生死抉择：去延安还是苏联
     1937年5月7日，400余名西路军将士到达迪化后，随即整编为西路军总支队，对外称“新兵营”。根据中共中央指示，在党代表组织领导下，从1937年秋季开始，总支队利用苏联援助盛世才的军事技术装备，以苏联和盛世才的军事教官为教员，开展政治理论学习。
     李特随着西路军余部退入新疆后，仍旧在一次辩论会上大骂毛泽东和中央红军，这次会议的参加者有陈云。陈云当场指出李特说的不对。根据中央文献研究室出版的《李先念传》介绍，在新疆的西路军余部都被要求做了是否回到延安的选择，李先念等人表态坚决要回延安，而黄超、李特等人则没有选择回去。
     1938年1月，中共中央政治局委员、中共中央驻新疆代表邓发在迪化组织大家进行批判张国焘错误路线的学习，并就张国焘的问题作了长篇报告。这在西路军同志中引起了巨大的震动。
     但是李特和黄超两人不同意邓发对红四方面军和西路军的否定，提出了不同的看法。不久，李特和黄超以“托派”的罪名被秘密处死。两人之死至今仍是一个谜：到底是谁下的命令，何人执行的？尸骨葬在哪里？到今天也无从知晓。有人说他们是在苏联遇难的，有人不相信他们被杀。两个红四方面军的高级干部，居然这样不明不白、无声无息地消失了。
    李特终被追认为革命烈士
     一些红四方面军的高级将领并不认为李特是“托派”和反革命，对他评价颇高。红三十军军长李先念对李特很了解，他曾说：“李特、黄超是反革命吗？不是！当时和彭老总吵架只是在气头上。”西路军总指挥徐向前说：“李特资格很老，在苏联留学。李特人很好，和人相处不错。他心很细，考虑问题比较周到，作战命令、训练指示，大都由他起草。这个人很能吃苦耐劳。”曾任红三十军政委、建国后任沈阳军区副司令员、装甲兵副司令员的程世才中将说：“李特政治上没有问题，人很好，理论水平很高，革命很坚决，能吃苦耐劳。至于1935年9月，李特奉命去追赶党中央、带领一部分四方面军回头南下，说中央北上是机会主义，一些人说李特是反中央，这不能和张国焘一概而论。所以，徐帅、先念主席对李特的问题很关心，指示要把李特的情况查清楚。”原西路军直属纵队司令员、骑兵师师长，建国后曾任兰州军区司令员的杜义德中将说：“李特对党的路线、方针、政策是拥护的，是非常忠诚于党的人。在西路军那样困难的情况下，能够带领几百人到新疆，就说明了这一点。李特早就应该平反了。”原红四方面军第三十一军第九十一师师长、原北京军区副司令员徐深吉中将说：“李先念（从新疆）回到延安时对我们说，我离开新疆的时候，李特和黄超还到机场送行呐，以后就不见了，一打听，听说被杀害了。把他们说成是托派，那只是借口。不管怎么说，李特和黄超不是托派，不是反革命。李特这个同志品质很好，理论水平比较高，平易近人，有学问。”原红四方面军机要局局长、电台台长，建国后曾任武汉市委第一书记、中顾委委员的宋侃夫说：“在西路军，李特在总部主管军事方面的工作，在那样艰苦卓绝的环境条件下，工作是很努力的，也是有贡献的。西路军打了败仗，同李特没有关系。我们离开新疆以后，把李特、黄超留下来了，后来听说把他们当做反革命处理了。我和四方面军的同志都谈过，当时把李特当成反革命是冤枉的，应该平反，因为他是一位好党员、好干部、好同志。”
     直到1996年6月5日，中国人民解放军总政治部才发出通知，为李特平反。通知在“烈士事迹”栏中写道：“李特同志在长期艰苦卓越的革命斗争中，为鄂豫皖、川陕革命根据地的创建与发展，为红军的建设与壮大，作过贡献；参加长征、西路军，英勇作战，历经磨难，经受了严峻考验。”