毛泽东一个月内连续作了三次批示
     事件发生后，王聚民所在单位的领导和有关干部受到严肃处理。山东军区认真总结了这次事件的教训。为防范此类事件的再次发生，军区制订了一些具体措施。许世友还下令，以后机关干部一律不准带枪。当时军区机关内有一些紧张气氛，许世友宽慰大家说：“不要兔子睡觉，一惊醒后到处是事，没有那么多事。”
     中共山东分局、山东军区立即将黄祖炎遇害的消息报告了党中央和毛泽东主席。毛泽东闻讯后十分震惊，于3月18日代表中共中央亲拟一通报，发往各中央局、大军区、志愿军党委及其他有关单位。毛泽东在通报中指出：“据报，山东军区政治部副主任黄祖炎同志于3月13日被反革命分子王聚民在一次会议上用枪刺杀。这是我党高级干部被党内暗藏的反革命分子所刺杀，过去是很少见的，应当引起全党警惕。王聚民为山东惠民军分区政治部宣教科副科长，原为恶霸，1941年混入我党，在土改中被斗。王行凶后当场自杀。据山东分局及军区来电说，此事显系反革命分子在我党及人民政府坚决镇压反革命之际的报复行为。特此通报，务请你们注意：
     （一）严防反革命报复。应当肯定反革命的报复是必然会有的，必须预先采取防制的办法，千万不可疏忽。除加强警卫外，最重要的是采取积极手段，破获反革命的组织，消灭反革命的巢穴，坚决迅速地杀掉一切应当杀掉的反革命分子，使反革命措手不及，无力施行报复手段。
     （二）必须认识党内、政府内和军队内已有少数反革命分子混进来，决不可认为太平无事。现在就应开始注意这个问题，考查可疑的分子，聚集材料。在地委及行署一级以上机关内，军分区及师一级以上的机关，城市则为市区两级机关内，特别注意考查这类可疑分子，一有材料，就应作适宜的处置，保障党、政、军各级领导机关的纯洁和安全，决不可优柔寡断，姑息养奸，是为至要。”
     为吸取黄祖炎被害的教训，中共山东分局于事发的第二天即3月14日向所属单位发出七条指示，指出：黄祖炎同志被刺，说明了阶级敌人当我坚决镇压反革命日益深入之际，用刺杀、暗害的恐怖手段来进行报复，企图以此混乱我内部，动摇我镇反的决心，这一事件也暴露了我组织内部的不纯和保卫工作的松懈无力。为了避免类似事件的再次发生，要以这次血的事件教育全党，加强机关和首长的保卫。
     3月20日，毛泽东看了山东分局的七条指示后，在文件上写了一段批语：“下面是山东分局在黄祖炎同志被刺后向所属市委、地委发出的指示，中央认为这个指示是正确的，特转给你们，请你们连同中央3月18日为此事而发的指示一道加以讨论，并作出自己的决定，指导所属，坚决执行。中央希望你们务必重视此事，切勿等闲视之。”此批语后以中央名义发往全党全军。
     4月12日，罗荣桓（时任最高人民检察署检察长、总政治部主任）、罗瑞卿（公安部长）、傅钟（总政治部副主任）、杨奇清（公安部副部长）、肖华（总政治部副主任）就事件的经过、王聚民的历史和行凶原因。以及应当记取的教训，联名给毛泽东写了一份报告。
     毛泽东4月19日看了这份报告后，在报告上又作了批示：“兹将罗荣桓、罗瑞卿诸同志关于黄祖炎同志被刺案调查报告发给你们研究。像王聚民这样的反革命分子很早就有许多罪恶表现，全党全军如有类似这样的人，务须注意及时处理。”这个批示以毛泽东个人名义发往全国。
     对一名烈士，毛泽东主席一个月内连续作了三次批示，这在我党的历史上还没有过，这充分说明毛泽东对这一事件的重视和对黄祖炎感情的深厚。