毛泽东说：“好哇，请坐下来谈。”说完，自己坐进沙发里，把秦基伟拉到另一只沙发里。
     毛泽东接着说：“上甘岭打得很好。上甘岭战役是个奇迹，它证明中国人民志愿军的骨头比美利坚合众国的钢铁还要硬。这个奇迹是你们创造的。”
    毛泽东一边说一边拿起茶几上的烟盒。
    秦基伟说：“是主席和军委指挥得好，战士们打得顽强。”
    毛泽东点点头，笑了笑，说：“你们打得好，我要有表示。我这里没什么好东西，那就请你吸烟吧！”
     秦基伟的手下意识地伸向烟盒。但秦基伟没有拿烟，而是将烟盒顺势向毛泽东那边稍稍推了推：“主席，我不会吸烟。”秦基伟破天荒说了一句谎言，而且是在毛泽东面前说了谎言。事后，秦基伟说：“我觉得在毛主席面前吞云吐雾不大合适。但是，说假话是要尝苦头的。当时，我一天没有两包烟解决不了问题，可是已经说过不抽了，再不敢翻案了。心里暗暗叫苦啊！”
    “哎呀呀，你这个当军长的还不吸烟。不吸烟怎能坐指挥部啊，要是我，那可就是没办法啰。”毛泽东说完，哈哈大笑起来。
    接着，毛泽东开始问秦基伟是哪里人，多大岁数了，志愿军官兵在前线的情况，等等。秦基伟都一一作了回答。
     １１点左右，秦基伟起身告辞。毛泽东将秦基伟送到门口，又说：“朝鲜战争是要停下来的，所以调你到云南工作。云南是我国西南大门，处于重要的战略位置，边防线长，还有残匪在境外活动，斗争情况复杂。你年轻力壮，到任后要多下去，熟悉地形，了解部属，把边防建设好，把大门守好。”
    秦基伟立正回答：“一定按主席要求去做，请主席放心。”
    １９５３年７月，秦基伟到云南军区任副司令员。１９５５年４月，云南军区改称昆明军区，秦基伟改任昆明军区副司令员。
    １９５５年的中将，１９８８年的上将
    １９５５年９月，秦基伟被授予中将军衔。
    同月，昆明军区司令员谢富治调中央工作，秦基伟升任昆明军区司令员。
     秦基伟是１７７位中将中最早担任大军区司令员的。这是好事，也是坏事。好事是，当主官有了建大功立大业的平台；坏事是，１９６６年那场席卷中国的史无前例的“文化大革命”，让秦基伟成了大军区一级的高级将领中最早下台的人。
     １９６７年２月１２日，周恩来派了一架飞机，把秦基伟接到北京，安排在京西宾馆，没了职务，也没有任务。在周恩来的保护下，虽然秦基伟在“文化大革命”的第一个浪头下，成了没有还手之力的“死老虎”，但却躲掉了挨打、侮辱人身的事件。与不少老干部受冲击、折磨，甚至被整死相比，秦基伟最早下台算是“因祸得福”！
     １９６９年３月至８月，中苏边境接连爆发了几起冲突事件，中共中央发出通知，在北京的中央党政军主要领导人及一些老同志，于１０月２０日以前全部战备疏散。１０月上旬，秦基伟带着女儿畹江，“疏散”到了湖南省汉寿县的一个军垦农场。从此，秦基伟开始体力劳动。
    １９７１年９月，林彪事件后，中国的形势稍有变化。１９７２年３月，秦基伟被允许到长沙治疗在农场落下的肩周炎。
     １９７３年４月下旬，广州军区一位政治部副主任受中央军委的委派，来到湖南某疗养院，把秦基伟等人叫到会议室，传达了军委指示，宣布秦基伟和李成芳、王蕴瑞等３人去北京，其他人去昆明。这位副主任传达完后，又集合了疗养院的工作人员和那些监督的人，宣布：“从现在开始，你们不准喊老秦老李了，要喊首长，要服务好，务必做好保卫工作。”
     几天后，广州军区派车来接秦基伟、李成芳和王蕴瑞等３人，并组织他们到韶山参观了毛泽东故居，然后从长沙上火车。４月２８日，秦基伟到达北京火车站，解放军总政治部派人把他接到北京海运仓招待所。
     ４月２９日，秦基伟接到通知，五一劳动节，党和国家领导人陪同外宾游园，要他参加。５月２日，秦基伟的名字见了报，老战友们知道秦基伟被解放了，纷纷前来看望。久别重逢，各历其险，彼此之间都为能活着相见而感慨万千。
     ５月２８日，中央在京西宾馆召开一个工作会议，通知秦基伟和李成芳参加。在小组会上，周恩来说，国务院人手缺，部长亟需补充；问秦、李两人愿不愿到国务院工作。李成芳说“愿意服从分配”；秦基伟除了说“愿意服从分配”外，加了一句“我的文化程度不高，到国家部门工作有困难”。周恩来笑了笑对秦基伟说：“你是文化人中的没文化人，没文化人中的文化人。”这个评价不低。当然，秦、李两人的工作问题，周恩来没有作最后决定。