西藏上层反动集团的分裂活动，早就引起了党中央、中央军委的高度重视。为了对付西藏可能出现的全局性叛乱，毛泽东洞若观火，密切注视着西藏反动分子的种种举动，及时作出各种指示和决策。
     1959年1月22日，毛泽东指出：“在西藏地区，现在及今后几年内，是敌我双方争夺群众和锻炼武装能力的时间。几年之后，例如三四年，五六年，或者七八年之后，总要来一次总决战，才能彻底解决问题。西藏统治者原有兵力很弱，现在他们有了一支斗志较强的万人叛乱武装，这是我们的严重敌人。但这并没有什么不好，反而是一件好事，因为有可能最后用战争解决问题。”1959年3月10日，叛乱分子利用达赖到西藏军区看戏之事制造事端。达赖看戏是本人提出并经西藏地方政府同意的，但叛乱分子却公开造谣说，汉人阴谋毒害达赖，以蛊惑人心，并以此为借口，首先在拉萨挑起了叛乱。
     3月10日上午，叛乱分子煽动不明真相的僧俗民众围住达赖喇嘛的住地罗布林卡，阻拦达赖喇嘛前往西藏军区礼堂观看演出。在罗布林卡门外，西藏军区副司令员桑颇·才旺仁增被叛乱分子打伤，西藏自治区筹备委员会官员、爱国人士堪穷·索郎降措被叛乱分子当场杀害。叛乱分子还驱使部分群众上街游行示威，高喊“西藏独立万岁”等反动口号。
    这一天，得到国外反华势力支持的西藏上层反动集团，公开撕毁了“十七条协议”，全面发动了背叛祖国的武装叛乱。
     当时西藏工委书记张经武、西藏军区司令员张国华都在内地开会，中共西藏工委副书记、西藏军区政治委员谭冠三将军，作为中央人民政府驻西藏代理代表，主持全面工作。
     达赖喇嘛此时已被叛乱分子软禁在罗布林卡，对外的联系十分困难，但谭冠三将军仍设法通过爱国人士先后于3月10日、11日和15日给达赖喇嘛三封信。谭冠三在信中表示体谅达赖喇嘛的处境，关心他的安全，并对叛乱分子猖狂进行的军事挑衅，要求西藏地方政府立即予以制止。
     达赖喇嘛亦于3月11日、12日和16日先后给谭冠三复信三封。他表示，已对地方政府官员等进行了“教育”和“严厉地指责”，并表示几天后还可能到军区去。
     11日，正在湖北的毛泽东就西藏上层集团公开叛乱问题给中共中央、西南局、西南军区、西藏工委及西藏军区发出急电，对中共西藏工委、西藏军区在政治上、军事上所应采取的措施作了具体指示。电文指出：“照此形势发展下去，西藏问题有被迫早日解放的可能”，“西藏工委目前策略，应是军事上采守势，政治上采攻势，目的是分化上层，争取可能多的人站在我们一边。”毛泽东还特别指出：如果达赖及其随从逃走时，我军“一概不要阻截他们”。
     3月15日，毛泽东又在武昌东湖石屋别墅，召来张经武、张国华谈西藏严重局势及平叛、民主改革诸问题。毛泽东说：“天要下雨，娘要改嫁。阶级本性决定他们要闹事。他们总以为他们还有资本，总是手中发痒。他们要叛乱，无非是想把你张国华（指解放军）赶走。”
     谈到改革时，毛泽东说：“我们确定西藏在第二个五年计划期间甚至更长的时间不进行改革，是真的，但他们总是听不进去，因为他们从根本上是反对改革的，坏事变好事。我早就说过，只要西藏反动派敢于发动全面叛乱，我们就要一边平叛，一边改革，要相信95%以上的人民是站在我们一边的。”
     他又说：“叛了也好，先叛先改，后叛后改，不叛缓改嘛。现在已经叛乱，就只好边平边改。总的方针是军事打击、政治争取和发动群众相结合。少数反动分子的武装叛乱，其结果带来了大多数劳动人民的比较彻底的解放。”毛主席的这番话，为西藏平叛、改革定了基调。
    同日，毛泽东还写信给中央，对中央以谭冠三名义写给达赖的第二封信表示赞成。毛泽东信的全文是--
    中央：
     14日以谭冠三名义，答复达赖的一封信，很好，政治上使我处于主动。看他反应如何。如有复信，无论态度怎样，均应再复一信。以后礼尚往来，可再给信。这些信，准备在将来发表。为此，要准备一封信历述几年以来中央对诸大事件宽大、忍耐的目的，无非等待叛国分子、分裂分子悔悟回头，希望达赖本着17 条（指“17条协议”--笔者注）及历次诺言，与中央同心，平息叛乱，杜绝分裂分子，归于全民族团结，则西藏便有光明前途，否则将贻害西藏人民，终遭人民弃绝。以上请考虑。
    毛泽东
    3月15日下午3时
     3月17日，中共中央根据毛泽东的指示，在刘少奇的主持下，召开了政治局会议，讨论了藏军积极准备叛乱的紧急情况和毛泽东的建议。会上比较一致的意见是：最好设法让达赖留在拉萨，他若硬是出走，这也没有什么不得了。因为我们现在工作的立足点已不是等待原来西藏政府一些上层分子觉悟，而是坚决平叛，全面改革。周恩来还指出，这次事件与印度当局有关，英国和美国在幕后很积极，支持印度当局，把印度推到第一线。叛乱的指挥中心在印度的噶伦堡。