程颢去世后，杨时又一次北上求学，元祐八年五月，杨时投于程颢的弟弟程颐门下，到洛阳伊川书院学习。那时，杨时已40多岁，而且他对理学已有相当造诣；但是，他仍然谦虚谨慎，不骄不躁，勤奋好学。他不仅学习勤勉，而且非常尊敬老师。有一次与游酢去拜见程颐，见老师正在厅堂上打瞌睡，不忍惊动，便静静地站在门廊下等候。这时，天空正纷纷扬扬下着大雪，待程颐醒来，门外的积雪已经下得很厚很厚了，成语“程门立雪”讲的就是杨时这种好学精神和尊师重道的故事，成为今古佳话。程颐很为他们诚心求学的精神所感动，更加尽心尽力教授。杨时不负重望，终于学得程门理学的真谛。杨时学成后回到南方继续潜心研究和传播程氏理学。他为了弄清楚张载《西铭》之理，专门写信向程颐请教。他在二程理学和朱熹之间起了承前启后的作用。

杨时一生精研理学，特别是他“倡道东南”，对闽中理学的兴起，建有筚路蓝缕之功，被后人尊为“闽学鼻祖”，他的著述颇多，主要的都收集在《杨龟山先生文集》中，他的哲学思想继承了二程的思想体系，被后人称之为“程氏正宗”。杨时还用《华严宗》、《易经》的内容来阐述他的哲学思想，并用孔孟的《大学》、《中庸》、《孟子》中“格物致知”、“诚”、“形色”、“天性”等概念来丰富、扩充自己的思想。对“理一分殊”、“明镜”等学说有新的创见，还在自然观上，吸收了张载“气”的唯物主义学说。他的哲学思想对后来的罗从彦、李侗、朱熹等人产生了深刻的影响，也对我国的古代哲学，特别是思辨哲学方面产生过深远的影响。他的哲学思想流传到国外，在南朝鲜、日本的影响很大。宋嘉定十六年(1223年)宋使压到高丽(今朝鲜),国王急切地问道：“龟山先生安在?”

绍圣元年（1094年），杨时赴浏阳上任。翌年夏末初秋，浏阳县出现严重旱灾，许多农民颗粒无收，纷纷外出逃荒。杨时立即赶写《上程漕书》、《上提举议差役顾钱书》，向上反映灾情，使朝廷及时拨给赈灾粮款，将官仓三千石稻谷迅速赈济灾民，缓解了灾民的苦难。绍圣四年浏阳连降暴雨，浏阳成了“水泽之国”，大片农田被淹。杨时《上州牧书》禀报浏阳爱灾情况，请求拨粮钱赈灾和减免灾民赋庸调。

崇宁五年（1106年），杨时奉敕差充对读官，转授浙江余杭县知县。奸相蔡京借口“便民”，实际上是为其母筑坟圈地。杨时不畏权贵，坚决抵制其害民之举；并且揭露和批评蔡京专权、暴政虐民的罪行。

奸臣蔡京、童贯、朱勐、王鞴等为了迎合宋徽宗的奢侈荒淫，大肆搜刮民间奇珍异宝，建龙德宫。仅朱勐主持的苏杭应奉局，用来运送奇花异石的船只就多达2400多艘。朱勐之流还乘机敲诈勒索，大发横财。百姓怨声载道。杨时对他们的行径深恶痛绝。他在《余杭见闻》中，愤然写道：“今天下上至朝廷大臣，下至州县官吏，莫不以欺诞为能事，而未有以救之！”“今天下非徒不从上令，而有司亦不自守成法。……其如法何？”他批评朝廷：“免夫之役，毒被海内，西城聚敛，东南花石，其害尤甚。前此盖尝罢之，诏墨未干，而花石供奉之舟已衔尾矣。今虽复早前令，而祸根不除，人谁信之？”他主张“为政以德”，“爱人节用”，“节以制度，不伤财，不害民。”他还一再上疏恳请朝廷减轻农民赋税。

政和二年（1112年）四月，杨时赴萧山任县令。萧山县城周围农田易旱易涝，连年受灾。乡民曾多次要求将低田蓄水为湖，以灌农田，但都未实现。杨时到任后，认真听取乡民的意见，率百姓修筑“湘湖”，成湖3万7千多亩，周围80余里，可以灌溉农田14万6千8百余亩；即使大旱之年仍然有过半农田可以得到灌溉；而且“湖中多产鱼鲜，又有莼菜，可炊以疗饥”。后人建祠堂、描画像祭祀他。据《萧山县志》载：“政和二年，（杨时）为邑令，经理庶务，裁决如流。以民岁苦旱，开筑湘湖，以灌九乡，至今民赖其利。祀宦祠。”

杨时在朝廷任职时，不畏权势，据理直言，所言多卓有见识，所行不乏爱国之举。他以“弃军而归”、“帅臣失败”为由，对贪生怕死的童贯“明正典刑”，他还上疏斥责奸相蔡京等人聚敛“花石纲”，以为此举有“误国之罪”，“其害尤甚”，要求朝廷废除之，并坚决反对割地求和的投降卖国政策，力主抗金，挽留抗金名将李纲，但杨时反对王安石变法，上疏：“愿明诏有司，条具祖宗之法，著为纲目……”甚至认为奸相蔡京所作所为是“继神宗为名，实扶王安石以图身利”，“今日之祸，安石启之”，要求“追夺(安石)王爵，毁去配享之像”，这表现了杨时复古、保守的一面。

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