朱德、陈毅被迫允诺先回宁冈解井冈山之危后再去湘南，这样才勉强稳住了部队，使部队向宁冈回师。15日当部队到达酃县沔渡时，29团官兵再次提出要回湘南。陈毅在沔渡再次召开军委扩大会议，做说服工作。因毛泽东在永新并反对红军去湘南，会议决定按照湖南省委指示取消红四军军委，改组中共红四军前敌委员会，改选陈毅为书记。这就是陈毅后来常检讨的，两次被推举代替毛泽东为红四军前委书记的第一次。
     会后，陈毅写信给毛泽东，报告第29团要回湘南的情况。毛泽东闻讯后在永新立即给杜修经和朱德、陈毅回信，派茶陵县委书记江华，一天赶100多里送到，要求停止去湘南的行动。朱德、陈毅收到信后，决定次日停止行动，召开连以上干部会就毛泽东来信进行讨论。在两种意见争执不休的情况下，陈毅只好提议派人回宁冈请示毛泽东再作定夺，杜修经当即自告奋勇前往宁冈。事情偏不凑巧，当杜修经飞马赶到宁冈茅坪时，毛泽东却到永新去了。杜修经只见到边界特委书记杨开明，杨开明表态说：“既然你们决定了，就走吧！老毛那里我跟他说一下。”于是，杜修经连夜赶回沔渡。士兵们见他回来，纷纷问他，“走不走？”杜修经手一扬说：“走！”朱德、陈毅在再三劝阻无效的情况下，为避免第29团孤军深入，不得不率领第28团同他们一起向湘南开进。7月24日，朱德、陈毅率部进攻郴州，先胜后败，第29团自行散回家乡，部队遭受严重损失。
     8月中旬，朱德、陈毅率部来到湖南桂东县的沙田，湘南之行使陈毅感到自己作为前委书记领导不力，他与前委成员商议决定召开党员代表大会。会上，陈毅检讨了自己作为前委书记，对错误倾向制止不力的责任，听取了与会代表的尖锐批评，会议最后决定给朱德、陈毅“留党察看三个月”处分。8月23日，在桂东县城，毛泽东率领第31团同朱德、陈毅率领的第28团会合。毛泽东见到陈毅时说：“打仗就如下棋，下错一着棋马上就得输，取得教训就行了。”随后在县城召开营以上干部参加的红四军前委扩大会议，总结攻打郴州失败的经验教训，陈毅报告了部队的失控情况并作了自我批评。会议决定红四军主力重回井冈山，取消红四军前敌委员会，组织行动委员会指挥军队行动，以毛泽东为书记。9月26日，毛、朱、陈率红四军返回井冈山，收复了边界大部分失地，粉碎了敌军“会剿”。11月初，毛泽东收到中共中央“六月来信”。6日，在茨坪召开中共湘赣边界特委扩大会议，会议根据中央“六月来信”指示，成立了中共中央红四军前敌委员会，由毛泽东、朱德、谭震林、宋乔生和毛科文5人担任委员，毛泽东为前委书记，陈毅任秘书长。前委统辖边界特委和红四军军委，朱德任军委书记。
     二1929年1月1日，湘、赣两省国民党军策划对井冈山革命根据地进行第三次“会剿”。4日，在江西宁冈县柏路村召开了红四军前委、湘赣边界特委和团特委、红四军和红五军军委以及边界各县县委联席会议，在前委书记毛泽东主持下，会议决定由彭德怀率红五军留守井冈山，毛泽东、朱德率红四军主力出击赣南，以解井冈山之围。14日，毛泽东、朱德、陈毅共同率领红四军主力从井冈山向赣南进军。
     红四军主力下山后，受敌重兵尾追和袭击，屡次陷入险境。为应付紧张的情况，使指挥便捷，2月1日红四军前委在罗幅嶂开会，决定军委“暂时停止办公”，由前委直接领导红军。2月11日，红四军在赣南瑞金大柏地伏击歼灭敌军刘士毅旅大部，扭转了红四军的被动局面。4月1日，红四军回师赣南到达瑞金与红五军会合，局势逐渐好转。但是4月3日红四军前委收到中共中央“二月来信”，来信对在农村的红军前途作了悲观的分析，提出将红四军分成小部队的组织，“散入湘、赣边境各乡村中进行和深入土地革命”，朱、毛“应毅然地脱离部队速来中央”，隐匿大的目标，以保存红军和分散发动群众。对中央来信，朱德主张按中央命令办事，毛泽东持不同意见。于是，4月5日毛泽东主持召开红四军前委会议，讨论中央“二月来信”。
     会后，毛泽东以红四军前委名义给中央写信，指出中央“二月来信”对客观形势及主观力量的估计“都太悲观了”，“农村斗争的发展，小区域红色政权的建立，红军的创造和扩大，尤其是帮助城市斗争、促进革命潮流高涨的主要条件。”提出“中央若因别项需要朱、毛二人改换工作，望即派遣得力人来。我们的意见，刘伯承同志可以任军事，恽代英同志可以任党及政治，两人如能派来，那是胜过我们的。”毛泽东的这一意见后来并没有实现。
     5月上旬，中共中央派遣刚从苏联回国的刘安恭从上海来到宁都，参加红四军工作。由于刘安恭是中央派来的，一到红四军就被前委任命为红四军政治部主任。23日，红军攻克龙岩后，由于地方工作一度繁忙，前委决定成立临时军委，并由刘安恭任临时军委书记。刘安恭不了解中国红军发展的历史和现状，主张照搬苏联红军的一些做法，认为前委代替包办了军委的工作。他主持临时军委会议作出决定，前委只讨论行动问题，不要管军队的其他事，并要求恢复正式军委。下级党委作决定限制上级党委的领导权，实际上是限制了党对红军的领导。毛泽东、朱德对刘安恭的做法表示了不同的态度，朱德表示赞同，认为军委与前委分清彼此的职权范围，有利于工作开展；毛泽东坚决反对，认为是从根本上危及党对红军的领导。毛泽东、朱德两人的对立态度导致争论进一步升级。
     5月底，在福建永定县湖雷召开的红四军前委会议上，刘安恭等人对前委领导提出很多意见，认为“既名四军，就要有军委”，建立军委是完成党的组织系统，指责前委“管的太多”，“权力太集中”、“包办了下级党部的工作”、“代替了群众组织”，是“书记专政”，有“家长制”的倾向，要求恢复正式军委。第一纵队司令林彪等人坚定地站在毛泽东一边，认为赣南、闽西的苏区尚未发展，地方工作不多，领导工作的重心还在军队，“军队指挥需要集中而敏捷”，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设重叠的机构，并批评成立军委实际上是“分权主义”，反对设立军委。刘安恭和林彪的言论，显然违背了党内政治生活的基本原则，使红四军党内原来就存在的自由主义、宗派主义、个人主义、极端民主化残余，都有所滋长和暴露。争论结果，未能统一，前委的民主集中制原则无法贯彻实行，担任前委书记的毛泽东也难以继续工作。6月1日，毛泽东给中共中央写信，汇报红四军在赣南、闽西的斗争状况，提出“党内现发生些毛病正在改进中”，“朱、毛同志可以随时离开队伍，只要请中央派人来代替”。
     在两种意见争执不下的情况下，6月8日，在福建上杭县白砂召开了红四军前委扩大会议，出席者扩大到连以上干部。刘安恭与林彪再次发生激烈争论，刘安恭情绪激动地说：“毛泽东总是强调党的绝对领导，按这条标准来衡量朱毛，两人存在很大的差异。朱德是拥护中央指示的，毛泽东总是自创原则，拒绝中央的命令。这次拒绝共产国际和中央二月指示就是一个明证。所以，现在不仅有一个划分前委与军委职权的问题，还有一个红四军是留朱还是留毛的问题。”林彪再次重申了反对设立军委的意见，朱德为缓和会场紧张的气氛，耐心地做解释工作。毛泽东在原则问题上从不让步，他将一份书面意见放在会议桌上，简短地说：前委、军委分权，“前委不好放手工作，但责任又要担负，陷于不生不死的状态”，“我不能担负这种不生不死的责任，请求马上调换书记，让我离开前委”。毛泽东此举使大部分与会者对刘安恭的做法不满，在投票中，前委以36票对5票的压倒多数通过了取消临时军委的决定，刘安恭担任的临时军委书记一职自然免去，改任第二纵队司令员。会议决定召开红四军党的第七次代表大会，以统一思想，解决分歧，结束争论，加强团结，以利革命。前委还决定由陈毅代理前委书记。
     白沙会议虽然取消了军委，但争论还在继续。刘安恭散布了许多挑拨离间和攻击毛泽东的言论，制造了极大的思想混乱，毛泽东再次萌生了离开前委的想法。林彪看出了毛泽东的矛盾心理。当天夜里，他给毛泽东写信说：“你今天提出你个人要离开前委的意见，我非常不赞成”，“党里要有错误的思想发生，你应该毅然决心去纠正，不要以不管了事。在中央未派人来代理你以前，你不应离开前委。我希望你以后应该有决心来纠正—切同志的错误思想”。毛泽东仔细阅读了林彪的来信，并于6月14日给林彪回了一封长信，从历史和环境两方面考察红四军党内存在的问题和争论的原因，认为“个人领导与党的领导，这是四军党的主要问题”，批驳了所谓“党代替了群众的组织”、“四军党内有家长制”等说法，分析和批评了红四军党内存在的小团体主义、分权主义、个人主义等错误思想。最后，毛泽东说明了请求离开红四军前委的原因。他说：“至于我之请求离开前委，并不是消极，不参加这种斗争，乃有以下的理出：我在四军的日子太久了，一种历史的地位发生出来的影响是很不好的，这是我要指出的中心理由。我个人身体太弱，知识太贫，所以我希望经过中央送到莫斯科去留学兼休息一个时期。在没有得到中央允许以前，由前委派我到地方做些事，使我能因改环境而得到相当的进步。”