中国的报纸历来是很讲究排名顺序的。在1966年8月19日《人民日报》刊登的的报道中，谢富治在中央领导人的排名为第21位，一年后的1967年10月2日《人民日报》登载的报道中，谢富治的排名升至第16位，1968年10月2日《人民日报》登载的报道说：“同毛主席、林副主席一起在天安门城楼检阅的，有周恩来、陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群、汪东兴、温玉成同志。”然后才是中央政治局委员朱德、李富春、陈云等人。谢富治的名次骤然上升到了第9位。
     迫害刘少奇、王光美的元凶新中国建立后最大的冤案，当属国家主席刘少奇被迫害至死案。在制造这一冤案的过程中，谢富治是主要元凶之一。1966年12月18日，中央举行碰头会，决定设立专案组对刘少奇、王光美“历史问题”进行审查。鉴于当时刘少奇还是中央政治局常委、国家主席，不便直接审查，便先设立王光美专案组，对外叫“中央办公厅丙组”。谢富治担任了“王光美专案组”的组长。谢富治虽名为组长，但却一直将组员江青的意志奉为“旨意”，一切都听命于她。
     自1967年3月起，刘少奇的“问题”明显升级。3月21日下午，毛泽东、林彪等中央政治局常委接见军队军以上干部会议与会人员时，正式决定将刘少奇所谓的历史问题材料交“王光美专案组”调查。此后的刘少奇完全落入了江青、康生、谢富治等人的控制之中。
     据戚本禹回忆，这项工作当时指定由康生分管。中央并没有明确规定成立刘少奇专案组，但江青、康生、谢富治在实际工作中却设立了一个相当庞大的“刘少奇专案组”。同年5月，他们口头宣布把“王光美专案组”改为“刘少奇、王光美专案组”。但直到1968年4月中旬以前，关于审查刘少奇的各种文件和报告中，却从来不用“刘少奇专案组”或者“刘少奇、王光美专案组”，仍署名“王光美专案组”。这种令人奇怪的现象，反映出江青、康生、谢富治一伙人的做贼心虚。
     诬陷王光美，目的是陷害刘少奇。江青、康生、谢富治不止一次地交代专案组：刘、王是一案，“不可分割”。他们将王光美定成“美国特务”，刘少奇也就成了“美国特务”。
     1968年2月22日，谢富治在“王光美专案组”的一份报告上批示道：“大叛徒刘少奇一案，主要工作都是由江青同志亲自抓的。今后，一切重要情况的报告和请示都要直接先报告江青同志。”谢富治与江青、康生等人直接控制、指挥了刘少奇专案组，使它完全成为一个制造伪证、假证的机构。1967年10月23日，谢富治在中央专案审查小组办公会议上说：“刘少奇自首叛变问题，有个八九成；陆定一叛变自首，也是八九成，可能还是内奸。”不重证据而仅凭推测，就是这位公安部部长的办案逻辑。
     1968年9月，谢富治指挥刘少奇专案组整理出3份所谓的“罪证材料”，送到了住在钓鱼台11号的江青的手中。经过江、康、谢3人在钓鱼台的紧张策划，逼供而来的3份“罪证材料”被改写成了《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，最后经张春桥修改定稿。10月13日至31日召开的中共八届扩大的十二中全会通过了江青、康生、谢富治等人提交的《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》。作出了把刘少奇“永远开除出党，撤销其党内外一切职务”的决议。
     反“二月逆流”的干将从1967年2月8日开始，周恩来在中南海怀仁堂召开中央政治局碰头会议，研究“抓革命，促生产”问题，每两三天召开一次。在2月11日的会上，叶剑英拍案而起，怒斥中央文革一伙搞乱军队。徐向前也拍着桌子说：“军队是无产阶级专政的支柱。你们这样把军队乱下去，还要不要这个支柱？难道我们这些人都不行啦？要蒯大富这类人来指挥军队吗？”谢富治插话说：“军队不是你徐向前的。”16日，谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等对林彪、江青、康生、陈伯达一伙诬陷迫害老干部、乱党乱军的罪恶活动，进一步进行了大义凛然的斗争。这些老同志的正义抗争，被江青、康生、陈伯达、谢富治等诬陷为“二月逆流”。当时在会上只有谢富治为中央文革江青等人辩护，这得到了江青的欢心，她说：“谢富治是惟一站在‘正确路线’一边的人，很难得。”这也使谢得到了江青的好感。
     从2月25日至3月18日，在怀仁堂开了7次“政治生活批评会”。江青、康生、陈伯达、谢富治等以“资产阶级复辟逆流”（后称“二月逆流”）的罪名，对谭震林、陈毅、徐向前等进行了围攻、批斗，谢富治在“政治生活批评会”上紧跟张春桥，说老帅们“反党反社会主义，就是反革命复辟”！
     批判“二月逆流”，使“四帅”、“三副（总理）”要么受冲击，要么靠边，要么被打倒，一下子倒了7名中央政治局委员，再加上刘少奇、邓小平、陶铸、贺龙已被打倒，朱德、陈云被排挤，刘伯承年老体弱，剩下的政治局委员只有毛泽东、林彪、周恩来、陈伯达、康生5人，政治局候补委员只有谢富治一人。于是，中央文革小组代替了中央政治局，出现了一个从未有过的党的领导机构，名曰“中央文革碰头会”。这个“中央文革碰头会”实际上主持着中共中央的日常工作。
     谢富治不是中央文革小组的成员，是不能参加中央文革碰头会的，为此江青向毛泽东提出，要谢富治参加中央文革小组。毛泽东回答说：成员不扩大，他可以经常列席文革小组会议。谢富治就这样成为了中央文革碰头会的一员。这个“碰头会”包括当时中央文革小组的全体成员，即陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元，加上周恩来、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群、汪东兴、温玉成列席，共计12人。
     1967年4月上旬，军委扩大会议在京举行。谢富治也参加了这次会议。在11日的会上，徐向前对担任全军文革小组组长近3个月来的工作进行了检讨。陈伯达首先对徐向前开了炮。谢富治接着说：“你徐向前的问题远不止这些。”徐向前回答说：“富治同志啊，错误路线我都承认了，你还要怎样啊！难道要把我打成叛徒、特务吗？”
     谢富治的表现使他继续得到重用。1970年4月，中共中央召开整党建党工作座谈会，决定由康生、张春桥、谢富治3人组成的小组负责领导。林彪事件发生后，谢富治继续做新的军委办公会议的成员。
     炮制《公安六条》制造冤案谢富治的工作主要是在公安系统，他对公安系统造成的危害也最大。1966年12月，谢富治炮制了一个《关于在无产阶级文化大革命中加强公安工作的若干规定》（即《公安六条》）。谢富治还“谦恭”地写信给关锋、王力、戚本禹、张春桥等人，说“因为我们水平低，不可能搞出一个像样子的东西出来”，“千万请你们几位同志帮助写一下”。