中国学者关于现代中日关系史的研究，不但受制于本国的资料，也受制于日本的资料，而后者的制约可能会更大。1945年8月15日投降前后，日本政府与军部为了销毁战争罪证、逃避战争责任，分别命令下属烧毁了大量的文书，主要是最为重要的机密文书“外务省记录”和“陆海军文书”，由此造成了现代中日关系史研究上永远的缺憾。战后美国接收了一些免遭烧毁的资料，部分地制作成缩微胶卷，使得战前日本的机密文书，得以公开于世。美国后来将大部分资料归还了日本，但现存于日本外务省外交史料馆与防卫厅防卫研究所图书馆的主要资料，数量与质量均已非常有限。日方史料的这种状况，值得提请所有研究现代中日关系的学者们，必须注意自身成果的局限性，并努力在“日本之外”发掘新的资料。
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就民国以来到抗战胜利以前的现代中日关系史的学术研究而言，作为第一手资料的两国档案史料，其重要性与意义，是不言而喻的。但是，这种资料的状况，至今却不能尽如人意，甚至于人为地留下了永远的缺憾。
就中方资料而言，自王芸生先生的大作《六十年来中国与日本》问世（注：王芸生的文章，从1932年1月11日起，在天津《大公报》的“六十年来中国与日本”专栏上连载。1932—1934年间，天津大公报社陆续出版了王氏之同名专著，共7卷。该书出版之后，即因其史料价值而受到日本方面的重视。1933—1936年间，日本学者长野勋、波多野乾一将该书改名为《日本外交六十年史》，编译为10卷陆续出版。其中，当时的日本外相内田康哉还亲自为1933年3月出版的第1卷(东京，建设社)作了序言，以“他山之石，可以攻玉”而推举该书。）以来的70多年，除了中国台湾地区学界自20世纪60年代起编纂、出版的3套民国时期中日关系的档案资料集（注：台湾的3套资料集分别是：(1)李毓澍、林明德主编《中国近代史资料汇编·中日关系史料》，共23册，台北，1974—2000年版；(2)中华民国外交问题研究会编《中日外交史料丛编》，共9编，台北，1965—1966年版、中国国民党中央委员会党史委员会1995年8月再版；(3)秦孝仪主编《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》，共7编26册，台北，中国国民党中央委员会党史委员会1981—1988年版。） 之外，大陆地区值得学界称道的出版资料并不多（注：与之有关的两套资料集，分别为：章伯锋、李宗一主编《中国近代史资料丛刊续编·北洋军阀》，武汉出版社1990年版，第1—6册；章伯锋、庄建平主编《中国近代史资料丛刊续编·抗日战争》，四川大学出版社1997年版，第1—7卷。但是其中的档案外交史料又非常有限。目前收录档案史料较多的资料集为：中央档案馆、中国第二历史档案馆、吉林省社会科学院合编《日本帝国主义侵华档案资料选编》，共17卷(目前已出版16卷)，中华书局1988—2004年版。），以至于学者们除了经常参考、引用台湾的上述资料之外，还要不断查阅王芸生先生的大作（注：1979年起，王芸生先生对原书进行了修订，并且增加了第8卷(生活·读书·新知三联书店1979—1981年版)。该书之后，王芸生的老同事张蓬舟先生，又编辑了《近五十年来中国与日本(1932—1982)》之第1—5卷(1932—1945)，四川人民出版社1985—1995年版。但后者的史料价值，远逊于前者。）。前几年，笔者买过一本名为《中日“二十一条”交涉资料全编(1915—1923)》（注：黄纪莲编，安徽大学出版社2001年版。） 的书，惊喜于其“全编”的名称之余，仔细进行了研读，并拜读了有关的书评（注：吴元康、高红：《一部精心整理的民国史专题资料集——〈中日“二十一条”交涉资料全编(1915—1923)〉评介》，《安徽农业大学学报》2003年第1期；朱寒松：《民族屈辱与抗争的历史回望——评〈中日“二十一条”交涉资料全编(1915—1923)〉》，《党史纵览》2003年第5期。）之后，颇有名不副实之感：该书除了收录一些翻译的俄文资料(这是它有价值的地方)之外，关于中方的重要交涉资料，基本上没有超出台北的同样内容的资料集，而最为重要的日方交涉资料则几乎没有收录(如果本书书名改为“选编”，一字之别，也许就不存在上述缺憾，但这只是笔者之见)。“二十一条”交涉，是现代中日关系史上的重要事件，学界迄今仍然十分关注。（注：参见张振鹍、郑则民之间的一场学术争论(张振鹍：《“二十一条”不是条约——评〈中国近代不平等条约选编与介绍〉》，《近代史研究》1999年第3期；郑则民：《关于不平等条约的若干问题——与张振鹍先生商榷》，《近代史研究》2000年第1期；张振鹍：《再说“二十一条”不是条约——答郑则民先生》，《近代史研究》2000年第1期)。日本的西村成雄教授对于现代中日关系史，还提出了从1915的“二十一条”到1945年的“日中战争30年”的见解(西村成雄：《“中国统一化”的历史认识》，《日本学论坛》2002年第1期)。笔者2004年7月24日在大阪教育大学的报告会上，再次聆听并讨论过西村教授的这个见解。）关于该事件的资料编纂状况尚且如此，更遑论其他了。
在日本方面，大正时代(1912—1926)、昭和战前期(1925—1945)的现代日中关系的档案资料，主要收录在外务省1936年开始编纂、出版的《日本外交文书》。大正时代的外交文书，在20世纪80年代以前已经出版完毕。由于中方同一时期档案资料的局限和不足，中国学者在研究北洋政府时期的中日关系时，迄今所运用的史料，主要还是同一时期的《日本外交文书》，例如，章伯锋《皖系军阀与日本》(四川人民出版社1988年版)、俞辛焞《孙中山与日本关系研究》(人民出版社1996年版)等代表作，均是如此。关于昭和战前期的《日本外交文书》，日本外务省外交史料馆在出版《日本外交文书·满洲事变》(共3卷，东京，外务省1977—1981年版)之后，自1985年起，继续编辑昭和战前期的《日本外交文书》。目前已经出版者为：《日本外交文书·昭和期Ⅰ》(1927—1931年对中国关系)各1卷，以及《日本外交文书·昭和期Ⅱ》(1932—1937年对中国关系)之1932—1934年部分各1卷(东京，外务省1996—2000年版)。但是迄今为止，中国学者仅有限地利用过这些资料，进行了相关问题的研究。（注：利用《日本外交文书·满洲事变》的代表作为：俞辛焞《唇枪舌战——九一八事变时期的中日关系》，广西师范大学出版社1997年版。利用《日本外交文书·昭和期Ⅰ》(1927—1931年对中国关系)的代表作为：王建朗《日本与国民政府的“革命外交”：对关税自主交涉的考察》，《历史研究》2002年第4期；臧运祜《中日关于济案的交涉及其“解决”》，《历史研究》2004年第1期。）
这样，就如同中美关系史的学者主要运用《美国外交文书》研究现代中美关系史、实则主要是研究美国对华政策史（注：资中筠：《序言》，资中筠、陶文钊主编：《架起理解的新桥梁——中美关系史研究回顾与展望》，安徽大学出版社1996年版，第9页。）一样，中国学者在现代中日关系史的研究方面，由于本国档案史料的缺乏，进行的也主要是关于日本对华政策史或日本侵华史的研究（注：关于中国学界现代中日关系史的研究状况的介绍与评述，参考李玉、夏应元、汤重南主编《中国的中日关系史研究》，世界知识出版社2000年版。关于日本侵华史的研究状况及其与近代中日关系史的关系，参考张振鹍《日本侵华史研究：一个粗略的回顾》，《抗日战争研究》1999年第3期。除了若干专著之外，笔者认为目前中国学界关于近现代中日关系史的代表性的通史著作为：张声振《中日关系史》第1卷，吉林文史出版社1986年版；中国社会科学院近代史研究所《日本侵华七十年史》，中国社会科学出版社1992年版；刘天纯等《日本对华政策与中日关系》，人民出版社2004年版；沈予《日本大陆政策史(1868—1945)》，社会科学文献出版社2005年版。），而且因此，与日本学者的相关研究，大致呈现的是同一史源、不同史观的现象。这种并非正常的学术现象，在日本侵华史的相关研究上，表现的更加明显：在关于“十五年战争史”的若干重大事件和重要问题的研究上，中国学者使用了和日本学者大致相同的史料，分歧的只是史观。
上述状况说明，中国学者关于现代中日关系史的研究，不但要受制于本国的资料，也受制于日本的资料，而后者的制约可能会更大。
那么，除了中方的资料之外，日本方面的资料状况到底怎样？它又如何影响了学界的研究？带着这个问题，笔者在拙著《七七事变前的日本对华政策》(社会科学文献出版社2000年版)出版之后，于2003—2004年在庆应大学法学部访问研究期间，在东京继续进行了调研。兹将有关情况作一简要介绍。
日本方面关于现代日中关系史的最重要的第一手档案资料，首先是“外务省记录”，其次是“陆海军文书”。然而，1945年8月15日投降前后，日本政府与军部为了销毁战争罪证、逃避战争责任，分别命令下属烧毁了大量的上述文书，由此造成了现代中日关系史研究上永远的缺憾。这些情况，战后日本的有关论著中有所提及，但语焉不详，迄今也缺乏全面而系统的叙述。
一、关于“外务省记录”的烧毁情况
日本外务省的文书，主要是“外务省记录”，它是自明治初年到第二次世界大战结束期间关于日本外交活动的记录。按照分类方法的不同，明治、大正时期的记录称为“旧记录”，昭和战前期的记录称为“新记录”。（注：《〈外务省记录〉につぃて》，外务省外交史料馆编：《外交史料馆所蔵 外务省记录 目录 戦前期》第2卷(昭和戦前篇)，东京，原书房1992年版。）这些重要文书，在外务省1923年3月建成的钢筋混凝土结构的四层书库里，一直得到很好的保护。1923年8月的关东大地震、1942年1月的外务省大火灾，以及1945年5月的东京大空袭期间，该书库内的记录文书都没有受到很大的损害。（注：臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第54页。）
但是，1945年8月15日，日本宣布投降的前后，上述文书却遭到了一次最大的人为的焚毁。
8月7日，在距离投降还有一周时间的时候，外务省做出了“烧毁记录”的重大决定。同日，外务省召开了以外务次官松本俊一为首的干部会议，拟定了《关于外务省文书的处理方针及设置临时外务省文书委员会的文件》；同日，外相东乡茂德对于该文件予以裁定。（注：外务省百年史编纂委员会编：《外务省の百年》下卷，东京，原书房1979年再版，第1295—1297页。）
关于外务省文书的处理方针，决定如下：
一、记录文书中，根据内容、需要绝对防止委诸第三者的文书，迅速予以挑选，然后在任何情况下，都要优先转移到有充裕时间的地方，进行保管；情况更加紧张之时，则予以烧毁。为了达到上述目的，要迅速选定适当的场所。
二、用毕或不要的文书，即刻废弃。
三、不属于上述一、二的重要文书，隐蔽于现在的疏散地方，务求全面保护；根据事态变化，予以烧毁(注)。
四、关于条约原本等作为国际关系基础的文书，如果可能，也按照上述办法处理。
五、未整理的资料，由有关局课合作，迅速处理。
六、电报稿，特别为了保护旧暗号的机密之目的，需要个别处理。
七、文书课暂时保管的天皇亲书及玉照，迅速归还宫内省。
为了迅速且无遗憾地实施上述文书的处理(多数要动用外务省义勇队)，设立以外务次官为委员长的临时外务省文书委员会，详如另纸。
(注)外务省记录文书，不管其内容如何，在任何情况下，都不要委诸第三者利用。然而，现在文书的数量，本省内藏有约三万五千卷、疏散于各地者约四万卷，将其转移到其他场所，依目前的运送力量，实际上不可能。为了不要委诸第三者，可以采取下列方法：1. 充分、尽快地全部烧毁；2. 埋藏于现地附近的土地中；3. 面临紧急事态时，迅速烧毁。绝对有效的方法大致如此，此外其他方法难保完璧。
在上述规定中，“不要委诸第三者”的文书，是要烧毁的重点文书。反之，烧毁这些文书，也就是为了防止“委诸第三者”。可见，日本销毁战争罪证的目的十分明确。
外务省做出上述决定之后，8月14日日本政府在阁议接受波茨坦公告的同时，又决定烧毁重要机密文书。（注：原刚：《陆海军文书の焼却と残存》，《日本历史》第598号，1998年3月，第56页。）这样，“烧毁文书”已经成为日本的国策。据此，8月17日，外务省文书课长专门拟定了《关于文书处理的文件》，规定：属于机密内容的外务省记录，大部分原则上予以烧毁。根据上述决定，日本外务省系统在日本投降前后，烧毁了大量的外务省记录。被烧毁的文书的数量，据说在4000—5000卷左右。（注：小池圣一：《外务省文书·外务省记录の生成过程——外务省文书の文书学的一试论》，《日本历史》第584号，1997年1月，第12页，注(6)。臼井胜美也指出为6698卷的大部分(臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第55页)。）这个数量，与烧毁前的外务省记录的总数量75000卷(本省35000卷、疏散于各地40000卷)相比较，约占近1/10。
烧毁文书的数量虽然不多，但关键是被烧毁的文书的质量，因为它们属于“不要委诸第三者”的机密文书。而其中与中国有关的文书，则被大量地烧毁了。
《外务省百年》一书承认：“由于这次战败时期的非常处置，虽然条约文书未被损害，但是其他的明治以来的主要记录，例如‘日英同盟关系’等，包括作为当时所谓‘绝密记录’而特别保管的文书，以日本外交为中心的记录类的多数，已经被非正常烧毁。”（注：《外务省の百年》下卷，第1295—1296页。）
长期在外交史料馆工作并参与编纂《日本外交文书》的日本外交史专家臼井胜美，在文章中补充说：“高度机密的与中国关系的记录类，多数被烧毁，造成了战前外务省记录的重大欠缺。与二十一条、田中外交、满洲事变以及此后的华北问题等等重要事件相关的文书，因之在外务省记录中造成了欠缺”；只有明治20年到大正时期的记录，被烧毁的比较少。（注：臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第56、59页。）
大部头的《日本外交文书·满洲事变》于1981年出版之后，该书的编者也坦承：“关于满洲事变的外务省记录，约有半数被烧毁了。”（注：清水秀子：《日本外交文书〈满州事变〉につぃて》，《军事史学》第18卷第2号，1982年9月，第38页。）
外交史料馆也承认：在昭和战前期的外务省“新记录”中，主要消失的是A门(政治、外交)的“对中国关系”等。（注：《〈外务省记录〉につぃて》，外务省外交史料馆编：《外交史料馆所蔵 外务省记录 目录 戦前期》第2卷(昭和戦前篇)。）
根据上述权威部门和学者的说法，可以确认：昭和战前期(1925—1945)的关于中国关系的外务省记录，大部分已经被烧毁了。这是现代日中关系史上最大的资料破坏。
二、关于“陆海军文书”的烧毁情况
与烧毁“外务省记录”的同时，作为实施日本国策之一部分，日本军部也进行了陆海军文书的烧毁工作。
关于日本军部的文书，一说是海军内部早在1945年7月26日就下达了烧毁命令。（注：田中宏巳编：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，东京，东洋书林1995年版，“解说”，第9页。）服部卓四郎在其战史著作中则指出：“在天皇的停战决定颁发以后，马上由参谋本部总务科长和陆军省高级副官向全体陆军部队发下了奉谕焚烧机密文件的通知。”（注：〔日〕服部卓四郎着、易显石等译：《大东亚战争全史》第4卷，商务印书馆1984年版，第1703页。稻叶正夫在该书的《编辑余闻》中，也谈到了军部烧毁文书的情况(第1806—1807页)。）
有关专家的最新研究指出：1945年8月14日，日本政府在阁议决定接受波茨坦公告的同时，决定烧毁重要机密文书。据此，陆海军分别于同日向各自的部队、机关、学校等，发出了烧毁机密文书的命令。根据该命令，8月16日，担任日本九州地区防卫的第16方面军司令部，发出“镇西副电第1048号”电报：
陆军秘密文书等其他认为重要的文书(含原本)，由各保管者予以烧毁。但要采取措施，以至于直到最后仍然可以接收暗号电报。不需要报告烧毁的情况。本电报接受后，要直接烧毁之。
担任萨摩半岛之指宿地区守备的独立混成第125旅团，也有“揖作命甲第27号”的烧毁命令，内称：
各部队要迅速将绝密文书等其他认为重要的文书(含原本)，由保管者予以烧毁。烧毁报告可以电话报告。本命令在受领之后要直接烧毁之。
在这一命令之下，8月14日下午到16日，日本大本营陆军部、陆军省等陆军中枢机关所在的东京市谷台上，焚烧机密文书的浓烟不断。与此同时，在大本营海军部、海军省等海军机关所在的东京霞关地区，也同样烧毁了机密文书。（注：以上最新研究情况及资料，参见原刚《陆海军文书の焼却と残存》，《日本历史》第598号，1998年3月，第56页。作者原系防卫研究所战史部史料班长。）
东京军部中央的这一焚烧文书的举动，其盛况之烈，日本学者后来形容道：遥望军部机关，白昼青烟终日滚滚升天，夜晚上空久久红照。（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，“解说”，第10页。）
除了军部自身保管的文书之外，还有一类重要的文书，系日本军部首脑人物(陆、海军大臣，参谋总长，军令部长)上奏天皇后留在天皇身边、由天皇的侍从武官府保管的文书。这类文书，也在战败之时，根据侍从武官长莲沼蕃大将的指示，经由侍从武官之手，在坂下门附近的皇宫之内，进行了烧毁。（注：中村隆英、伊藤隆编：《近代日本研究入门》(增补版)，东京，东京大学出版会1983年版，第379页。）
军部这次有组织的大规模的烧毁行动，既没有留下下达的烧毁文书的命令原件，下级烧毁的情况又不需要上报，因此，被烧毁的文书数量，已经难以统计。防卫厅研究所图书馆介绍说：“旧陆海军保存的史料的大半，自战败之后，经由军人之手，被烧毁、散落。”（注：影山好一郎：《防卫厅防卫研究所図书馆》，《军事史学》第29卷第1号，1993年6月，第97页。）其中，参谋本部、军令部的资料，“几乎丧失殆尽”（注：〔日〕加藤阳子撰，川岛真、傅弈铭译：《关于中日战争日方史料的收藏与介绍》，(台北)《近代中国史研究通讯》第21期，1996年3月，第181页。）。另有学者称：“除了决定要保留的文书之外，免遭烧毁的文书的数量，据日本学者称还不到0.1％。”（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，“解说”，第10页。）也就是说，除了预定要保留的文书，军部机密文书已经被烧毁了99.9％，这几乎就是全部烧毁了该烧毁的文书。
日本军部在投降之际的上述行动，使得旧陆海军的重要文书，在战败时“原则”上被烧毁。这个事实，对日本近现代史研究造成了“最大的障碍”（注：《近代日本研究入门》(增补版)，第379页。）。
在烧毁外务省文书、陆海军文书的同时，按照日本政府8月14日的决定，其他的政府与军队机关单位，应该也会采取烧毁重要机密文书的行动。其中，抗战期间日本对华实行殖民统治的重要机构“兴亚院”以及后来合组的“大东亚省”在东京本部的重要机密文书，也被同样地烧毁了。（注：关于“兴亚院”文书的烧毁情况，参见井村哲郎《〈兴亚院调查报告 目录〉解说》，《兴亚院刊行図书·杂志目录》，东京，不二出版1994年版，第7页。“大东亚省”文书被烧毁的情况，暂不详。）
三、美国的接收与归还
日本宣布投降之后，美军的占领部队在8月下旬开始登陆日本本土，9月中旬，美军正式进驻东京。这时距离日本投降已经有一个多月的时间。与德国不同的是，日本在宣布投降后，拥有充分的时间，自行首先处理销毁战争罪证等善后问题。这为他们烧毁文书提供了最大的方便：“在日本，不但拥有烧毁文书所需要的充足时间，而且拥有连纸灰也处理掉、不留任何烧毁痕迹的充裕时间。”（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，“解说”，第10页。）
美军占领东京之后，美国的随军专门接收资料的机构——华盛顿文献中心(Washington Document Center, WDC)，于11月29日进驻东京丸之内的日本邮船大楼，并在东京北区王子的原陆军省兵器厂旧址，设立了作业工厂，在盟军最高司令部(General Headquarters, GHQ)领导下，开始了接收日本资料的工作。接收工作到1946年3月31日结束，共计5个月左右。
美国方面这次接收资料，涉及的内容非常广泛。但由于华盛顿文献中心是在日本方面已经烧毁了该烧毁的文书3个多月之后进行的接收，所以它能够得到的资料已经非常之有限了。兹主要考察其对于外务省、陆海军省资料的接收情况。
据日本学者的专门调查，华盛顿文献中心接收的资料主要是：(1)外务省：条约、协定的全文，关于外国的正式报告书，外交文书，领事警察报告，与驻外使领馆之间的电报文件等。(2)陆军省：中国·太平洋战线的作战记录，陆军省·参谋本部的日记、报告书等文书，谍报关系，陆军战史特别是有关中国事变·满洲事变的电报类，等等。(3)海军省：关于战略等的文书，军令部组织，山本五十六文书，陆海军协作的研究，历史，绝密文书(1909—1940)，等等。（注：井村哲郎：《GHQにょゐ日本の接収资料とその后—2—》，井村哲郎编：《米国议会図书馆所蔵 戦前期アジア关系日本语逐次刊行物目录》，东京：アジア经济研究所，1995年，“付录”，第489—490页。）
关于外务省文书的接收情况大致是：华盛顿文献中心从外务省记录库中，拿走了476卷记录；盟军最高司令部之国际检察局，为了审判日本战犯而拿走了部分资料。（注：臼井胜美：《外务省记录と〈日本外交文书〉》，《みすず》第200号，1976年9—10月，第55页。）
美国此次的接收对象，主要是陆海军的各机关。因此，华盛顿文献中心对于陆海军文书的接收，尤为着力。当时，归陆海军机关所有、保留到战后的资料，数量大致超出70万册，包括公文书类和图书类。公文书类资料，主要是陆军省的《大日记》11117册、海军省的《公文备考》和《海军省日记》等13884册。这些资料，因为早就被军部特意疏散保存而免遭空袭，也基本上没有被烧毁，从而被全部接收。（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，“解说”，第12—14页。）而据美国学者称：此次接收的陆海军文书有3万余卷、图书资料约25万册。（注：James William Morely, " Check List of Seized Japanese Records in the National Archives" , Far Eastern Quarterly, Vol. 9, No. 3( May 1950) , p. 306. ）
华盛顿文献中心接收上述日本资料后，运回美国，放在其图书馆保存。1948年2月，该中心被废止，其图书馆所保存的日本接收资料，被分别送往美国国家档案馆(National Archives and Record Service, NARS)、国会图书馆(Library of Congress, LC)继续保存。陆海军文书类在前者，外务省文书及军事图书类在后者。
1948年12月20日，美国国会图书馆致函美国国务院，请求复制日本外务省的文书。经过同意后，国会图书馆派出专家队驻在东京，在日本方面的协助下，从1949年到1951年，前后用了28个月的时间，把美国接收的文书、外务省在战后收集与恢复的文书，以及东京审判所用的外交文书等资料，全部以缩微胶卷的方式进行了复制。这些多达200万页的资料，被复制成2116个胶卷，胶卷全长为2116600英尺。这套资料被命名为《日本外务省档案(1868—1945)》。为了使用者方便，美国国会图书馆1954年专门制作了目录。（注：李镇明：《日本外务省档案(1868—1945)：一部有价值的历史文献》，《图书馆学通讯》1987年第3期；Cecil H. Uyehara comp. , Checklist of Archives in the Japanese Ministry of Foreign Affairs, Tokyo, Japan, 1868—1945( Washington, D. C. : The Library of Congress, Photoduplication Service, 1954) . ）
《日本外务省档案(1868—1945)》制作以后，美国方面把资料原件逐步退还给日本方面。日本由此继续与美国协商归还陆海军资料的问题。1956年9月，美国国务院与日本驻美大使在华盛顿达成了关于归还日本陆海军文书的协议。1957年美国方面由于财政问题延缓一年实施归还。这期间，有些美国学者鉴于这批资料的重要性和以前之外务省文书缩微胶卷化的经验，由哈佛大学的赖肖尔(Edwin O. Reischauer)、乔治顿大学的约翰·扬(John Young)等人组织了专门委员会，将这些待归还的资料缩微胶卷化。他们作业8个月左右，拍摄了166个胶卷，数量达40万页，随后并制作，出版了目录。这就是《日本陆海军档案(1868—1945)》。（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，“解说”，第17—18页；John Young comp. , Checklist of Microfilm Reproductions of Selected Archives of the Japanese Army, Navy, and Other Government Agencies, 1868—1945( Georgetown University Press, Washington, D. C. , 1959) . ）但由于时间、经费的关系，《日本陆海军档案(1868—1945)》所收录的陆海文书并不太多。据当时参与这个工作的约翰·扬说：只有大约5％的陆海军档案被拍摄复制了。（注：《日本细菌战罪行如何被掩盖》，1999年3月24日《参考消息》，第16版，原载1999年3月4日(美国)《纽约时报》。）
1958年4月，美国国家档案馆所藏的日本陆海军文书被正式归还日本方面。这些资料中，陆军方面是以《大日记》7721册为中心的有关第二次世界大战的战斗记录类，海军方面以《公文备考》为主，包括有关第二次世界大战的《战时日记》、《战斗详报》，以及明治时代的一些战时资料，计15592册。（注：《近代日本研究入门》(增补版)，第381—382页。）但是，据说在归还时，美国方面又拿走了1/3的《陆军省大日记》和1/7的《公文备考》。（注：加藤阳子：《关于中日战争日方史料的收藏与介绍》，(台北)《近代中国史研究通讯》第21期，1996年3月，第181页。）而美国国会图书馆所藏的旧陆海军图书文献等资料，并未归还日本。
四、日本现存资料的状况与不足
从上看来，美国接收、部分归还于日本的资料，主要是日本的外交文书、陆海军文书等。而这些资料，又主要是在日本投降前后，免遭烧毁或人为保留下来的文书。
上述资料归还日本之后，20世纪70年代以前，日本对这些归还文书并未开放。因此，海外学者还只能主要运用《日本外务省档案(1868—1945)》、《日本陆海军档案(1868—1945)》等缩微胶卷资料。也正因为这些资料，使得战前日本的机密文书公开于世，而便利了学者们的有关研究。（注：20世纪60年代，美国学者克劳利利用上述资料写作了博士论文，并出版了专着( James B. Crowley, Japan' s Quest for an Autonomous Defense: National Security and Foreign Policy, 1930—1938, Princeton: Princeton University Press, 1966) 。中国的北京图书馆在20世纪50年代就从美国购买了上述胶卷资料，但利用者一直寥寥。1964年10月，北京师范大学历史系中国现代史教研室编印、内部发行的《抗日战争时期汉奸汪精卫卖国投敌资料》，主要出自《日本外务省档案(1868—1945)》(杨凡翻译)；黄美真、张云编《汪精卫集团投敌》、《汪精卫国民政府成立》(上海人民出版社1984年版)，内中有部分资料亦出自《日本外务省档案(1868—1945)》(秦祚翻译)。最近出版的《日本帝国主义侵华档案资料选编·6·汪伪政权》(中央档案馆、中国第二历史档案馆、吉林省社会科学院合编，中华书局2004年版)，也收录了一些出自《日本外务省档案(1868—1945)》的翻译资料。）
进入20世纪70年代以后，根据国际档案30年解密的惯例，日本陆续开放了这些资料。目前，除了一部分资料藏于日本国立公文书馆之外，外务省的文书主要保存在外务省外交史料馆；陆海军文书主要保存在防卫厅防卫研究所图书馆。
外务省外交史料馆于1971年4月开馆，收藏的主要资料是“外务省记录”。现存战前期的记录约有50000卷，其中，“旧记录”约有22000卷，“新记录”约有26000卷。（注：白石仁章：《外务省外交史料馆》，《日本历史》第534号，1992年11月；柳下笛子：《外务省外交史料馆》，《军事史学》第32卷第3号，1996年12月。）笔者在该馆仔细进行过核对、考察，发现昭和战前期的“新记录”A门(政治、外交)之关于中国部分的外交文书，主要就是美国退还的《日本外务省档案(1868—1945)》(缩微胶卷)的原件。
防卫厅防卫研究所图书馆在1979年12月设立了“史料阅览室”，按照1980年日本内阁关于公开情报的决定，向一般的研究者公开所藏史料。本馆史料以“陆海军文书”为中心，陆军史料81000卷、海军史料35000卷，共计约有116000卷。而其中最重要的“陆海军文书”，是由美国归还的陆军省的《大日记》、海军省的《公文备考》。前者自明治初年到1942年，约7700卷，内有关于满洲事变的“陆满密”、“陆满普”，关于“中国事变”的“陆支密”，关于第二次世界大战的“陆亚密”等文书多卷。后者自明治初期到1937年，约11000卷。（注：相沢淳：《防卫厅防卫研究所戦史部》，《日本历史》第533号，1992年10月；影山好一郎：《防卫厅防卫研究所図书馆》，《军事史学》第29卷第1号，1993年6月。）此外，日本投降前后，军部的某些重要干部，私自保存了一些资料，既未被烧毁，也未被美方接收；他们在自己先行撰写了著作之后，将这些资料移送到该图书馆保存利用。主要是陆军的服部卓四郎、堀场一雄保存的关于中日战争、第二次世界大战时期的国防政策的文书“服部史料”、“堀场史料”，以及海军的岛田俊彦保存的军令部文书“霞关史料”等。（注：服部卓四郎：《大东亚戦争全史》，东京，鳟书房1953年版；堀场一雄：《支那事変戦争指导史》，东京，时事通信社1962年版。岛田俊彦自着、合着的著作有多种。因为资料的特殊性，他的著作一贯受到重视。关于服部卓四郎等的工作，参见井本雄男《所谓服部グル—プの回想》，《军事史学》第39卷第4号，2004年3月。）根据上述在日本残存的军部文书，防卫研修所战史室(1955年10月20日成立、1976年5月10日改称“战史部”)，在20世纪60年代末70年代初编纂、出版了《战史丛书》共102卷(东京，朝云新闻社1969—1974年版)，其中有关于中国部分的多卷。这套丛书因其史料价值，一直受到中国学界的重视。（注：《战史丛书》直接有关中国的部分为：《支那方面陆军作戦》(1)、(2)、(3)，《中国方面海军作戦》(1)、(2)，《北支の治安戦》(1)、(2)，《昭和十七、八年の支那派遣军》，《昭和二十年の支那派遣军》，《一号作戟(1)河南の会戦》、《一号作戦(2)湖南の会戦》、《一号作戦(3)広西の会戦》、《香港·长沙作戦》、《关东军》(1)、(2)，《满州方面陆军航空作戦》，《中国方面航空作戦》。中国大陆首先出版的中文译本有：《中华民国史资料丛稿·译稿》之《中国事变陆军作战史》、《昭和十七、十八年的中国派遣军》、《昭和二十年的中国派遣军》、《香港作战》、《长沙作战》、《河南会战》、《湖南会战》、《广西会战》、《缅甸作战》、《日本海军在中国作战》，中华书局1979—1991年版；《华北治安战》，天津人民出版社1982年版；《日本军国主义侵华资料长编——〈大本营陆军部〉摘译》，四川人民出版社1987年版。台湾随后出版的中文译本有：“国防部史政编译局”译《日军对华作战纪要》1—43卷，台北，“国防部史政编译局”1987—1991年版。）1978年开始，大东文化大学东洋研究所开始刊行1934—1945年间的海军省调查资料。该资料原系战前海军省调查部门收集、战后由昭和同人会保存下来的，其中大部分属于海军的“公文书”。（注：土井章监修：《昭和社会経済史料集成·海军省资料》第1—30卷，大东文化大学东洋研究所刊，东京，御茶の水书房1978—2004年版。）
进入21世纪以后，为了适应现代社会网络检索资料的需求，日本根据村山富士前首相1995年8月的谈话精神，作为“和平友好交流计划”事业的一部分，于2001年11月30日，在国立公文书馆设立了“アジア历史资料中心”，把国立公文书馆、外务省外交史料馆、防卫厅防卫研究所图书馆所藏的上述资料，进行数码画像处理后，通过网络逐步发布，以供日本国内外学者利用。目前，海外学者即使不在东京，也可以通过互联网(http: //www. jacar. go. jp)，利用上述资料。（注：牟田昌平：《独立行政法人 国立公文书馆アジア历史资料センタ》，《军事史学》第39卷第1号，2003年6月。）不过，要把全部馆藏资料上网，尚需较长的时日。
尽管如此，由于投降前后烧毁文书，日本的现存资料状况仍然有很大缺陷；而且由于美国的接收和日本在海外各地烧毁文书的情况不一，自然造成了大量日本资料散落海外，以至于日本的有关专家也慨叹道：约有一半的资料，并不在日本。（注：《米议会図书馆所蔵 占领接収旧陆海资料 目录》，“解说”，第23页。）
一是，如上所述，由于美国方面并没有归还接收的全部日本资料，因此，在华盛顿的美国国会图书馆和国家档案馆里，迄今仍然藏有不少日本档案资料。（注：除了日本学者的上述介绍之外，在美国的华裔学者吴天威教授也在文章中介绍说：华盛顿国家档案馆于1994年9月9日公开了“日本外交文件(1934年7月至1938年7月)”3000余份，其中特别有关于南京大屠杀的文件(吴天威辑译：《美国新公开的有关“南京大屠杀”的档案资料》，《抗日战争研究》1995年第2期)。笔者曾在北京大学多次向吴天威教授请教过有关情况。也有的中国学者说美国国家档案馆制作了缩微胶卷“1930—1940年的中日关系档案”(龚书铎、郑师渠：《中国历史》，全国哲学社会科学规划办公室编：《哲学社会科学各学科研究状况与发展趋势》，学习出版社1997年版，第435页)。最近，王选女士自美国国家档案馆收集、复制了《日本战争犯罪索引》的档案资料目录，并在2003年9月赠送给北京大学历史系资料室一套。详情可参考：http: //news. sina. com. cn/c/2005—04—23/14276471561. shtml）
二是，在中国等其他海外地区，仍然残存着不少日本档案资料。根据笔者的推断：按照日本东京的中央政府与军部关于烧毁机密文书的命令，日本驻中国的各机关与派遣军等部门，应该也会在1945年8月15日投降前后，大量烧毁自己保存的文书；但由于中国各地受降(包括苏军在东北受降)的情况差别很大，应该有一些日本机关未及全部烧毁档案，而残留在中国当地。例如：满铁本部的档案，主要馆藏于沈阳市的辽宁省档案馆；大连市档案馆也藏有部分资料，该馆还专藏当年日本焚烧之后留下的“纸灰”(碳化)档案。（注：参见辽宁省档案馆编《辽宁省档案馆指南》，中国档案出版社1994年版；大连市档案馆编《大连市档案馆指南》，中国档案出版社1996年版。）北京的中国科学院图书馆1957年接收了满铁调查部的遗留文献；而满铁大连图书馆的资料，至今仍藏于大连市图书馆。（注：韩建平、厉莉：《中国科学院图书馆对满铁文献的一次接收》，《中国科技史料》2003年第3期。）日本驻北京大使馆的档案，在北京也有收藏。（注：日本驻北京大使馆的档案，有日本学者指为美国所接收(井村哲郎：《GHQにょゐ日本の接収资料とその后》，《図书馆学杂志》第74卷第8号，1980年8月)。也有美国学者称自己于1946年2月在北平，收购了被日本焚毁之余的日本CIC总部的档案，后送交北平国家图书馆(T. K. Koo, " Some Economic Documents Relating to the Genesis of the Japanese-sponsored Regime in North China" , The Far Eastern Quarterly, Vol. 6, No. 1, 1946, pp. 65—77. 另外参考戴东阳《近60年来美国的近代中日关系研究》，http: //www. cass. cn/jindaishisuo/show-News. Asp? id=6775)。关于这些档案在战后的接收与在北京的收藏情况，笔者目前还不太清楚。原北京图书馆曾经接收过日本投降时未及全部销毁的使馆档案，并编印了目录(北京图书馆外文编目组编：《馆藏日本大使馆档案目录》，1954年7月印行)。张雁深《日本利用所谓“合办事业”侵华的历史》(生活·读书·新知三联书店，1958年版)和吴根梁《日本土肥原机关的吴佩孚工作及其破产》(《近代史研究》1982年第2期)等中国学者的论着，都使用过该档案资料。已故的汪精卫研究专家蔡德金先生，据说利用过有关档案。曾在原北京图书馆从事过整理工作的房建昌先生，最近在多篇论文中都介绍和使用过其中的部分档案(参见房建昌《从日本驻澳门总领事馆档案看太平洋战争爆发后日寇在澳门的活动》，《广东社会科学》1999年第3期)。）日本在华北、华中地区的经济活动档案资料，在天津、青岛、上海市档案馆有所收藏。（注：居之芬主编：《日本对华北的掠夺和统制——华北沦陷区资料选编》，北京出版社1995年版；居之芬、庄建平主编：《日本掠夺华北强制劳工档案史料集》(上、下)，社会科学文献出版社2003年版；上海市档案馆编：《日本在华中经济掠夺史料(1937—1945)》，上海书店出版社2005年版。1996、2001年笔者曾分别在上海、青岛市档案馆进行过有关的调查。）日本在内蒙古地区(“蒙疆”)的文献，在张家口市图书馆也有收藏。（注：王启元：《张家口市图书馆馆藏日文文献评析》，《国家图书馆学刊》2001年第4期。）台湾总督府的档案，全部现存于台湾地区。（注：藏于南投的台湾省文献委员会馆。）
这些情况说明，在日本国内现存档案资料有限的情况下，于“日本之外”发掘、寻求日本的档案资料，不但十分必要，而且还是大有可为的。
综上所述，日本投降前后烧毁文书之事，在现代中日关系史研究上(包括日本侵华史，中国抗战史等领域)造成了永远无法弥补的缺憾。因此，笔者最后要提请所有研究现代中日关系史的学者们，必须注意自身成果的局限性，并继续努力在“日本之外”发掘新的档案资料。
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