他此行的表现和随后所作的汇报给上级留下了深刻印象。1965年年中，部里有意将他调到北京，在那里他可以协助管理全国的电机生产，但是一项新的、更为重要的任务突然出现了。武汉热工机械研究所———包括一个原子能研究中心在内的一项重要工程———刚刚成立。汪道涵建议由不到39岁却有着动力工程领域过硬履历的江担任所长兼党委副书记。身兼两职给了江很大的权力，这一任命把江提拔进了高级领导干部的行列。
     江对于这一任命心情复杂。虽然他将成为有300多人的新机构的领导，但他更喜欢在北京工作的前景。新职务的一个不利因素是，他的家庭没法与他同行。家人不得不留在上海———这是一段20年分居生活的开始。尽管江每年有一个月的假期可以与家人团聚，两地分居还是使这个家庭，尤其是他的妻子在情感上付出了代价。另一个不利因素是，武汉作为湖北省的省会处于政治主流之外。不过，事实很快证明，这一点反而是天大的喜事。在此后的几年中，政治的主流是任何人都最不愿卷入的。
     1965年11月10日，迫在眉睫的厄运初见端倪。一家上海报纸刊登了抨击北京市一位副市长所写剧本《海瑞罢官》的文章。评论的作者是一个叫姚文元的人，他声称该剧含沙射影地攻击了毛主席，阴险地暗示有党的高级干部在背地里支持该剧。后来结果表明，姚自己才恰恰为他人所操纵，特别是毛的妻子江青以及上海的宣传干将张春桥。他们三个再加上一个名叫王洪文的工厂保卫干部将会成为臭名昭着的“四人帮”。
     到了1966年3月，“四人帮”（译注：当为江青等人，此时“四人帮”尚未形成）对毛危言耸听地说，“你的命令没人理会，你的权威正被人篡夺”。毛则认为可以通过净化中国的意识形态加速中国的发展，但所谓的“文化大革命”却来源于他的信念，这信念产生于他动荡的一生的晚年，即他必须再次使中国革命化。“文化大革命”开始是为了阻止中国走上苏联赫鲁晓夫式的“修正主义”道路，最终却化为十年浩劫，几乎毁掉整个国家。毛想造福的对象———工人和农民———全都变得更加贫困。
     正像他以前所做的那样，毛又一次求助于人民，敦促他们谴责其领导人和被他称为“阎王殿”的党的中央委员会的一些部门。当年晚些时候，国家主席刘少奇和中央委员会总书记邓小平分别被打成“头号走资派”和“第二号走资派”。两人都遭到清洗。刘少奇夫妇受到了红卫兵长期的肉体和精神折磨。当监狱方面拒绝治疗刘少奇的糖尿病时，他的生命走到了尽头。邓小平也免不了承受较长时间的艰辛，但其命运要好得多。
     类似的惩罚也落到了全国各地的知识分子和专业人士的头上。最初，他们并不认为这种疯狂能够持久，但在狂热情绪和激进分子与投机分子的推波助澜下，“文革”迅速升级，并失去控制。毛泽东，一个真正具有超凡魅力的人，其人格却被严重扭曲了，对他的崇拜笼罩着全国。年轻的红卫兵大多数没受过多少教育，他们挥舞着记录着毛主席语录的红宝书，好像它是神灵的启示一般，对任何他们认为是反革命的人加以审判。红卫兵呼喊着制造不和的口号：“破四旧”（即破除旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯）、“宁要社会主义的草，不要资本主义的苗”和“永远忠于毛主席”等。
     大学被关闭了，教授们被流放到农场去清扫猪圈或在水稻田中劳作。当“革命委员会”接管了为数不多的仍在办公的机构以后，运动进程告一段落。人们开始相互为敌———工人对工人、朋友对朋友、孩子对父母。随着数百万人遭到清洗，文明被扫进垃圾堆，整整一代人被毁掉了。30年后，江泽民说：“贬低和破坏美好文化艺术的荒谬行为是完全错误的。”
     起初，江最担心的是他在上海的家人。到1966年11月，他意识到无政府状态并没有像多数人希望的那样快要过去，而是正在不断蔓延。12月，他请了一个短假去看望妻子和儿子。他决定取道北京，他这样绕道有其深意，是想亲身感受一下正在发生的一切。
     到达首都后，江了解到，一机部所有高层领导都已经或即将被打倒，并发配到农村去扫猪圈和种稻子。汪道涵和江的其他朋友一样都被流放。他们销声匿迹了10年或更久。
     上海的情景同样令人不安。潮水般的红卫兵蜂拥在市委大楼门前，高呼口号要求市委书记陈丕显和市长曹荻秋下台。两人都曾有过光辉的革命记录，现在却遭到攻击。据说是因为陈拒绝谴责刘少奇和邓小平。12月30日，聚众闹事者突破了军队把守的路障，洗劫了中共上海市委的办公室———该事件被称为“康平路事件”。此后不久，陈就被揪出来参加了3次批斗会和公审，电视台对此进行了现场直播。此后他和其他许多人一样也被清洗了。江泽民后来把这一阶段的动乱称为“史无前例的破坏时期”，其中有些是他亲眼目睹的。
     1967年1月，江回到武汉，他发现“文革”的冲击已像冬日的寒风，横扫了这座城市。江保持了低调，他穿上旧军服，与普通人装束无二。不过，作为研究所所长，他很容易成为攻击目标。批判他的“大字报”贴到了墙上，其中之一写道“江专而不红”。他被指控为走“白专”道路，是“修正主义者”和“走资派”。他自己说过的话———“我们必须热爱我们正在从事的工作”———成了他的罪证，他还因为重复陈毅将军的话———“‘专’就是红，它们是同一问题的两个方面”———而受到批判。
     在江泽民身上，红卫兵找到了大量的攻击点：他的知识分子背景、他成长的文化背景、他所接受的精英教育以及他在苏联的留学经历。他能说多门外语这一事实意味着他“崇拜外国生活方式”。他们还指控江过着“资产阶级的生活”。
     江的确非常注意自己的外表。他偶尔会在公开场合梳头并整理着装。他的朋友们有时候会以此开一些善意的玩笑，他们会说：“大脑袋小梳子。”江会微笑着回敬他们：“爱美乃人之天性。”
     江默默地承受批判。与他的同学和同事相比，他知道自己是幸运的。他没有被清洗、流放或监禁。他有两个救命的优势：他生在一个“红色”的家庭；他专注于科学研究。用“文革”的语言来说，他是属于“靠边站”，而不是被“打倒”。尽管如此，他还是很愤怒：毕竟他曾为建设党和国家那么努力地工作。江后来告诉他的朋友和家人：“墙上的大字报真令人难以忍受。没办法同他们理论。对我而言，这是一种折磨与考验。”
     红卫兵选了一个名叫刘振华的大学生来调查和审问江泽民，这可能是使江感到最为屈辱的事情。在审问中，江十分坦诚。他告诉这个神经过敏的学生：“你们年轻人必须保持清醒的头脑。在我们社会主义国家，有各种各样的人。你必须学会如何用自己的头脑分析问题并发掘真相。”当刘指责他的“资产阶级生活”时，江愤怒了。
    他斥责道：“无稽之谈！我住的是宿舍。我的毯子都被虫子咬破了。我的公文包破烂不堪。你可以去查我的所有财产！”
    刘私下里告诉一位朋友，他非常感激江的忠告。
     尽管如此，江被拉下了所长的位子，接受公开批斗，被迫交代自己的“错误”并写下检讨书。尽管他在心里可能有时觉得生气，有时觉得好笑，但江努力保持一个坦率正直的态度，不给那些坏蛋以任何借口对他进行变本加厉的迫害。即便如此，他拒绝为了开脱自己而牵连任何人。一段时间后，攻击他的人好像已经用尽了所有可以指控他的借口。
     是什么原因使江泽民遭受的迫害相对较轻呢？首先，他离北京和上海比较远———那两个地方被看成是滋生反对毛以及破坏共产主义的“走资派”的温床。另外，江的个人行为无懈可击：他没什么财产，从不追求浮华的生活方式。为了把迫害他的人搞糊涂，江强调他的父亲是共产党的烈士，而对他成长的文化背景和所接受的精英教育则轻描淡写。那时江还不知道，他的母校扬州中学是红卫兵攻击的早期目标，他们用鲜亮的大红色把这栋“封建”大楼涂抹得面目全非。