“历史文化基因”乃借用遗传学的学术用语“基因”而来。基因支配着生命的基本构造和性能。如同生物世界的“基因”，人类、国家、族群、氏族、家族历史发展中形成的延续着自身文化的核心因素成为各自的“历史文化基因”，它具有长时段的生命力。“中华历史文化基因”是“中国”、“中华民族”经过数千年发展形成的，是属于“中国”、“中华民族”的。我们通常所说的中国、中华民族“五千年不断裂文明”，就是因为我们的“历史文化基因”起到了关键性作用。
    国家认同是中华文化核心
    “中华历史文化”不属于中国的“区域文化”，也不同于特定时代、王朝及其他政体的文化，更不属于某个具体的“族属文化”。它是上述诸文化的集合体，也就是中华民族“多元一体”的“一体”文化，这一文化的本质是“国家文化”。国家通过“国家文化”的认同，保证了国家统一与国家历史文化延续。国家文化认同是所有文化认同中最核心、最重要、最根本的。
    中华历史文化基因应该从中华历史文化的“五千年不断裂文明”中去寻找。“五千年不断裂文明”是相对“文明”之前的“野蛮”与“蒙昧”而言的，后二者也就是还没有进入国家的原始社会。恩格斯指出“国家是文明社会的概括”。据此，可以说中华“五千年不断裂文明”就是中华五千年延续不断的国家历史，中华历史文化基因就是五千年来中国历史文化基因，而国家历史文化基因应该主要体现在国家历史文化上。
    中华“五千年不断裂文明”经历了传说的“五帝时代”、夏商周、秦汉、魏晋南北朝、唐宋元明清诸王朝，这些不同时代、不同族属的国家统治者、管理者坚守同一国家文化理念，就是我们所说的“国家认同”，这种基于“国家认同”之下的“国家文化”就是中华历史文化基因。这种基因不因国家之内的人群、族群与时间不同而改变，故中华历史文化才能形成“五千年不断裂文明”。
    都城文化遗存呈现“中和”理念
    考古学视域下的中华历史文化基因研究，主要是以国家形成的要素作为切入点，国家的核心要素是管理国家的平台——都城及其相关政治文化遗存所反映的国家政治文化的“中和”理念。
    古代都城是国家政治统治中心、军事指挥中心、文化礼仪活动中心、经济管理中心，是古代中国的缩影，其考古学物化载体主要有中央政府平台的宫殿、官署、武库、宗庙、社稷及其出土遗物等。据此，我们通过古代都城及其遗存折射理念的考古研究，究明中华历史文化基因的“中和”基因与国家认同的传承。
    中国古代都城考古发现与研究揭示出的“中”与“中和”理念，也见于中华历史文化的早期文献记载，如《左传》记载：“民受天地之中以生，所谓命也。”《老子》认为：“多言数穷，不如守中。”《荀子》云：“欲近四旁，莫如中央，故王者必居天下之中。”《吕氏春秋》总结历史则提出：“古之王者，择天下之中而立国。”“中”与“和”密切相关，二者并称合用，最早出现在《礼记·中庸》，即“喜怒哀乐之未发谓之中，发而皆中节谓之和。中也者，天下之大本也。和也者，天下之达道也。致中和，天地位焉，万物育焉。”司马光认为：“中和者，大则天地、中则帝王、细则昆虫草木，皆不可须臾离者也。”
    中华历史文化的“中和”基因，在中国古代都城有集中体现，它们主要表现在都城选址与都城布局形制两方面。
    古代都城选址与建设是国家大事，而都城选址与建设原则必须遵循中华历史文化的“中和”，这就是中国古代都城“择中建都”。《清华简·保训篇》记“五帝时代”虞舜“择中建都”于“历山”，继之商汤六世祖上甲微“求中”于“嵩山”，从此形成中华文化以此为“天地之中”，这里为平原，故称“中原”，夏商至唐宋诸王朝建都于此，“得中原者得天下”成语由此而来。考古发现的夏、商、周代都城均在洛阳，东汉、魏晋、北魏与隋唐亦建都于此，中原的最后一个王朝——宋朝之后，金元明清徙都北京之始，海陵王就认为“燕京乃天地之中”，这就是说“天地之中”具体地点可以不同，但是其理念不能改变。历代王朝营建都城选址之所以必须“择中建都”，就是“中和”理念的体现。都城营建于“天下之中”是相对于东西南北“四方”而言的，“四方”即“东夷”、“西戎”、“南蛮”、“北狄”。“择中建都”之“中”体现国家相对“东西南北”的至高至尊，同时“中”相对“四方”又反映了国家对“四方”的不偏不倚之“公允”、“公正”，从而达到国家之“和”，这种“和”是国家“一统”的基础。
    “中和”理念的进一步深化表现在都城“四面辟门”、都城之“宫城居中”与宫城“四面辟门”。考古发现汉唐长安城、汉魏隋唐洛阳城、宋开封城、金中都、元大都与明清北京城，其都城及宫城四面均辟门，是“中和”之“和”理念的佐证。在以上诸都城遗址考古发现中，宫城之大朝正殿“居中”、“居高”、“居前”，突出了作为国家代表的中央政府的“至高”与“至尊”理念，这又是中华“五千年不断裂文明”与国家“大一统”的根本保障。