人参、冬虫夏草等中草药以其独特的药用价值引起了西方人的注意。耶稣会士杜德梅神父在1711年（康熙五十年）的书信中介绍了“百草之王”人参的价值：“人参是治疗身心过度劳累引起的衰竭症的灵丹妙药，它能化痰，治愈肺虚和胸膜炎，止住呕吐，强脾健胃，增进食欲；它能驱散气郁，医治气虚气急并增强胸部机能；它能大补元气，在血液中产生淋巴液；人参同样适用于治疗头晕目眩，还能使老人延年益寿。” [法]杜赫德《耶稣会士中国书简集》巴多明神父在1726年（雍正四年）撰写了《关于在中国被称作冬虫夏草的植物的评论》一文，向法兰西科学院介绍了冬虫夏草的药用功效，说自己亲身体验，结果“胃口大开，体力也得以恢复”。
大黄、阿胶、秋石等中药的制作方法也是西方人关注的焦点，其中又以种痘术为最。天花传染性很强，在长期的防治和治疗中，我国发明了人痘接种法，明清时已出现了专职的种痘医生，在康熙帝的推动下，人痘接种推广全国，效果良好。耶稣会士殷弘绪将此法介绍给西方。他将中国与英国的种痘法相互比较，认为“中国人给孩子接种疫苗的方法比英国式的接种疫苗更温和，危险性更小些”。[法]杜赫德《耶稣会士中国书简集》就此，法国思想家伏尔泰对中国种痘术进行了赞扬：“我听说一百年来中国人一直就有这种习惯；这是被认为全世界最聪明最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。中国人种痘的方法的确是不大相同的；他们并不割破皮肤；他们从鼻孔把痘苗吸进去，就好像闻鼻烟一样；这种方式比较好受，但是结果一样。这一点也可以证实：倘若我们在法国曾经实行种痘，或许会挽救千千万万人的生命。”（伏尔泰《哲学通信》）
被介绍到西方的中医引起了广泛关注，但当时西方对中医存在两种态度。一方面，一些来华传教士通过研究，有的还直接受益于中医治疗，对中医持肯定态度。如法国耶稣会士方德望因所患重病被中国医生治愈，而对中医给予高度评价：“中国医生不只是在抚脉诊断方面有非凡的本领，他们用药也极有效果。”他还把中医的行医过程作为一种神奇的服务向欧洲介绍，“我敢说向欧洲人介绍这一不用放血、也不用催泻的治疗方法大有益处。中国人还会在此方面继续做出贡献”。钱德明曾潜心研究过中医学，他对中国的医学成就高度赞扬，认为：“中国人的大部分医书是一些处方或诊断法编成。这些处方或方法经过无数次的实践验证。在确定一些总原则和基本标准之后，便讲发生病变的人体各部分的疾病。著书人对此讲的详细，并带有病理分析，体现了中国古代医学比较完整的医疗系统。” （曹增友《传教士与中国科学》）他还以自己的亲身体验，对有些西方人说中国医生就是江湖骗子的言论进行了反驳，并义正言辞地说，如果不是中国医生的治疗方法，恐怕他早就没命了。
另一方面，由于中西医在医疗观念和思维方式方面有着根本差异，一些传教士对中医缺乏真正的理解和深入的认识，再加上翻译的困难，更增加了对中医药的认知隔膜，故不少传教士和西方人对中医药难以接受。与西医相比，他们认为中国传统医学在诊断、治疗和对病人的回访等方面缺乏严密的科学系统，甚至没有病理上的解释，只是对古人传授的经验进行传承，而且在治病过程中保留了很多迷信观点。故在有些传教士看来，中医无异于巫术，并认为由于缺乏严格的考核认证，在当时社会上出现了大量的庸医，以此来否认中国医学的成就。如法国著名作家拜尔说：“中国医学不明原理，不知解剖学，对中国的按脉诊断尤表轻视。”方豪《中西交通史》有些传教士认为中药以野生植物为源，是草根树皮，治不了大病。传教士韩国英则认为中药在制作方面存在缺陷：“中国医学不怎么注意化学药品和植物化石的疗效，它注重的是金属、植物和动物的药品，其制药方法还是古人用的原始方法。”
尽管有些传教士对中医存在偏见和争论，但这种争论在某种程度上也促进了中医的传播。“每当一种谬论出现时，总会引起一些有识之士的反对和争论，结果使真理越辩越明。耶稣会士的中医研究，是对欧洲学术界的一种反应。正是勒诺多（法国名医）对中医的批评和讨论，在欧洲产生了很大的影响，特别是在耶稣会士中产生了种种反弹，争论的结果促进了欧洲人对中医的了解。”（韩琦《中国科学技术的西传及其影响》）而且这也并未改变中西方在医学领域相互交流的总体态势，即使到了晚清时期，“中医西传”在“西医中传”逐渐增强的背景下，仍然显示出一定影响力。
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