《王元化晚年谈话录》是王元化与学生吴琦幸于2007年7月和2008年1月的谈话记录。16次谈话，王元化表示要进行这样的谈话、提出把它整理成书的意见达10多处。7月21日说：“我有很多的意思没有表达出来的，我有文章没有表达清楚的，我有的经历没有讲的。我都希望在跟你谈话中表达出来。”翌年1月吴琦幸再次从美国到上海瑞金医院探视老师，告别时得知学生大概6月底才能再来，吴琦幸写道：“先生‘哦’了一下，眼光中突然闪现一种些微的失望，这是我跟他二十年来，在他眼睛中很少见到的”，“我们的手慢慢放开”。——他们就这样永诀。
    读着这样的文字叫人感动和悲伤，是可以切实感受到这次谈话份量的。这是王元化一直激荡在胸的家国情怀，乃至对人类命运终极关怀的最后表达，对世界的遗言。
    王元化最后谈话的内容非常丰富，他肯定已敏感到自己来日无多，迫切要将最后的所思、所识、所感、所忆，所处的精神世界留给后人。其中，他最为强调的是他一生中的第三次反思。虽然这次反思的成果都结集在《九十年代反思录》等著作中，但他仍然觉得有必要作一次集中透彻、提纲挈领的阐述和强调。
    他说：“我觉得人类认识，不是一个绝对的东西，这是我的最根本的一个命题。所以我觉得这个启蒙学派，把他认识到的就认为是一个绝对真理”，“就非常大胆和独断”，“这是我的第三次反思的核心”。说完，他还是不放心，又说“这次跟你讲得比较透彻一点”，“不知道你听不听得清”。当吴琦幸回答说听得很清楚，“第三次反思是重在对于启蒙思想的反思，是对于认识论的反思”。吴的回答指出了王元化反思的历史追溯和哲学根本，王元化应该是满意的。
    王元化一生经历过三次反思。第三次反思有现实刺激的“痛定思痛”，还有1991年夏威夷国际学术讨论会不同思想观点的碰撞，和量子力学测不准定律的启发。这次贯穿于整个1990年代的反思，是他生命中最后一次学术攻尖。
    1992年王元化从一篇博士论文中警觉到卢梭有关公意和私意，以及人民转让全部权力给权威，将君主个人转化为“社会公意”，是一个非常有意义的题目，其中内涵甚深。当他写了2篇短文，朋友提出不同意见后，他找来最好的译本，化了2个多月，反复圈点，作笔记，甚至请教外语专家解读法语原著，将非常难读的卢梭《社会契约论》的真意吃透。再到杭州，又化了2个多月，闭门潜心思考写作，完成了《与友人谈社约论书》长文。其中最重要的观点是，卢梭“把确认什么是公意什么不是公意的能力赋予一个立法者”，“是一种危险的理论”。导致后来出现“以牧人自命的领袖”，“自以为掌握了人类命运，所以才悍然不顾地干出了令千万人战栗的蠢事”。
    王元化第三次反思的另一个重点是对“五四”运动的反思。他指出伟大的“五四”运动之中含有负面的因子，就是“对于人的力量和理性的能力的过分信赖。……一旦人把自己的力量和理性的能力视为万能，以为可以无坚不摧，不会受到任何局限，而将它绝对化起来，那就会产生意识形态化的启蒙心态”。他十分赞赏一位学者的话：“承认人的精神能力的有限性，对于一个中国人来说是一种难能可贵的思想品性”；“自以为真理在握，或干脆是真理的代表，以真理自居，……给专制主义预备了必要的精神土壤”。王元化认为这些话比自己“说得更为透彻”，禁不住写道：“说得多么好！”
    王元化的这个思想，在整个1990年代文章中多次强调。在《记三次反思历程》的最后，他说：“我必须说，在这次反思中，我取得的另一个重要成果，就是我对于个人的力量、理性的力量获得了新的认识。……一旦自以为掌握了真理，就成为独断者，认为反对自己的人，就是反对真理的异端，于是就将这种人视为敌人，结果只能是，不把他们消灭，就将他们改造成符合自己观念的那样的人。”
    反思是告别旧我的痛苦蜕变，更有精神自由的大愉悦，获得的新识便格外深沉，楔入灵魂。王元化进入一个新境界，世界也随之改变。如对爱因斯坦“上帝不掷骰子”的不同看法，认为规律不是绝对的；不认同鲁迅激烈的斗争精神；批评胡风、耿庸“那种过激的情绪”、“这种趋于极端”的观点；赞成顾炎武学术可以缓慢地改变社会风气等等。他的另一学生胡晓明还认为，先生的性格气质也因之发生某种变化：“先生近年来多谈待人要宽厚，读书治学要‘躁释矜平’。对于学界的意气之争与帮派之习，对于为人的锋芒毕露与小肚鸡肠，深不以为然。”
    王元化第三次反思的这种最重要的收获，正如刘绪源指出的“与西方现代哲学相接近了”。我还以为，与胡适的平实、“容忍”、“一点一滴”的渐进、力戒“正义的火气”，与卡夫卡所批评的“正义的恶”也是相通的。甚至被林毓生称为王元化最大贡献的对卢梭的思考，也和1953年美国出版的塔尔曼《集权民主的起源》一书暗合。对启蒙运动的反思，1944年霍克海默和阿多诺《启蒙辨证法》一书也已有了先声。也许在人类的精神高地上，王元化并没有添上一块砖，但他勇敢艰苦的探索，扩大了这个高地的面积，通过已存的圆心画出了一条属于自己的直径，还是具有十分重大的意义。它在中国学界引起的反响，激起研究卢梭国家学说的小小高潮，余英时、林毓生为之拍案，就是明证。
    也许，人文学科与自然科学有一个很大的不同，自然科学的发现惟有第一，而人文学科的许多原理，还需要不断有人通过他们独特的道路、性情、背景、角度，甚至不同的表达，去丰富、深化和加厚。人文学科找到了一个原理并不是它的终结。那些沿着前人脚印，继续开拓不辍；那些艰苦卓绝、竭蹶颠扑的探索，或许与前人暗合，也同样具有重大的价值。“一切诚念终当相遇”，这也许是许多严肃、诚实的学人的共同命运。
    而且，王元化先生“根据理性所蕴涵的自由与责任来探讨中国的新生所应走的道路”（林毓生语）的大襟怀，将第三次反思的最重要的成果，提高到“最根本的一个命题”、思想的“核心”这样一个高度，并反复予以强调，难说不是人类精神探索所达到的新高。