假使占领军当局选择敦促裕仁退位的话，显然不会有任何不可逾越的障碍存在。天皇近侧的人士也承认这一点。而且可悲的是，公众将如同接受战败本身那样，轻易接受天皇的退位宣言。保守派则会将天皇的退位正当化，并且借此对天皇制的道义的高洁再次加以确认。天皇制民主仍然会在新君主的统治下发扬光大，而裕仁悲惨的昭和时代（如此反讽的命名，“昭和”两字原本意味着“光辉与和平”）将会落幕，“战争责任”问题则会显得一片光明。
     当然，麦克阿瑟及其助手对局势有不同的理解，并且对日本方面表明了自己的立场。11月26日，原海军大将、总理大臣、天皇的心腹米内光政，恳请麦克阿瑟对天皇退位发表见解，最高司令官回复说，此举并无必要。一个月后，宫中与最高司令部之间的日本联络官报告说，民间情报教育局（CI&E）局长戴克（Dyke）准将建议，为转移公众注意，天皇可以离开东京，将宫廷移到京都。十九世纪中叶以前，那里一直是皇家的传统地盘。翌日，三位与民间情报教育局有关系的日本人，给侍从次长木下道雄带来了一份值得注意的、长长的备忘录，总结了戴克准将有关“皇室的问题”的见解。文件开篇就坦率主张，维护天皇对于建设民主的日本是绝对必要的。
     1946年3月初，侍从次长被告知，菲勒斯将军担心天皇周围的“可笑之人”，给予天皇坏的建议。这大概不仅是指皇室的异端人物东久迩宫和三笠宫，还包括给天皇安排关于宇多天皇退位与英国国王退位讲义的宫廷顾问们。菲勒斯告诉米内大将，“非美国的思想”正甚嚣尘上，甚至在美国上层，要求逮捕裕仁接受战犯审判的呼声依然具有影响力。
     3月20日，菲勒斯邀请寺崎英成、寺崎的妻子（菲勒斯的堂姊妹）格温（Gwen）和他们的小女儿晚宴。饭后，身为天皇近侍的寺崎，直率地询问麦克阿瑟对天皇退位的想法。菲勒斯先是指出自己不能为麦克阿瑟代言，然后强调说，麦克阿瑟是天皇“真正的朋友”。他告诉寺崎，麦克阿瑟将军近来已经知会华盛顿方面，假使天皇被起诉，日本将陷于混乱，届时就需要大幅度增加占领军的规模。即使天皇对战争负有“技术上的”责任，他仍然抱持这样的观点。至于说到退位，可能还会围绕继位的各种问题引发混乱。因此，菲勒斯相信麦克阿瑟不希望裕仁退位。寺崎询问，最高司令官是否可以公开表达自己的立场，以制止新闻界“不谨慎的所谓天皇退位论”，从而使日本国民感受到“乌云”散去，重见“天日”。菲勒斯回应说，这将甚为困难。
    菲勒斯向天皇的近侍透露的，是麦克阿瑟发给美国陆军参谋长艾森豪威尔（Dwight D.Eisenhower）将军的机密电报的要旨。在这封回应华盛顿要求调查天皇战争责任的电报中，麦克阿瑟全力以赴地为天皇辩护。1月25 日，最高司令官致电艾森豪威尔，“调查已经实施”，未发现过去10年间裕仁与日本的政治决策相关联的证据。麦克阿瑟将天皇描述为“日本国民团结的象征”，并且警告说，如果天皇被起诉，日本将遭受“极大的动乱”、“分裂”，“数百年都难以完结的……民族间的仇杀”。政府机构将会崩溃，“开明的实践将会停止”，游击战将会打响，引进现代民主的所有希望将会破灭。而一旦占领军离去，“将会由被损害的大众中产生某种共产主义路线的强力统治”。
     在战犯审判正式开始之前，最高统帅部、国际检察局（IPS）和日本官僚们在幕后操作，不仅防止裕仁被起诉，而且歪曲被告们的证词，以确保没有人会牵涉到天皇。原海军大将和首相米内光政，遵照菲勒斯的建议，显然警告过东条英机不要以任何方式归罪于天皇。然而，这种决定审判性质的日美协作还远不止此。日本宫廷和政府的高官与最高司令部协作完成战争嫌犯名单，最终以“甲级”战犯嫌疑逮捕百名著名人士（其中仅有28人被起诉），并且在公判期间监禁于巢鸭拘留所，让他们独立宣誓保护其君主不负任何战争的责任。1947年12月31日，这种紧密维持的日美协同作业，为东条英机的法庭证言所证实。东条暂时偏离了天皇无辜的既定协议路线，提到了天皇的最终决定权。美国主导的“检察当局”立即做出安排，秘密指导东条，让其撤回证言。
    这些将天皇剥离于任何战争责任的努力，超出了天皇自身的期望，导致失去了利用他澄清历史记录的机会。
     成功赦免天皇战争责任的行动毫无限度。裕仁不仅以无辜的面目出现，摆脱了任何可作为战犯起诉的正式行为，他还被打造成了近乎圣洁的人物，甚至对战争不负有道义责任。对于思虑更深的内部人士来说，这样的实用主义就更令人苦恼。例如，在1946年初写给杜鲁门总统的长篇报告中，美国国务院驻东京代表乔治·艾切森（George Atcheson）直率地陈述他的主张：“天皇是个战争罪犯”，而且“如果日本想要实现真正的民主，就必须废除天皇制”。尽管如此，艾切森也相信，在当前的局势下，维持天皇制、免除裕仁的战争责任，才能避免社会的混乱和最好地发挥民主。他大胆进言，天皇退位可能是将来的善策，但是最好推迟到宪法修正实现之日。