根据推测和判断，伊拉克利翁和“法老城”的其它城市最有可能是毁于大地震，因为从海底保存完好的建筑残骸来看，多数的房子和墙倒向一个方向。大地震发生后，“法老城”迅速沉入海底，这也是为什么考古学家今天在距离陆地4海里外的阿布吉尔湾20至30米深的海水底下发现“法老城”的根本原因。考古学家推测说，这次超大规模的地震应该发生在七世纪或者八世纪，因为潜水员在“法老城”里发现的银币或者珠宝都是拜占庭时代的，没有比这更晚的了。更重要的是，“法老城”城址确实是一个极容易发生地震的地区，查历史记载，整个地中海地区就数这一带地震最多最为频繁。据此，考古学家们设想了“法老城”遭天劫那天的情景：2500年前的某一天，地中海震撼了，一阵惊天动地的震颤将“法老城”活生生地撕裂了，一条深不可测的深渊出现在“法老城”城市群中心地带，过惯了安逸舒适生活的“法老城”的公民们终于感到害怕了。然而，就在他们目瞪口呆的时候，那道裂缝里突然喷出数十米高的海水，转眼之间就将街道、房屋和人们吞没了，海水越涌越多，土地越来越往下沉。没多久，盛极一时的“法老城”化为一片汪洋，数不清的生命葬身于茫茫的大海中，几乎没有人逃脱这场灾难，也许正应了古罗马哲学家的说法“遭报应”了。不过，也有考古学家反对这种说法，特别是他们看到了城市的遗骸后，认为这座城市群是在极短的时间内突然沉入大海的，而“法老城”的居民们却都在灾难发生前有秩序地撤走或者消失了，然而，这些“法老城”的居民都到哪里去了呢？为什么没有给他们的子孙后代留一点交待？这一切就像当年的美国考古学家在描述玛雅文明突然消失之谜时所说的那样：“像一条漂在大海中的破碎帆船，它的桅杆断了，它的名字消失了，水手们也都死去了，没有人能说出它来自何方，属于谁，航行了多久，也没有人知道什么原因导致它的毁灭，或许只能从这船的结构中依稀想象那些消逝的人们，或许连这点也永远办不到。”