占领问题时，苏联与美国的矛盾日益升级，甚至已经超过了盟国与日本之间的矛盾，杜鲁门就说“在今后世界上，自由世界和苏维埃世界的竞争将压倒一切”，因此，美国对待日本投降和占领问题时展现出了与对待德国截然不同的态度。
    5月28日，格鲁在与总统特别顾问塞缪尔·罗斯曼会晤后，提出了一个向杜鲁门汇报的备忘录，再次提出了保留天皇制的问题，他特地强调这样做是“出于减少美国人牺牲方面的考虑”，这次他明确指出“对于日本人来说，无条件投降的最大障碍是他们认为要摧毁或者从根本上废除天皇和天皇制”，基于这样的理由，美国应该“给他们一点暗示，允许日本人在战后自行决定自己国家的政治体制”。这个备忘录击中了杜鲁门希望减少美军伤亡的要害，还突出了保留天皇制将扫清日本投降的障碍，也就是说可以促使日本尽快投降，从而避免苏联插手远东事务，杜鲁门对这样的建议非常满意，表示这“似乎是一种真知灼见”。
    允许日本保留天皇制的条件也很快得到了美国军方的认可，但美国并未立即向日本宣示新条件，这主要是因为美国尚未做好对日本全面进攻的准备，原子弹的研制也尚未完成，如果这时拿出新条件被日本拒绝，美国难以很快以军事手段做出应对。基于这种考虑，6月11日，美国出台了“战后初期美国对日政策”文件，仍旧要求日本无条件投降，此后将由盟军最高统帅行使日本帝国国内和国际事务权力，天皇的宪法权力将被中止，日本政府的职权也将由军事占领当局代行。
    7月16日，原子弹实验成功，美国终于可以安心向日本提出最后通牒了，26日，《波茨坦公告》发布，值得关注的是，这份公告没有涉及天皇制和政治体制方面的问题，而“日本政府必将阻止日本人民民主趋势之复兴及增强之所有障碍予以消除”和“日本政府立即宣布所有日本武装部队无条件投降”等内容明确规定日本政府是执行日本投降和维护日本战后秩序的主体，不但明示无意摧毁日本政府，还透露出战后将采取军事占领与间接统治结合的方针，这里的“日本政府”显然只能是天皇政府，美国正是借此公告宣示了新的“无条件投降”原则，这个原则的本质已经变成了日本军队无条件投降，而日本国家“有条件投降”。
    
    
    1945年9月2日，四名美国士兵走进裕仁的皇宫。日本投降后，天皇住所神圣不可侵犯被终结，美国人走进了此前外国人无法涉足的皇居
    为了在日本投降问题上占据主导地位，美国进一步放宽了对日本的要求，在日本乞降照会的答复文中，美国放弃了要求天皇签署投降书的要求，改为让天皇“授权并保证日本政府和日本帝国大本营签署必要的投降条款”，也不再要求废除天皇宪法权力，改为“自投降之时起，天皇和日本政府的权力应从属于盟军最高统帅”，美国的答复中不仅不再提“无条件”三个字，还保证了天皇以及日本政府都将在盟军最高统帅的统领制下得以保存。8月14日，日本告知美国同意新的投降条件并愿意接受美军占领，结果，美国不顾中英苏三国仍存异议，立刻通过广播宣布美国接受日本的投降，在广播中杜鲁门说“我认为（日本的）这一答复完全接受了规定要日本无条件投降的《波茨坦公告》”。
     

接受日本投降后，美国立刻派兵占领日本，8月28日，美国海军陆战队在横须贺登陆。30日，麦克阿瑟以驻日盟军最高司令官的身份抵达日本厚木机场，随后，数十万美军陆续进驻日本，接管了各大都市和战略要点，日本全国被分成2个占领区：九州、四国和本州南半部划为美军第6集团军的占领区，本州北半部和北海道由美军第8集团军占领。
    苏联在得到日本投降的消息后，也曾要求参与对日占领，并派华西列夫斯基元帅和麦克阿瑟共同担任驻日盟军最高司令官，但美国表示拒绝考虑苏联的要求，只按照雅尔塔会议上的密约，让苏联收回南库页岛并占领了千岛群岛（南库页岛是日俄战争后俄国割让给日本的，苏联据此收回，但千岛群岛从未归属过苏联，苏联占领这一地区并无国际法依据）。
    
    
    苏联占领北海道及东北；美国占领关东、中部、福井县以外的北陆、三重县、琉球群岛；中华民国占领四国； 英国占领中国地方、九州。东京都由美、中、苏、英共同占领；大阪府由英国和中华民国共同占领
    美国最初想按照德国模式来处理日本的占领问题，还提出了一个四国占领计划，也就是美国占领本州岛中部地区，苏联占领北海道和本州北部地区，中国占领四国岛，英国占领本州西部和九州岛，东京和大阪两城市则由各国分区占领。显然，美国在制定这一计划时过高估计了日本的作战能力和占领日本所需的军力和财力，美国三部协调委员会（国务院、陆军部和海军部）远东和太平洋地区小组的一份文件中说“如果这种占领和管制全落到美国一国身上，美国人将不愿意来承担这种单独占领的费用”。
    不过，美军在占领日本时并没有遇到起初预想的“费用过高”问题，这还是拜日本迅速投降所赐。本来美国计划在欧战结束后调整全球军力部署，一方面从欧洲调一部分军队前往亚洲参战，一方面实施部分复员，毕竟日本战力不比德国，美国可以开始为战后复员做准备了。
    
    
    “裕仁的签字在这里”，1945年9月8日，杜鲁门（右）兴奋地指着停战诏书说。站在他旁边的是陆军参谋长乔治·马歇尔（中）和陆军部长亨利·刘易斯·史汀生，后者手持的文件是在密苏里号上签字的受降书
    由于日本迅速投降，美国干脆直接进入复员状态，杜鲁门宣布，到1946年6月，美国陆军将减少到195万人，此后不久又将这个数字削减了40万人，到1946年春天，美国进一步宣布到1947年7月，美国陆军将削减到107万人，这样，原本为亚洲战事准备的物资数量已大大超过了占领日本的实际需要。由于物资充裕，美国还对蒋介石政府表示，中国用于占领日本的军队的所需物资也可以由美国来提供，美国的慷慨当然有其目的，日本在战时一直宣称太平洋战争是黄种人和白种人之间的战争，若能让中国人参与占领日本，人种战争的说法就会不攻自破了。
    美国原本还想利用苏联机场来轰炸日本，可在攻占塞班岛后美国已经将自己的轰炸范围扩大到了足以覆盖日本全境，从此，美苏在远东合作的大门逐步关闭，随着战事的发展和国际局势的变化，美国对苏联的戒心越来越重，最后从与苏联共同对日作战转向了防范苏联借日本投降之机在远东拓展影响力。
     

最终，除小部分澳大利亚和新西兰军队外，绝大部分的对日占领任务都由美军完成，盟国对日本的指令都必须经由美国政府传达给麦克阿瑟的盟军总司令部（GHQ）实施，美国对日本实施了实质上的单独占领。麦克阿瑟在GHQ起用了被称为“巴丹集团”的一批将领（也就是二战初期和麦克阿瑟一起被日本打败，从菲律宾撤往澳大利亚的军官），其中最为麦克阿瑟倚重的是惠特尼准将和威洛比准将，前者律师出身，出任GHQ核心部门民政局局长，负责在日本推行民主化改革。后者是行伍出身，担任第八集团军参谋二部部长，负责军队政治工作。
    让占领日本的美军没有想到的是，曾经那个号称要“一亿玉碎”与美国人同归于尽的日本民族却出人意料的并未表现出太多敌意，甚至有人对美国非常欢迎。有些日本人对美军占领带来的改革怀着复杂的感情，文学家河上彻太郎称之为“配给制自由”，一语道破了这种改革中的自相矛盾。
    日本投降和美国单独占领可谓是外交史最富于戏剧性的转折，日本在美国主导的改造下迅速完成了从美国的对手到美国的盟友的大转身，而美苏这对战时盟友之间的矛盾却在美国单独占领日本的过程中彻底公开化。著名的日裔美籍历史学家入江昭在美国占领时期正好在日本读中学，作为亲历者和研究者，他对那段历史的重要性和特殊性有着非常深切的感受，在《剑桥美国对外外交史》中，他评价道“从很多方面来说，日本投降的方式不仅使之成为战后和平的开始，也成为冷战的开端”。