据当事人张明远观察，中朝会谈之所以争执不下，其实质是联运司领导权的归谁所有的问题。中方代表认为，当时朝鲜的铁路和机车大部被毁，铁路运行的车辆主要是中国开来的，而抢修线路、运送物资的部队和司乘人员都以中方为主，甚至维修线路的器材和部分朝鲜铁路员工的供应也都是由中方负责。从这些实际情况看，朝鲜方面难以协调指挥铁路运输的正常运行。所以，战争期间的中朝铁路联运应由中方牵头。但朝方以及苏联驻朝鲜顾问坚持认为，对铁路运输的管理涉及国家主权问题，必须由朝鲜领导。对此，周恩来曾指出，问题的根子不在平壤，而在莫斯科，并表示要同苏方协商，以求妥善解决。
     就在周恩来电告中方代表准备在谈判记录上签字的当天，斯大林来电表示了苏联的立场，全文如下：“我驻沈阳领事列多夫斯基刚刚向我们报告了高岗同志的意见，即为正确组织部队和作战物资向前线的运输工作，朝鲜铁路必须交由在朝鲜的中国司令部管理。从领事的报告中可以看出，金首相是支持这个意见的，但朝鲜的部长们却似乎反对这个意见，他们认为这个办法将损害朝鲜的主权。假如需要我的意见和联共（布）中央的意见的话，那么我们认为必须告知您，我们完全支持高岗同志的意见。为了顺利地进行解放战争，这个办法是必须采取的。总的来说我们认为，为朝鲜本身的利益着想，中国和朝鲜之间最好能建立起更密切的国家关系。”周恩来当即将这一电文转给高岗和彭德怀，并表示可以继续“力争联合铁路修复司令部归联司或运司指挥或仍进一步提议将朝鲜铁路管理局置于军事管制的直接管理之下”，中方代表亦可暂缓签字，而由政府出面邀请朝交通相到沈阳再谈。
     在此后的谈判中，中方的态度开始强硬起来。4月16日，周恩来致电倪志亮即转金日成：“提议为适应战争需要，朝鲜铁路必须立即置于统一的军事管制之下”，“即在联司领导下，设立中朝联合的军运司令部，统一朝鲜铁路的管理、运输、修复与保护事宜 ”。5月4日，中朝两国政府在北京签订《关于朝鲜铁路战时军事管制的协议》，对管理体制、组织机构、运力分配等重大问题做出了明确规定。根据协议精神，7 月在安州正式成立了朝鲜铁道军事管理总局，刘居英为局长兼政治委员，金黄一（朝方）、黄铎为副局长，统一负责朝鲜战区铁路运输的管理、组织与实施。军管总局下设熙川、定州、新成川、平壤、高原5个分局，共有援朝员工1.2万余人。8月1日，在沈阳成立了中朝联合铁道运输司令部（联运司），受中朝联合司令部直接领导，东北军区副司令员贺晋年兼司令员，张明远兼政治委员，南学龙（朝鲜铁道副相）、刘居英、李寿轩、叶林为副司令员，同年11月又在安州成立了联运司的前方派出机构--前方铁道运输司令部，刘居英任司令员兼政治委员，金黄一、李寿轩为副司令员，负责指挥和协调军管总局、抢修指挥部和铁道高炮指挥部的工作。铁道兵团增加为4个师又3个团，还有援朝工程总队，总人数达5.2万余人。从此，在统一的领导和组织下，铁道运输部队、抢修部队及高炮部队密切配合，协同行动，采取“以集中对集中，以机动对机动”的作战方针，大大提高了铁路运输效率。
     铁路管辖权是中朝争论中唯一涉及朝鲜内政和主权的问题，彭德怀在1959年受到批判时对此也不回避。但正如彭所强调的，对铁路实行军事管制是在战争条件下不可避免的处理办法，并在停战协定签字后立即将铁路交还朝方管理。不过，在莫斯科干预下强加于人的做法，毕竟给金日成留下了心理上的阴影。
    五、关于停战谈判签字的时机问题
     第五次战役以后，中国方面也感到战争难以继续下去了。1951年5月下旬，毛泽东主持中共中央召开会议，并决定了“边谈边打，争取谈判解决问题”的方针。毛泽东随后请金日成于6月3日抵达北京进行商议，接着又要求斯大林接见金日成和高岗，同时希望在苏联养病的林彪也参加会谈。经斯大林同意，6月10日金日成和高岗乘苏联派来的专机飞往莫斯科。
    他们与斯大林交流了看法之后，于6月13日向毛泽东做了汇报。斯大林也来电表示，“我们认为，现在停战是件好事”。
     据苏联大使观察，“朝鲜领导人对于停战谈判有些戒心，尽管他们没有公开和直接地表达出来”。金日成从北京回来以后，心情十分沮丧，认为苏联在联合国的代表马立克6月23日呼吁停战谈判的发言“是中国力图达到停战和摆脱援助朝鲜这一负担的最明显的表示”，甚至在马立克发表声明之后的几天时间里，北朝鲜的报界以及其他宣传机关，对此都“没有进行详细的解释，也没有发表任何评论文章”。虽然朝鲜领导人后来也“认识到了缔结停战协定在军事和政治上的必要性”，但他们认为中国代表团（主要是其负责人李克农）为能达成停战协定而对美国人过分宽容和让步，同时也抱怨中国人在谈判过程中没有及时地、充分地听取朝鲜代表的意见。特别是当7月27日毛泽东通知金日成，如果美国人坚持将现有的前线作为分界线的话，那么中国人认为可以向美国人做出让步时，金日成表示了极大的不满。