3月上旬，毛泽东等与正在西柏坡参加七届二中全会的邓小平等，鉴于国共两党即将和平谈判，经反复研究后把起渡时间推迟到4月10日。随后，邓小平回到前线主持总前委会议认为，10日恰为阴历十五，月圆通宵，影响我军突破江防突然性，遂主张15日黄昏渡江，军委表示赞同。邓小平等致电二、三野首长，讲明军事斗争要服从政治斗争，渡江行动要严格受到和平谈判进程制约。要使军事、政治斗争高度统一。
     4月中旬，中央军委鉴于和平谈判已有进展，电示总前委，欲将渡江时间推迟半月或1个月。根据国共和谈最终期限是4月20日，军委又提出22日、25日以后、29日三个渡江日期，征询总前委意见。邓小平等经多方面调查认为，5月江水比7、8月还大，渡江将发生极大困难，现百万大军拥挤江边，过久推迟，将不得不后撤以就粮草。而签字之事，亦应设想敌人翻脸，故建议先打过江，以争取和平接收。这时，军委告总前委下达推迟渡江命令时，不要说是为了谈判，以免松懈士气。
     对此，邓小平等认为不应回避“为了谈判”，而应正面讲清渡江与谈判关系。他们在下达的指示中强调：我们应在政治上最有利的地位之基础上进行渡江，“故于全局和人民有利”。如政治需要，还将再次推迟。所以，在部队中要“一面防止急性病，一面防止战斗意志的松懈”。此间，“中心工作仍应放在加强战斗准备”。对总前委这一指示，军委认为“甚好”。
     与此同时，邓小平和陈毅等继续详察敌情、水情，根据谈判期限和气候有利条件，于4月17日提出于20日夜全线渡江作战，军委、毛泽东复电表示：“完全同意总前委的整个部署”，一气打到底。同时号召全军将士在总前委领导下，同心同德，完成渡江南进的伟大任务。于是，邓小平为总前委起草电报，下达了渡江作战命令。这时，中突击集团准备先期渡江，邓小平等以总前委名义复示：“只要有可能就可以这样做。总之，整个战役从20日晚开始就一直打下去，能先过江就该先过江，不必等齐。因为全长1000余公里长的战线上完全等齐是不可能的”。此时已是弹上膛、刀出鞘、帆满风，万事俱备。
    腰斩蛇阵，挟首击尾。
     古文记载：恒山之蛇，击其首则尾至，击其尾则首至，击其中则首尾俱至。面对长江守敌一字排列的“长蛇阵”，总前委决心采取横斩蛇腰，挟其首，击其尾战法，使敌顾此失彼，首尾难顾。4月20日夜，总前委指挥中突击集团首先在贵池至芜湖间突破，拦腰折断敌长江防线。乘其全线动摇，惊慌失措之际，总前委又命令东集团、西集团于21日黄昏，同时在东起江阴、西至马当约600公里长江面上，有重点地对敌发起攻击，在四野等部的配合和强大炮火掩护下，我渡江部队万船齐发，以排山倒海之势驶向对岸，突破当面江防后，乘胜向纵深发展，东集团炮兵封锁长江，断绝敌舰往东的逃路，另部攻占常州、丹阳等城，切断京沪铁路交通线，并于23日占领国民党政府首都南京。西集团一抵达南岸，便横扫敌人，扩大突破地段，接应友邻登陆，贯穿敌人纵深，截敌退路而兜之，后续部队源源不断过江登岸，对敌实施连续突击。战役发起4小时后，成渡部队就达16个团，控制了江南岸宽100余公里、纵深5至10公里的登陆场。渡江战役第一阶段胜利结束。
     陈毅当时就用“旌旗南指大江边”，“直下金陵澄六合”的诗句来描述渡江成功盛况。汤恩伯眼见江防部队一触即溃，为避免在沿江被分割围歼，他下令芜湖以西部队沿浙赣路撤退，芜湖以东部队分别向上海、杭州撤退。其余江防部队也向南溃逃。
     宜将剩勇追穷寇。以邓小平为书记的总前委，鉴于敌准备在浙赣线重新组织防御，防御不成则继续南逃的企图，紧紧把握战局发展关键环节，及时调整战役部署。当指挥西集团的刘伯承根据战况，提出二野不以主力与三野成交叉运动去南京地区，而全力直出浙赣线的建议时，邓小平等立即复电表示同意。在与刘伯承等共商后，总前委将西集团作战部署上报军委追认，在刘伯承直接指挥下，西集团二野三个兵团兵分三路，实行平行追击、跟踪追击和超越追击相结合，进军速度加快，追击战果显著。于5月上旬，控制了长达400多公里的浙赣线，完全粉碎了敌在浙赣线展开、组织反抗的企图。
     与此同时，邓小平、陈毅和粟裕等，指挥渡江后的东、中两集团，以钳形攻势迅速前进，首先在郎溪、广德山区合围歼灭敌5个军8万多人。随即又鉴于汤恩伯集团约20万人退集上海，负隅顽抗，不成则从海上撤逃的情况，命令三野集中8个军，仍采取钳形攻势，切断敌海上逃路，然后聚而歼之。至此，战役第二阶段结束。
    军政兼施，力求全胜。
     上海是全国经济中心，也是蒋介石反动政权赖以支持的基础之一。对此，蒋介石决定重点防守。他于4月26日赶到上海，亲自部署上海防务。他企图凭借20万守军，依恃坚固防御设施，争取时间，抢运储存在上海的黄金和贵重物资，并准备破坏城市，挑起国际事端，促使美国直接出兵进行武装干涉。
     邓小平在《京沪杭战役实施纲要》中，就预计到“将上海放在最后解决较为有利”。5月初，邓小平、陈毅、粟裕等，在丹阳一起谋划渡江战役第三阶段解放上海，接管上海的问题。攻占上海是一场特殊战役。陈毅比喻，这是瓷器店里打老鼠。既要消灭敌人又要保全城市精华。根据党中央、中央军委和毛泽东指示，邓小平与陈毅等反复研究，最终确定上海战役指导方针：既要歼灭防守上海的国民党军，又要保全上海免遭战火破坏，以利日后建设。在具体部署上，邓小平等慎之又慎。
     5月2日，邓小平等在听取汇报时认为，在长久围困；攻敌薄弱之点；两翼钳击吴淞口断敌海上逃路，在市郊诱歼敌人这三个方案中，第三案最佳。这样暂不攻市区，使城市少受破坏，又断敌逃路。据此，上海战役第一阶段战斗主要在市郊吴淞、高桥展开。激战中，邓小平等又及时电示：攻沪作战，不要性急，应立于主动地位，作好充分准备。经10天激战，我军完全击破敌淞沪外围防御体系，迫敌主力出市区防御。转入第二阶段战斗时，邓小平等又提出由南向北，总攻市区，全歼守军的意见。5月23日夜，总攻上海市区的作战开始，我各路部队以“保民何惜血沾衣”的精神，严格执行不使用重武器射击规定，采取机动灵活战术，攻占市区要点。25日，策动敌淞沪警备副司令刘昌义起义。至27日下午，完全解放上海。我军激战16天，以伤亡2.4万人代价，歼灭上海守敌15万人。此后，邓小平又花很大精力进行教育接管干部，圆满完成接收上海的任务。至此，伟大的渡江战役胜利结束。
     邓小平等领导发起的渡江战役，势如泰山压顶，攻如囊中取物，既未遭敌“半济而击”，又未使敌首尾相顾，最终大获全胜。邓小平当时就指明，此役胜利，在政治上“表示了反动的南京政府的灭亡”，在军事上“表示了敌人在长江以南的一支最大的最有组织的力量的覆灭”。
     我们仔细地回顾三大战役和渡江战役，如果把这四个战役按地划分为南线和北线的话，淮海和渡江战役是在以邓小平为书记的总前委领导下胜利实施的，由此可见，毛泽东是把南线作战的指挥权交给邓小平了。30多年后，邓小平也是这样说的。
     南京解放了，邓小平与陈毅于1949年4月27日深夜渡过长江后，就住在蒋介石居住多年的南京总统府。上海解放了，邓小平与陈毅于6月进入上海，两家合住在一栋小楼里。有一天，两家人合拍了一张照片。
     5月，邓小平来到北京，向党中央、毛泽东当面汇报3月份以来的工作。中共领袖和各民主党派人士、爱国团体，正在紧张地筹备着新中国人民政权的建立。身为华东局第一书记的邓小平，于7月19日写信给在上海的华东局主要成员，转达了毛泽东的口头指示。主要内容为：新中国即将建立，帝国主义将采取各种方式直至封锁，“其目的在于迫我就范”。而我们要迅速占领全国，外交方面采取一边倒，内部政策上要强调自力更生。这样使我们的各项工作立于坚固基础上，“迫使帝国主义就我之范”。
     8月4日，邓小平向新政治协商会议筹备会代表作了报告，介绍了从渡江战役到解放上海的情况。例如渡江战役胜利的原因，军事占领后城市接管工作等等。
     据邓小平子女介绍，在上海，他大病了一场，头痛得卧床难起，可见征战之辛苦！尽管如此，他还是参加了第一届中国人民政治协商会议。10月1日，他和毛泽东等登上天安门城楼，和数十万军民，和全国人民群众，欢庆着人民胜利的伟大节日！不过，他深知，中华人民共和国的诞生并不意味着军事斗争的结束。在西北，东南，西南，还有国民党残余势力苟延残喘。这时，党中央和毛泽东已经授权他和刘伯承率二野进军西南。当年，刘邓大军进军大别山，国民党曾经误判是要入川，现在，刘邓大军这柄利刃真的已经悄悄地指向了大西南，这一年，邓小平45岁。