刘秀以后不设丞相，而是“虽置三公”但“事归台阁”；一方面削弱三公权力，使三公成为虚位，另一方面又扩大尚书台的职权，成为皇帝发号施令的执行机构，所有权力集中于皇帝一身。”《后汉书·申屠刚传》说：“时内外群官，多帝自选举，加以法理严察，职事过苦，尚书近臣，至乃捶扑牵曳于前，群臣莫敢正言。”、“自是大臣难居相任”。建武二十八年（52年）他借故搜捕王侯宾客，“坐死者数千人”，严禁结党营私。

中元二年（57年）二月戊戌，崩于洛南宫前殿，享寿63岁，在位33年。葬于原陵（今河南孟津县铁谢村附近），庙号世祖，谥光武皇帝。

评价

范晔评价刘秀：“虽身济大业，竞竞如不及，故能明慎政体，总榄权纲，量时度力，举无过事，退功臣而进文吏，戢弓矢而散马牛，虽道未方古，斯亦止戈之武焉。”

刘秀是个宽厚简易的人。在统一过程中，刘玄的一些手下曾参与谋害他的哥哥，他能够不计前嫌地招降并厚待；分封功臣时，不顾他人劝说，将最大的封地划到了四县之广；战争尚未结束，就将原来十分之一的税率减到三十分之一；马援为隗嚣所使，分别访问公孙述和刘秀，独为刘秀的人格魅力折服；耿弇、窦融曾专制一方，以兵多权大心不自安，而刘秀对他们未有半点疑虑。凡此种种，都成为他成功的决定性因素。甚至在统一之后，他废郭皇后及太子刘强，立阴皇后及次子刘阳（后改名庄），犹能令郭皇后到其子中山王的封国安享余年，两子之间不生嫌隙，也没有受到臣下及后人的议论。

而刘秀的明智也颇有限。他迷信图谶，时而感情用事，处事不公。以直谏逼死韩歆，因包庇险些杀死董宣，都是其帝王生涯的污点。

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