受此役鼓舞，7月17日拂晓，中日两国军队终于开始发生冲突。祖承训认为日军“蛮夷野人，安能于天朝大军抗衡哉?”，轻率地调动全部兵力进攻平壤。当时连续降雨，道路泥泞，以骑兵为主的明兵很难施展威力。当冲入好象是空城的平壤时，立刻遭到了小西行长部的伏击。日军的火铳队发挥了极大的威力，戴朝弃、史儒当场身亡，其余兵将更是死伤惨重。祖承训一天之内退到大定江，然后撤回国内。平壤攻防战使本来对明朝尚有一定戒心的秀吉再无提防之意，立即派岛津义弘增兵朝鲜，企图从陆地支援小西、加藤、黑田部。

出乎秀吉意料，因为以加藤清正为首的日军在朝鲜烧杀掳掠，无恶不作，使得朝鲜人恨极日军，各地义军蜂拥而起，甚至连和尚都组成僧兵(不是日本那种职业僧兵)来抵抗日军，逐渐代替官兵形成抗日的主力。直接导致的结果就是使日军陆地的补给线也不稳定，而且还要分掉不少兵力来.骚乱，于是秀吉不得不打消了立刻进军义州的计划。日军小行西长为麻痹明军，佯装和谈，狂妄地提出以大同江为界，将平壤以西归还朝鲜，意欲吞并平壤以南的大片领土。这种损害朝鲜人民利益的和议，遭到明朝的拒绝。

万历二十年十二月，明朝政府以宋应昌为经略、李如松为东征都督，增派4万兵力渡过鸭绿江，大举援助朝鲜。1593年1月3日明军进驻肃川，会合朝鲜士兵，开始了第二次平壤攻防战。

经过周密部署，万历二十一年(1593年)1月7日明军进军平壤，与日军的精锐部队3万人遭遇。李如松竖起一面大白旗，上书“自投旗下者免死”。次日总攻开始，李如松命游击将军吴惟忠攻北牡丹峰，副总兵祖承训伪装成朝鲜军队攻城西南，自己亲率敢死队攻东南，同时以火攻对抗。小西行长则占有地利，退缩在练光亭的土窟中用火枪不断射击，日军素轻朝鲜军队，全力应付其它两路。待祖承训登城露出明军号衣，小西信长大惊失色，赶来救援，是时李如松等已相继进城。战斗非常激烈，劲弩齐发，火焰蔽空，中朝将士奋勇当先。神机营参将骆尚志冒险登城，腹部被滚石打伤，仍然屹立不动。60多岁的游击将领吴惟忠，胸部中弹洞穿，犹奋呼督战不已。李如柏的头盔中弹，李如松的坐骑被炮击毙，都置之不顾，愈战愈勇。激战到近中午，日军纷纷逃窜，中朝军队凯旋入城。此战共消灭敌人1万余人，俘虏无数，逃散日军不及总数的十分之一，从根本上扭转了朝鲜的战局。朝鲜史书称：“正月初八日壬戍进攻平壤，不崇朝而城破，除焚溺斩杀之外，余贼丧魄，逃遁。其军威之盛，战胜之速，委前史所未有。”二月，朝鲜军民也在幸州守城战中击退日军，取得辉煌胜利。朝鲜爱国官兵在明军的协同支援下，一举收复西京、开城、汉城，日军退据釜山，朝鲜国土几乎全部光复。

2月19日，明军进驻开城。加藤清正此时已经将其屠掠一空，焚城南逃。2月27日，李如松领两千人在汉城附近的碧蹄馆同日军发生遭遇战，幸亏大将杨元赶来救援，才退回开城。当时京城日军有4万多人，是日军的精锐部队，绝对数就比朝中联军要多。李如松决定先确保开城一线，一边等国内新增援兵，一边整顿朝中联军。

丰臣秀吉得知己军受挫，粮饷不足，疾病流行，便假意与中国议和，以诱使明朝撤兵，虽然朝鲜国王极力要求复仇，但明朝内部以兵部尚书石星为首的主和派占了上风，遂与日本和谈罢兵。和谈从万历二十一年三月起，拖延了近四年。3月22日，明使沈唯敬前往龙山同宇喜多秀家谈判，议定日军4月19日退出京城，明军随即进驻。5月2日，侵朝的日军大部分退到了釜山一带。秀吉不甘心就此失败，遂一方面在庆尚、全罗道修了18座城堡，一方面运用外交手腕，派小西如安前往北京递交日本的和谈条件。鉴于日军可能不会再有大的军事活动，明军大半在1593年八月回到国内，只留下一万人驻守朝鲜。李舜臣被朝廷任命为三道水军节度使，掌管了朝鲜全部水军，整饬军队，建造战船。而秀吉也不断地利用谈判时间补充兵力，运送武器给养，以备再战。

谈判一直持续到了1596年9月，日本提出的无理要求，被朝鲜和中国方面拒绝，和议最后破裂。秀吉认为日军已经有能力再战了，但首先他要设法除掉李舜臣。1597年1月，小西行长用秀吉的计策，利用朝鲜的党派之争，派人在汉城散布谣言，陷害李舜臣，结果李舜臣被捕入狱，被押送到京城。得知反间计成功后，秀吉立刻于2月21日再度调动14万陆军和数万水军侵朝。从动员到集结就绪共花费5个月时间，在7月准备完毕。

万历二十五年(1597年)夏，丰臣秀吉又派军从水陆两路进犯，7月7日，九鬼嘉隆要一雪前耻，一举重创元均为首的朝鲜水军，又配合陆军水陆夹击漆川岛的朝鲜水军，朝军几乎全军覆没，日军控制了制海权。8月1日，1万4千日军三路进攻全罗道，正好赶上明军进驻全罗、忠清。大将杨元率3000人守卫南原，但寡不敌众，两千七百余人战死，杨元负伤。

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