1938年春，吕公良随部队参加了徐州会战，在台儿庄战役中也战功卓著。徐州会战以后，部队到湖南省平江县整训。整训期间，吕公良积极营救了孔昭霖、周之挺二位中共地下党员。孔、周二人系吕公良在衢县第八中学时的同窗好友，孔昭霖毕业后在华埠小学任教，他思想进步、为人正派，并秘密加入了中共地下党组织。后来孔昭霖以“共党嫌疑”被国民党当局逮捕，被关押在杭州陆军监狱。吕公良得知孔被捕后便多方奔走营救，将其保释出狱。孔出狱后，吕公良又让在第八十九师参谋处任上尉附员的孙浩亲自到杭州，把孔昭霖、周之挺接到所部予以安排。后来孔昭霖去了河南大学，周之挺也离开了部队。
     1938年秋，吕公良回家乡探亲，正值华埠镇抗日后援会在华埠修建的“七七纪念亭”落成，他应邀为该亭题了两副楹联：“国耻恨重重，拼焦土飞烟不辞一死；亭名思七七，问银河洗甲更待何年。”“风景不殊，漫话临安往事；国仇未报，记取勾践当年。”并题写了“抗敌阵亡将士纪念碑”碑名。
     平江整训以后，第八十九师奉命开赴豫东鄂北地区整编待命。一天拂晓，部队还未到达宿营地，天空出现日军飞机群尾追而至，俯冲轰炸，部队顿时人马惊慌。吕公良不顾个人安危，策马奔驰在部队前前后后，命令官兵就地隐蔽疏散。在敌机狂轰滥炸下，吕公良巍然挺立，无所畏惧，使官兵大为赞叹。在舞阳前线，第八十九师指挥部被日军包围，救援部队被隔断进不来，情况非常危急。凌晨1时左右，他和师长舒荣商量，决定集合身边警卫、文职人员，人人挂两颗手榴弹准备与敌拼命，并在师指挥所院内找到一口水井，万一到弹尽援绝的最后关头投井自戕，以保持军人的尊严。3时左右，一个联络参谋带了约一个连的人马冲进敌骑兵群，解了师部之围。然而吕公良那种临危不惧、大义凛然的气慨，深深感动了下级。
     1939年秋，吕公良升任第十三军参谋长。1940年以后，吕公良先后任第三十一集团军高参，华中抗日总队第5纵队司令及安徽界首、河南周口地区的警备司令。当时周口是后方通向敌占区的咽喉要道，每天过往的人很多，其中混有日伪特务和毒品贩子。吕公良每天都要去部队驻地和哨卡巡查，军法处审问每一个被捕的罪犯时，他都要亲自听审。对于查获的毒品，吕公良都要当众予以销毁。在周口，吕公良还为当地群众修建了一个文化娱乐场所和一个大礼堂，并亲自为大礼堂题写了堂名。他在界首、周口两地的为人处世深受当地军民的好评。
     1942年底，吕公良奉命以周口警卫团与其他一些部队合并，组建了新编第二十九师，并担任师长。1943年夏，二十九师开赴新郑整训。整训完毕，遂奉命担任中牟一带的黄河河防。同年11月，新二十九师归属第二十八集团军暂编第十五军建制。
    三
     1943年，河南大旱成灾，夏季麦子歉收，因饥饿而死者甚多。吕公良师长召集全师官兵大会，提出每个官兵每天节粮一两，捐给灾民弥补灾荒；秋季又遭蝗虫之灾，群众相信迷信，焚香求助于天。吕公良动员官兵，一方面宣传破除迷信，一方面配合当地群众，扑打蝗虫，得到广大人民的称赞。
     吕公良办事认真，一丝不苟，对部下要求十分严格。一次，师部中校参谋孙浩写了几份人员升迁的命令，把副团长的“副”写成了“付”，“爲”（为的繁体字）的下面少了一点。他便把孙浩叫去训斥道：“你今天‘付’一个团长，明天能给我再‘收’一个团长吗？‘爲’字下面写成了三点，摆得平吗？作为一个军人，执行公务必须准确细致。如果下达作战命令，一字之差就会贻误战机，是要杀头的，千万粗心大意不得。”
     吕公良治军严明，主张官兵同甘共苦。他规定营以下军官不准设小灶，与战士共同生活。在军需困难的情况下，官兵一律穿草鞋。多年的军旅生活使他养成了注重军容军纪的好习惯。大热天上衣扣总是扣得整整齐齐，寒冬腊月也从不把手伸进裤袋中取暖。他常说军风军纪不好的部队是打不好仗的。夏季他身先士卒，率部摸爬滚打，苦练三伏。在日常工作事务中，军训计划的拟订、作战命令的起草下达，他都要亲自过问修改。
     1986年，吕公良之子吕行健、吕行素兄弟拜访曾与吕公良共事10余年的国民党起义将领廖运周将军。廖运周1927年加入中国共产党，淮海战役中率部起义。廖运周将军说：“汤恩伯是怀疑我且不信任我的，每次晋见时我都有意请公良先生陪同，我心中才踏实一些。我的共产党员身份只有你父亲知道，但我信任他是一个爱国的知识分子，决不会出卖我。”他还为吕氏兄弟题词：“吕公良革命烈士永远活在我的心中”。
    四
     1944年初，日军集结重兵于黄河北岸，并抢修郑州黄河铁桥，频繁派飞机侦察黄河南岸地区。据此，第一战区长官司令部判断“敌必将大举渡犯，妄期打通平汉线”。3月，第一战区长官司令部通令所属各部队加强战备，并详细侦察敌情。3月下旬，第一战区奉蒋介石手令，派新编第二十九师固守许昌城。
     部队进驻许昌后，全体官兵立即投入到紧张的备战中。吕公良更是昼夜繁忙，很少休息，有时甚至连饭都顾不上吃。新二十九师组建时间短，战斗经验少，为应对对日作战，吕公良先对官兵们进行了整训。他要求官兵必须做到“三好”（头脑好，人人一心为国；身体好，上战场能打能拼；武器保养好，打起仗来不出故障），部队战斗力有所增强。
     为了唤起民众的热情，吕公良以许昌城防司令的名义，召集地方主要官员参加联防会议，共商抗日大计。4月24日，吕公良召开了许昌各界人士参加的军民誓师大会。他慷慨激昂地说：“守土抗战，保家卫国，人人有责。养兵千日，用兵一时，我们要有必胜的信念，要有与阵地共存亡的决心。”会后，吕公良处决了3个汉奸，以示抗日决心。