开始时并没有办公的地方，先后借过两处房子。直至这一年秋天，中研院迁南港新址，近史所亦随之搬入。这时中研院有史语所、数学所、近史所（筹）、民族学所（筹）四个单位（抗战后有十三个单位，完整迁台只有两所，其他十一所均留在大陆），相互挤在史语所的那幢二层小楼里办公，条件十分简陋，不少研究人员连摆放参考书的地方都没有。
    南港中研院建在地壳断层之上，有人说这个地方曾经是鹭鸶的天堂。不过，近史所从一开始并未能真正成为培植专门人才的优质土壤，“除了大环境有欠丰腴外，若干有力人士或持门户偏见，或抱‘近代史非学术’的陋识”，致使前十年几乎在外力质疑和干扰下，“强撑苦熬，渡过了一段风雨飘摇的日子”。
    傅斯年等人对近史所作用认识不足
    最早提出增设近史所设想的人是朱家骅。
    他在1936年担任中研院总干事之后，即已看到中国近代史研究工作的重要性。当时史语所所长是傅斯年，朱家骅数度建议该所加一组近代史，因为史语所专门研究古代史，固然十分重要，但近代史则不能给予忽视……傅斯年的态度是：专门研究近代史的人没有，亦一时找不到合适的人来主持。不久，朱家骅代理中研院院长，“也曾和他一再谈过，他也是用从前同样的话回我，使我无可奈何”，朱家骅这样回忆。
    以近史所后任所长王聿均的看法：固然中研院一向本着实事求是的精神，既有适当的人才和适当的条件，方可着手某种学科的研究，但傅斯年对于近代史研究重视之不够，“与他对学问的认知有关，是很难勉强的”。及至1950年12月，傅斯年脑溢血在台北猝死，董作宾继任史语所所长。朱家骅旧话重提，认为“近代史研究已为当务之急”，而这方面人才如姚从吾、张贵永、郭廷以等人“均学有专精，或可罗致延用”。不料，董作宾的态度庶几与傅斯年相同，对此一直未予明确答复。董作宾甚至觉得不必在史语所内增设近代史组，或可另谋，分工专治。在这种情况下，单独成立近史所的计划才正式浮出水面。
    上世纪五十年代，台湾中研院生存与发展的时空背景已发生变化，“公私各方，对中研院皆有督责”。一方面，“立法院”多次建议，以近代中国演变之剧烈，对当前政治及外交关系，影响深切，专门研究，实有必要；另一方面，海外诸多学者亦深感未治近代史为缺憾。以中研院的体制，院士为构成之主体。1948年3月选出的中研院第一届院士八十一人，赴台或滞留海外的初为二十人，不久傅斯年、吴敬恒（稚晖）去世，仅有十八人。根据院士会议规程，必须超过三分之一人数方可召开会议，此时连会议都无法正常召开。若要修改上述规程，职权在“评议会”。然而问题是，评议会亦须有过半数者出席，“为足法定人数”，方能正式集会。也就是说，第三届聘任的评议员为三十二人，须有十九人与议才行，此时在台或海外者仅十三人，评议会无法成会。至于评议会人员如何补选，又待院士会议决定，而院士会事实上也开不成，故成两难。
    在这个情况下，朱家骅先后三次召集在台院士谈话会，并恳请胡适邀约在美院士亦举行一次谈话会，以商讨如何解决和突破这一僵局。在台的三次谈话会，第一次“只是随便谈谈”，未获结果；第二次正值胡适返台参加所谓的“国民大会”，胡适提出能否寻求一临时办法，使中研院院务恢复正常，但讨论再三，仍不得结果；第三次谈话会，是1954年12月30日，在台北市泉州街十五号，朱家骅带病匆促召集的。参加者有朱家骅、王世杰、王宠惠、李先闻、凌鸿勋、董作宾六人，列席者周鸿经，记录为王懋勤。李济因赴美未得参加。一共讨论了五个话题，其中关于院士会议召开问题，王宠惠提出一个应急办法：以公告报到后的院士人数为准，即为以后的全体人数，这不是法律，而是一个议事规程，只要“总统”批准，就可实施。评议会亦可照此办理。实际上，这是没有办法的办法，算作权宜之计，或可解开这个“久悬不决的死结”，众人无异议。
    对于成立近代史研究所筹备处，朱家骅的一向态度积极诚恳，时任“总统府秘书长”的院士王世杰表示支持，他认为：在此非常时期，纵然格于法规，不必过分拘泥，总以事业为重，再完备法律手续。董作宾则认为设专所研究，与史语所研究重点不同（史语所侧重明清以上的史学研究），因而亦赞成了。最后朱家骅作了补充说明：近代史的研究，不仅有国际友人的赞助与合作（亚洲基金会），也是时代之需要。至于经费问题，本院保留有研究人员的名额，无需另外请求增加员额。人选问题，郭廷以颇为适宜，张贵永等，也可延搅到院工作。至此，成立近史所筹备处之议，得到通过。若从1936年朱家骅首次提出这一设想算起，到此时进入筹款备阶段，已是整整十八年过去。
    在异议声中郭廷以首任近史所所长
    朱家骅之选中郭廷以为近史所筹备处主任（嗣为首任所长），除其专业造诣之外，还有两个原因：一是郭与朱交往已久，彼此了解。朱任教育部长时，郭当过一阵教育部边疆司司长，也算是老下属；二是郭与周鸿经为莫逆之交，朱为院长时（一直为代理，作者注），周是中研院总干事，经其推荐，再加上朱、郭二人先前的关系，郭首任所长，似可得到解释。
    然而，对郭任所长，包括成立近史所，并非没有不同的的声音。自台北第三次谈话会确定设立近史所筹备处不久，即1955年3月19日，北美的海外院士趁其春假在纽约也召开过一次谈话会，共两天时间，出席者胡适、赵元任、吴宪、汪敬熙、陈克恢、萧公权、李方桂、陈省身、李书华、林可胜等十二人，列席者有董同龢等三人，李济适在美国，也参与了谈话会。晚上聚餐来宾有蒋廷黻、梅贻琦、傅斯年夫人俞大綵等。会后，梅贻琦邀午餐，何廉、程其保等人亦有来。谈话会由润章先生即李书华主持。
    这次谈话会，除讨论并赞成王宠惠的建议以及评议会开会参照办理之外，对于增设近史所则颇有异议，其理由是不在“组织法第三条所列二十三所之内”。也就是说，依规定应交由评议会之决议，方能增设其他研究所或研究室。为此，胡适特给朱家骅、董作宾、周鸿经三人一函，通报这次北美院士聚会情况，以及部分院士未来之研究计划或动态，对于增设新研究所，尤其是近史所，胡适在信中这样说：……近代史研究所，似曾引起台港两地最多的注意，我们也曾与济之兄等三位细谈，似史语所同人多数不满意于筹备员的人选，又考虑到不经评议会决议，外间反对更易有所藉口。……我与济之及史语所同人最顾忌的一点，是筹备近代史研究所而不能取得史语所多数工作者的支持与合作，那是最不幸的事情。济之，即李济。从程序上来讲，胡适等人的看法是正确的。只是在非常时期，王宠惠的“应急之策”能得到院士们的赞成，惟新设近史所为何就成了一个问题？
    朱家骅感到了压力，同时“十分不愉快”。从《朱家骅年谱草稿》中可知：成立近史所筹备处是作为院长向大家报告的，这样一来，实际上把这个“报告”给否了，并对郭廷以作为筹备处主任之人选不同意，对成立近史所的原则也表示反对。因此，朱家骅认为，筹备近史所之经过有不得已的情况，但已既成事实，现在非但不能取消，而且要继续进行。
    朱家骅的这一坚定态度，客观上也有自己的理由。台北这边同意成立近史所筹备处，是去年底的事情，北美院士谈话会是在今年的三月，待谈话记录寄达南港时，筹备处已成立两个多月，负责人（郭廷以）、研究员、助理等均已聘定，其预算亦正式启动，此时取消“岂不成儿戏”？再者，朱家骅亦并那种非独断专行、无视程序的人。1954年10月，他给总干事周鸿经的一张纸条就说过：本院法规规定，评议会为院士会议之常设机构，在院士会议及评议会尚未恢复前，筹备近史所一事，应提交院士谈话会。从这个事实看，朱家骅决心筹设近史所，不仅是他本人对近代史之研究的重要性有足够认识，同时亦在回应“立法院”的一再建议，即对晚近历史与现实的关切。为不致影响郭廷以等人的心绪，朱家骅关照总干事周鸿经，北美胡适等人的意见不要对外泄露，以确保筹备处的正常工作。
    与此同时，朱给胡适和李书华一封密函，洋洋洒洒四千余字，文情并茂，可见内心之真实悸动。其中谈及院士会议和评议会会议如何召开以及选举新院士等重大事项，并缕述筹备近史所之颠末，此乃不得已而为之，故未作为“提案”而是“报告”，更对郭廷以其人扼要说明：郭廷以先生系国立东南大学毕业，1928年任清华大学历史教员，至1930年任河南大学历史教授，至1932年任中央大学历史教授，至1948年任台湾省立师范学院历史教授，以迄于今。其一向作近代史研究，二十余年，未尝间辍。……虽未曾至国外深造进修，但亦能阅读英文书刊，似当不致影响其所学……此信于1954年4月11日航空挂号寄出，同时抄送八份给在北美的其他院士。
    毕竟朱家骅是院长，而此信在法规及程序方面也作了必要的辩解，多少打消胡适等人的一些疑虑，“各方之议论遂寝”。从后来的一些情况可以知道，胡适等人对增设近史所并对郭廷以首任所长之所以有意见，多少受李济的一点影响。据近史所口述历史组的林忠胜回忆：“近史所成立之议，在当时的史语所引起很大的反对声浪，尤其是来自李济先生以及几位北大派人士的压力。李先生素有‘学霸’之称，作风强势。……近史所成立初期，……胡适先生也在史语所内一些大老的影响下，对近史所及郭先生有些疑虑。加上胡院长（1957年8月朱家骅因病辞去中研院院长一职，后由胡适先生接任，作者注）与郭先生素无渊源，对其为人与学养并不了解，只约略知道郭先生未曾留学，不清楚他的治学经历和著作。后来读过郭先生的著作后，胡院长才明白郭先生是一位下过苦功夫的学者。”
    林忠胜又说：自近史所筹备处成立以来，郭廷以先生的压力从未间断过。先是面临研究院的“外患”——来自史语所的压力；之后则是所内的“内忧”——所内同仁的人事纠纷，真可说是内外交迫。
    门户中的理念分歧最终不复存在
    李济为著名的人类学家，有“中国现代考古学之父”的美誉。李济后为史语所所长（当时还不是，作者注），前任是傅斯年和董作宾。傅斯年时代与李济主持史语所时期，人才辈出，成果斐然，功不可没。然中国学术派别向有南北之分，早期有所谓的“南高”、“北大”，即南方的南京高等师范，也就是后来的中央大学，北方则是北京大学。以著名史学家张朋园的说法：如此分法，郭廷以算是“南高”这一派，而李济、黎东方、姚从吾、胡适等人都是“北大派”。朱家骅选中郭廷以为近史所首任所长，胡适对郭其人一无所知，1957年7月20日，他在给赵元任的信中说：“你问起今年的人选，我想高去寻（北大历史系毕业，考古学家。作者注）似应当重提。不然他可要大失望了。中研院新设的中国近代史研究所的筹备处主任郭廷以，最好能够出来走走。但我不知道他的学历，（大陆杂志）上曾发表他的几篇文字。中国史学者有个吴相湘，是北大的高材生，是孟心史（森）的得意学生。……郭廷以的学历及英语程度，我也可以向李定一打听……”1961年进近史所工作的史学家（统计学派代表人物）张朋园晚年回忆说：“这反映了当时这些北派学者的门户之见，他不是我们的人，又没有留过学。在史语所这批北大出身的学者眼中，朱家骅请郭先生筹备近代史研究所根本是个错误，他们认为朱家骅不应找‘南高’的人，应该找北大的人来负责。”
    若按照这个说法，朱家骅当过中央大学校长，郭又在中央大学任过教职，这算不算是“南高”派，实在令人难以判断。但史语所的人看不起近史所，这是一个基本事实，因此才会有在成立初期遭至史语所人士的轻蔑或微辞，其主要原因当然是这些人对近代史研究的重要性了解不足。在李济先生看来，“近代史研究所充其量不过是史语所里面的一个组，没有必要成立一个所，即使要成立研究所，也应该由史语所派人来主持”（张朋园语）。而朱家骅当时则认为：“外交部”的档案很有价值，中国近代史的研究应该从清末总理衙门档案展开，尤其鸦片战争之后，实一非常重要之时期，因此成立近代史研究所，着手于此时代性之学术研究工作，很有必要（朱家骅1954年12月30日台北院士第三次谈话时的报告）。
    时任史语所所长的董作宾后来之所以亦赞同增设近史所，是从治学分工有所不同而出发的，他这样说过：“历史语言研究所分为四组，系分治史学、语言学、考古学、民族学。史学包括上下古今之史实，但以往工作，比较侧重于上古史之挖掘，汉史之汉简，敦煌发现之文物，以及辽金元史实，暨明清大内档案，并西洋史。但对于近代的史料，收集不多，所以近代史研究，未曾做过。……现在各国都注重近代史，如美国哈佛大学、华盛顿大学等校都有专治近代史的，所以近代史设立专所主持研究，我也赞同。”
    近史所成立之初，对它的种种顾虑、怀疑或指责之声，说到底，是由于理念差异或研究方向不同而引起的，或许不应视为是所谓的“门户之见”。尽管学术理念之争可能会牵涉到具体的人事，但毕竟不是有意而为之。好在“此后史语、近史两所的研究人员，相处得甚为融洽，亦没有胡氏顾虑的不支持不合作的情形，朱家骅的苦心孤诣，算是不枉了” （王聿均语）。
    近史所初期的研究人员，郭廷以是研究员兼所长，其他研究人员有台大的张贵永教授、师大的陶振誉教授、台大的杨绍震教授，以及兼任研究员的胡秋原教授。郭廷以在中央大学时学生王聿均协助筹备处工作。后又聘李毓澍、黄嘉谟为助理研究员。最早来所上班较年轻的研究人员，有贺凌虚、吕实强、李国祈等人。搬至南港新址后，扩充编制，又聘吕士朋、邓汝信、王尔敏、王树槐等多人。
    近史所最初的工作，一为收集史料，二为专题研究，三为编纂完整之近代中国史。以上工作大致依照郭廷以于奉命筹备之前的构想在顺利进行。从后来的有关资料看，上世纪七十年代之前的十五、六年间，是近史所开创建基的重要时代，以郭廷以先生为中心，张贵永、陶振誉两先生相辅佐，而建树起第一代的学术规模，声誉日隆，遂形成鲜明的学派特色，即今天我们所知道的“南港学派”，其中无不浸透着郭廷以先生的辛苦与心血，以及近史所研究人员孜孜以求与钻研吃苦精神，两代人在推动学术建树方面不遗余力，功莫大焉。第一代学者，包括郭廷以、张贵永、陶振誉、杨绍震、王聿均、黄嘉谟、李毓澍等七人，以学者王尔敏的看法：南港学派的开创，大致奠定于第一代七位专职学者之手。另外，吕实强、张玉法、陈三井、李国祈、王树槐、王萍、李恩涵、张朋园、刘凤翰、陈存恭、王尔敏等二十四人，他们是“南港学派”第二代之主体，前水后水，相继而流，“其成就足以追绍前代”。
    仅止1975年，近史所出版三十余种专刊，创有集刊一种，每年一期，每期论文二十余篇。各种史料陆续问世，有中俄档、中美档、中日档、矿务档、海防档等。西方有学者认为，这些史料，哪怕“估堆也是相当可观的”。
    威权时代的近史所与学术研究
    从某个角度来看，近史所成立之初遭遇所谓的“内忧外患”，不仅是门户之间的理念分歧，还有“威权时代”严峻的生存环境。上世纪五、六十年代，台湾中研院的气氛相当特别，数学所徐某某不过托香港的朋友转交大陆信件，被情治人员发现，最后跳楼自杀。近史所也有人被捕，如王世流、魏廷朝等人，更早的还有吕士朋，曾被短期拘留。
    所以，客观地讲，近史所初创，其研究范围必然要受到现实政治的限制，若如不是这样的话，近史所获得的学术研究成果或许还要更加令人瞩目。开始时，近史所只是着重于十九世纪中“自强运动”的研究，“中共的问题，甚至是国民党问题我们都不敢碰”（李恩涵语）。张朋园也这样回忆：“我们五十年来生活在台湾，有一大半时间过着白色恐怖的日子，民主自由只是一个向往而已。我们的研究范围是有限制的，例如国共斗争一类的题目，绝不可以去碰，否则必定自找麻烦……”
    张朋园撰写《梁启超与清季革命》一书，这在当时是犯忌的。因此他在写作时，一再提醒自己不可用犯忌的材料，更不可有犯忌的措辞，在那个时代，政治干预学术由此可见一斑。书成稿之后，张朋园交郭廷以过目。一日，郭把张叫到办公室，劈头就说：这个题目要考虑！又说：能否改成《梁启超的早年生活》一类的题目？张朋园不愿意改，称此书就是紧扣梁启超与革命来做的，改了，“就没劲了”。郭廷以沉吟良久，终于说：好吧，就照原题不改！张由此认为郭先生是有担当的人，这是一个例子。然此书出版后，在一次讨论会上郭廷以脱口而出：“这本书写得很好”，张朋园听了反倒吸了一口冷气，因为在国民党意识形态里，辛亥革命是革命党的专利，梁启超是反革命者。标签既已贴定，不容许更改。谁敢说有“辱”革命党的话，是会被罗织成罪的。所以，郭廷以一声叫好，或可会引来麻烦。张朋园说：会后一位师兄叫我附耳过去，轻声地说“你以后要小心了”。果然，张朋园做了六年的助理研究员，写了两本书，升副研究员仍遭到否决。郭与他本人都十分气愤。
    郭廷以本人是研究太平天国的专家，出版过好几本专著。但近史所的年轻人则不敢研究大平天国，一方面固然是资料不够，另一方面是怕戴上“红帽子”。因此，郭也不鼓励他们去研究。由于郭廷以与胡宗南的关系（胡与郭在书店结识为友），与警备总部高层熟稔，所以在全台湾除情治单位之外，近史所是唯一有所谓“匪书”的特藏馆，连台大都没有。但这些大陆出版的书籍，“都锁在柜子里，还盖上‘限制阅读’的印戳，如需借阅要非常慎重的签名借出，放在研究室内则要放在自己的书橱内，甚至锁起来。虽然我们看大陆出版品都是基于学术研究的需要，但仍不免受到情治人员的监视”。据外交史权威李恩涵后来回忆，当时图书馆王姓管理员就是专门监视他们的人。一次，王姓管理员主动把一份资料给他，说：你看，蒋经国骂他爸爸的……李恩涵当时才二十七、八岁，并不参与政治，回答说不感兴趣，“他以后就不找我麻烦”。李恩涵到夏威夷东西文化中心、加州大学进修时，常常遇到台湾去的情治人员，“那时他们多在图书馆工作，如果要试探你，就会在你面前大骂国民党，数落国民党的不是，要是你跟他起舞，那就惨了”。李恩涵对此感慨道：“在国共对立尖锐化的时代，在威权体制下，不论在台湾还是在海外，即使做学术研究，总是要有小心翼翼的感觉，有这种经验的不只我一个人……”
    近代中日关系史专家林明德赴日本进修时，正值台湾“白色恐怖”时期，学术自由受到干涉。行前，郭廷以特别叮嘱他，到东京以后一定有很多闲杂人来鼓吹政治，务必“洁身自爱”。林回台湾后，一些书籍轮船托运回来，结果被警备总部查到，喊去问话。竟说：“我们这边资料那么多，你还要从外面进这种东西？”警备总部让林写一份誓约书，意思是这些书可以拿回去，但不能够影印，也不能外借，引用时还要特别注意，不能直称蒋介石，非写“蒋总统”不可。还说，这些书里面充斥马克思主义，林明德一看，原来是Max Weber，即德国著名社会学者马克斯·韦伯的著作，令人啼笑皆非，林无言，对他们也不作任何辩解了。
    1962年进近史所的魏廷朝，时为助理员，1964年牵涉到“彭明敏案件”，当时想发送传单，还未出发之前就被捕了，关进黑牢里，是印刷厂的人告的密。国防部总政治作战部主任王某特意把魏廷朝从黑牢里请到咖啡厅，单独与他谈过两三次话，试图沟通说明，意在收编。魏不理，大骂国民党，王某莫可奈何，最后说：“我可以放你，但只要你写一个悔过书。”魏则坚持认为：“我有做错事，为什么要写？”魏廷朝台大政治系毕业，是彭明敏的学生，最后被判刑八年，服刑三四年之后才释放。当时很多人都不敢去看他，因为怕被点名做记号。
    由于近史所有年轻人被捕，郭廷以在“立法院”遭到强烈的质询。但郭廷以并没有因此而退步和胆怯，还去牢里看望过魏廷朝几次，可见他本人对这一政治事件的关切，同时也在表达对威权统治的一种无声抗议。美国的费正清教授因为这起政治事件，在《纽约时报》刊登抗议信，语气十分强硬，同时还给蒋经国写信，要求放人。开始时，费正清对郭廷以先生还颇有误会，认为他与国民党威权政府是一伙的，见死不救。并说：我们白白给了你们那么多钱，你们竟让政治来戕害学术自由，也不吭声。费正清十分生气。实际上，郭廷以“以他微弱之力，无法挽救这种大势”。
    在近史所同仁眼中，魏廷朝是一位“人格者”，是那种与世无争、淡泊名利的人，“文笔相当好”，他在近史所两年多时间，什么粗重的活儿都做，而且常常穿着短裤，不熟识他的人，还以为是所里的工友。魏廷朝被释放后，曾到近史所拜访过去的同事。据王萍回忆，魏廷朝来所里，她与李念萱正在院里史语所后面的平房餐厅吃饭，李悄悄告诉她说，“魏廷朝来了”。因为关系本来就熟，于是三人同桌吃饭，窗户外面就有两个特务在监视。李有点担心，对王萍说，当心哪天你也被列入黑名单。王当时这样回答：为什么要这么怕？与魏廷朝坐同一桌吃饭，就要被列入黑名单？没有这回事！
    由于受到“白色恐怖”之害，致使近史所流失不少优秀的人才，如魏廷朝，还有王世流、金承艺等人。金承艺是北大时期胡适的学生，与雷震先生有一定过往。有人说，现在回想起来，郭廷以先生的胆子也够真大，像金承艺，“人家都不敢用的，他都敢用，还有吕士朋，他被关出狱后，郭所长还是让他到近史所工作。郭先生就是这样不畏人言……”（王萍语）
    郭廷以是一位有主见的人，在创所初期和当时的威权体制之下，“免不了遭受流言攻击”。最初是创所时受到北大派的杯葛，接着是福特基金会补助问题所引起的辞职风波。当时除了院内的反对声浪，院外的吴相湘也在《中央日报》为文批评他（赖泽涵语）。吴相湘时为台大历史系教授，在近代史方面是负有盛名的人物。1958年，胡适从美回台湾接任中研院院长一职，吴与台湾师范大学史地系著名教授王德昭联名给胡适写信，十行信笺写了七页半纸，表达对近史所，尤其是对郭廷以的不满。
    福特基金是在1960年11月提出申请的，一年之后获得通过，1962年1月正式实施，第一期是十五万元美金。这时胡适是院长，福特基金补助下来之后，姚从吾、李济、刘崇鋐等人向胡适提议成立一个咨询委员会，其用意是这笔钱应当是整个台湾史学界的，不能让近史所独占，胡适几乎要被他们说服。王萍当时是经办人之一，她认为这是“李济给胡院长的压力，因为胡适先生未就任院长之前，李济代理院长，他权力最大，说话的声音最响、最明份量”。张朋园也认为：郭先生挖空心思争取到这笔钱费，没见到人来帮忙，现在有钱了，大家都要来分这一杯羹。尽管如此，郭廷以还是就此事发表公开谈话，并刊于《中央日报》，其内容为：此项赠款十五万三千美金，分五年使用。用途有三：第一，用于帮助近史所购置国外图书资料；第二，用于帮助近史所在人员海外进修，每年二人；第三，用于帮助近史所人员从事专题研究……这笔款项将不完全用于近史所，必要时也愿意帮助其他研究近代史的学者，或在研究方面及海外访学。
    没有想到，胡适聘请的咨询委员会委员、台大历史系教授姚从吾，在看过报纸之后，立即致函胡适，不仅对郭廷以不满，更提出辞去咨询委员会委员一职。姚提出辞职的理由，主要针对这笔款项的分配与之前胡适对他们说的有所不同，即：福特会愿意以三分之一的款项用于帮助近史所以外台湾研究近代史的学者，而郭廷以的谈话只是说在必要时帮助所外的人，“那末他不愿意，就可不必办了”（姚信原语），因此辞去委员一职。实际上，胡适并没有对姚从吾他们说过以上的话，有人去查阅这方面的记录，未见任何文字。胡适只是在1961年5月回函福特基金会时，说过这样的话“海外进修人员，于近史所内遴选之，但遇有语言及其他特殊条件，亦得于所外遴选”，哪来的三分之一的款项用于帮助近史所以外台湾研究近代史的学者呢？“然而姚先生却竟因此而谓郭先生这也是一种愚蠢的表现，并表示别人也认为说他无领导的能力与知识是对的。这实在太过分。诚难了解，他这样对郭先生，用心何在”（吕实强语）！姚从吾说的“别人”就是吴相湘，接着，吴相湘也在报刊上发文质疑郭先生，为了一笔资金分配问题，竟引起三两位台湾史学界具有泰斗地位之人物的攻讦和杯葛，“郭先生似乎已陷入四面楚歌，除毅然请辞之外，还有什么良途呢”？
    台大教授们对郭廷以不满，其中还有一个原因，就是他们认为在所内郭对中大、师大出身的研究人员比较偏心，因而“台大对他满失望的”（贾廷诗语）。实际上，这完全是一个误会。当时为挽留郭廷以敦请胡适先生不要批准的人中，有好几位就是台大出身的研究人员。
    郭的请辞报告交到胡适那里后，胡适一直拿不定主意，这时他已住进台大的医院。台大一些教授（毛子水、姚从吾、沈刚伯）去看望胡适，谈及郭廷以请辞一事，某位教授劝胡适“索性这次就批准吧”，但胡适并不愿意。“因为胡先生知道他（指郭）递辞呈一定与福特基金的事有关，而获得福特基金的补助，是证明他创办近史所有了成绩，所以得到国际的支持，假使因为办的好而不安于位，太没有公理与正义了”，而所里大部分研究人员都不愿看到郭先生辞职，福特基金会重要成员之一韦慕庭教授正在近史所访问，得知此事后，也给胡适写信，说“能够胜任近史所所长一职，除了郭廷以，没有第二人选”。
    胡适毕竟是胡适，尽管这件事的发动与参与者，以及提出批评和建议者，都是他的学生，
    “但最后他仍然断然的作出自己的裁决”，他请秘书胡颂平把辞职信退给了郭廷以。于此福特基金风波，即告平息。这时是1962年的1月，一个多月后胡适就不幸去世了，接任者是王世杰。1969年8月，郭廷以赴美国讲学，自此未曾再回台湾。其大作《中国近代史纲》就是在美国完成的，成为研究中国近代史的扛鼎之作，深具广泛影响。
    1975年9月14日凌晨三点多钟，郭廷以因心脏病突发被送进纽约一家医院，在加护病房，不幸跌落床下，氧气罩脱落而致身亡，终年七十二岁，这时近史所也走进了自己的第二十个年头。 (责任编辑：admin)