1636年，皇太极将国号改为 “清”，同时也改元“崇德”。1644年李自成攻入北京，明朝覆灭。清军一路屠杀，收买汉奸，逐步攻取全中国政权，最终建立统一中央王朝——清朝。清军入关之初，为了巩固统治，从外貌上消除汉满差异，防止激起汉人知识分子的华夷之辨，下令“剃发易服”。但是剃服令却激起了汉人民众强烈的排斥反抗，清军对汉人民众进行了残酷的屠杀，从北杀到南，制造弥天大罪，导致人口锐减，社会经济文化倒退。清代广泛实施文字狱，钳制知识分子思想。
    在稳固统治之后，清帝逐渐进行补救。先后追尊崇祯帝庙号，兴建帝陵等。在官方史书中，亦悲悯崇祯帝“非亡国之君”。称李自成“流寇"等。清军入关之初的屠戮和文字狱客观上是使得中国经济文化倒退，社会进一步走向保守，封闭，中国近代积贫积弱由此出。
    康熙时期，准噶尔部首领噶尔丹在俄国政府的怂恿支持下，于康熙二十七年(1688)进攻喀尔喀蒙古，并借口追击土谢图汗部余众，进军内蒙古乌朱穆沁。 康熙帝3次率军亲征漠北。二十九年七月，他亲自进驻博洛河屯(今河北隆化)节制全军。八月一日两军在乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗境内)交战。噶尔丹仅率数千人逃回科布多。
    
        三十四年五月，东犯克鲁伦河(今蒙古国境内)以北巴颜乌兰。三十五年五月，康熙帝命费扬古统帅清军在昭莫多(今蒙古乌兰巴托南之宗莫德)与噶尔丹主力军队激战竟日，噶尔丹军阵大乱，清军追击30余里，歼敌数千。噶尔丹率残部仓皇西逃。次年春，康熙帝亲赴宁夏，进剿噶尔丹残部。同年三月，噶尔丹暴病而亡。继噶尔丹成为准噶尔部首领的策忘阿拉布坦，于五十五年进犯西藏。次年十一月攻占喇萨(今西藏拉萨)，造成西藏地方动乱。五十九年八月，清军进入喇萨，控制西藏政局，准噶尔残部逃回伊犁。
    雍正时期，雍正五年(1727)噶尔丹策零继策妄阿拉布坦为准噶尔首领后，即遣使清廷要求派人入藏熬茶(向喇嘛寺庙发放布施)，清政府未允其请，并令噶尔丹策零将发动叛乱的青海和硕特部贵族首领罗卜藏丹津送回。一年之后， 雍正帝决意出兵准部。八年，噶尔丹策零押送罗卜藏丹津的队伍行至中途，探知清军西进来讨，便返回伊犁。九年六月噶尔丹策零大败清军。十年六月，噶尔丹策零进掠克鲁伦地区，与清军相遇，双方在额尔德尼昭(光显寺)激战，准噶尔军队中伏被围，仅噶尔丹策零等率残部突围。
    乾隆时期，清政府为了完成对西北边疆地区的统一，曾两次出兵准噶尔部、进军伊犁。乾隆十年(1745)噶尔丹策零死。十七年达瓦齐在阿睦尔撒纳支持下夺取了准噶尔部统治权，不久两人又发生火并。十九年阿睦尔撒纳投清。清政府决定进军伊犁。二十年五月，达瓦齐退守格登山(今新疆昭苏县松柏边卡)，遭清军夜袭，达瓦齐越天山奔南疆，在乌什为回部霍吉斯擒获，押交清廷。八月，阿睦尔撒纳发动叛乱。清政府于二十一年三月占领伊犁，阿睦尔撒纳逃入哈萨克阿克赉牧地。
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