为了搞清问题，红四军前委要求毛泽东、朱德两人提出书面意见，陈述自己的观点。6月中旬，《前委通讯》第三期将《毛泽东复林彪同志信》和《朱德答林彪同志谈前委党内争论的信》一起发表，争论也进一步公开化。毛泽东对红四军党的七大十分重视，他期望通过这次会议，使红四军党内能在他所主张的路线上统一思想。因此，在七大召开前毛泽东找陈毅谈话，要他做一个好的“决议”。但是陈毅在起草“决议”时，采取了两面维护与两面批评的“调和”态度，对毛泽东的正确主张没有给予旗帜鲜明的大力支持。
     6月22日，在福建龙岩召开了红四军党的第七次代表大会，陈毅作为大会主持人之一，代表上届红四军前委作了工作报告。他针对部分同志对毛泽东领导的怀疑态度，指出毛泽东的领导是正确的，红军离不开毛泽东；同时，也对毛泽东和朱德提出了十分尖锐的批评。陈毅这种调和敷衍、模棱两可的态度，其用心是为了红四军党内的团结，但其结果使毛泽东的正确主张未能被七大所接受。听了陈毅的讲话后，朱德作了解释。对陈毅这种“各打五十大板”的调和主义，毛泽东是非常不满的，他在会上最后发言，重申了自己的各项政治主张，“至于陈毅对我个人有许多批评，我现在不辩。如果对我有好处，我会考虑的，不正确的将来自然会证明是不正确”。会议通过了陈毅起草的《红军第四军第七次代表大会决议案》，否定了在前委之下再设立军委的意见。会议认为，毛泽东是前委书记，对争论应多负些责任，给予“党内严重警告”处分。大会改选了红四军前委，中央指定的前委委员朱德、毛泽东不动，余由大会选举。由毛泽东、朱德、陈毅、林彪、刘安恭、伍中豪、傅柏翠和红四军直属队、各纵队的士兵代表共13人为前委委员。在选举前委书记时，原由中共中央指定的前委书记毛泽东落选，陈毅当选为前委书记。这是陈毅两次被推举代替毛泽东为红四军前委书记的第二次。
     几十年后，贺子珍在回忆毛泽东在红四军七大上落选的原因时说：“我看他所以落选，主要是—些人轻视党对军队的领导，否定红军中的党代表制，不重视政治工作。另外，毛泽东对部队中不正之风进行了批评和抵制，也引起一些人不高兴。”红四军七大由于几个主要问题未能分清是非，大家的思想未能统一。会后，毛泽东对陈毅极感失望，愤而离开红四军要求到闽西特委所在地蛟洋去做地方工作和养病。这次近乎“夺权”的会议也许给毛泽东的刺激太大了，因为这是由下级“造反”而成的。7月8日，受红四军前委委派，毛泽东同蔡协民、谭震林、江华、曾志等人，离开了红四军军部，由龙岩动身前往上杭蛟洋，代表前委出席并指导中共闽西第一次代表大会，毛泽东骑在马上，陈毅默默相送。事隔60年之后，当时和毛泽东一起到蛟洋的江华回忆说：“那时我们一行人真有点灰溜溜的样子。”
     三党中央也在关注着红四军党内的这场争论。不久，红四军前委接到中共中央“四月来信”，要红四军派一名得力干部去上海参加中央政治局召集的军事会议，汇报红四军情况。7月29日，前委全体成员在蛟洋召开红四军前委紧急会议，有人提议由毛泽东和陈毅一同去上海向中央汇报红四军情况，毛泽东不愿意去，前委就决定陈毅一人前往上海。临走之前，陈毅专门来到蛟洋诚意地请毛泽东回前委主持工作，毛泽东对主持前委工作的陈毅颇有意见，说身体不好，不能回去。这样，就由朱德代理红四军前委书记。
     8月下旬，陈毅抵达上海，27日，中共中央政治局召开会议，听取陈毅关于红四军党内问题的汇报，会议决定召集临时政治局会议，由陈毅出席作详细报告。29日，中共中央政治局在上海召开专门会议听取陈毅报告，出席的有总书记向忠发及政治局成员李立三、周恩来、项英、关向应，陈毅作关于红四军党内问题的详细报告。鉴于红四军的问题极为重要，会议决定，李立三、周恩来、陈毅三人组成委员会，提出决议，由政治局讨论通过，三人委员会由周恩来召集。从8月底起，周恩来、李立三一次次来到陈毅的客房，一谈就是几个小时，着重讨论党对军队的领导问题。陈毅还是坚持一贯态度，中央派人去红四军，他当不了前委书记。他说：“我陈毅两次代替毛泽东干前委书记，两次放任下面搞极端民主化，正说明我管不了这一砣嘛。”李立三对陈毅说：“你看毛泽东如何？”陈毅也曾想到仍由毛泽东来当红四军前委书记，但当他想到红四军内可能有不少反对意见时，他又动摇了。李立三接着说：“我考虑，如果仍由原班人马负责，毛泽东、朱德都不调离红四军，只把刘安恭调回中央，毛泽东仍为前委书记、红四军党代表，但不兼政治部，朱德仍为军长。你看四军同志能不能接受？”陈毅担心毛泽东搞不好团结，周恩来认为毛泽东身负重担，面临大敌，是不会不注意改进自己工作作风的，现在选择红四军领导人，毛泽东是最好人选。这样，经过一个月的讨论，使陈毅感到毛泽东在政治路线上的坚定正确，使他毫无抵触地坚决拥护毛泽东仍为红四军前委书记。他对周恩来、李立三说：“这次闹得有点伤感情，主要是我的错误。我没有认清毛泽东的天大的优点，没有指出正确的路线。我回去带头检讨，我相信退一步是可以进三步的。”周恩来高兴地提议由陈毅为中央起草《中央给红军第四军前委的指示信》（九月来信），陈毅很快根据周恩来的谈话要点起草好了指示信。
     9月28日，中共中央给红四军前委发出指示信。信中肯定红四军建立以来的成绩和经验，对红四军工作任务作了一系列明确指示，对红四军党的七大及前委扩大会处置的缺点提出批评，明确指出前委应纠正朱、毛两同志的错误，要恢复朱、毛两同志在群众中的信仰，朱、毛两同志仍留前委工作。“毛同志应仍为前委书记，并须使红军全体同志了解而接受。”