就在长久的战乱接近尾声，人们欢欣鼓舞地迎接和平的日子来临时，文禄元年（1592年）正月，丰臣秀吉突然发布出兵朝鲜的命令。秀吉的野心不止于朝鲜，他最终的目的是要征服明朝，甚至想要将帝国的版图扩大到印度、东南亚。虽然有人说秀吉出兵朝鲜的动机，是由于他丧失了最心爱的三岁大的儿子鹤松(1591年），但是在这之前，他已经向传教士说过要出兵朝鲜，所以这个说法是不成立的。比较可靠的说法是，没有一个封建领主不想扩大自己的领土，而且丰臣秀吉统一了日本之后，已经没有领地可以犒赏有功的将领。如果占领了中国，当然不愁没有领地可以分发。就在出兵朝鲜的前后，秀吉分别写信给琉球(1590年）、菲律宾(1591年）、高山国（台湾，1593年），要求服从朝贡。当时的台湾正是中国等海盗的根据地，是军事、贸易、交通的要冲。秀吉的军队在攻打朝鲜二十天后，已经攻陷汉城，可谓势如破竹，日军的致胜关键在于拥有先进的欧式火枪。就在秀吉得意忘形之际，朝鲜的游击队开始在各地反击，名将李舜臣更率领朝鲜的水军，以龟甲船及船炮震天雷大破日本的军队，控制了制海权。进入严寒的冬天之后，明朝的救援军队又赶到朝鲜，日军在饥寒交迫中牺牲惨重，厌战气氛弥漫。秀吉本来想要谈和，但是1596年9月1日看到明使的国书，上面写著要封秀吉为日本国王，并将日本当作明朝的属国。秀吉看了之后暴跳如雷，当天晚上发布命令，再度出征朝鲜。这次的出兵军队只有十四万，而且仅能占据朝鲜的最南端。在第二次出兵的前后，日军对朝鲜民众的残害更加激烈，而且日军为了争取战功，将战死的朝鲜军队的鼻子、耳朵割下，用盐醋防腐寄回日本给丰臣秀吉，由于以数量记功，所以很多无辜的老弱妇孺都受到残害。这些鼻子与耳朵埋葬在京都方广寺大佛的西侧，今日则称为“鼻冢”。至今，韩国人一提到丰臣秀吉，莫不咬牙切齿。秀吉的军队除了杀害朝鲜军民之外，又强行押解五、六万朝鲜俘虏到日本耕作。除了农民之外，日军还强押大量的陶艺、印刷、刺绣等师匠到日本来，使得日本的陶艺水准大举提高。陶活字的传来，更带动了日后江户时代的出版风潮。朱子学者姜沆则带给日本的朱子学莫大的影响。这是侵略战争无意中的文化产物。册封国王