1644年明朝亡国后，反清遗臣朱舜水逃亡日本。水户藩二代藩主德川光囶敬仰朱舜水的才德，将他迎到江户(东京)，行弟子礼，舜水开始在日本讲学。舜水追求务实，实理实学，批评日本朱子学空洞务虚。朱舜水身居异国，向弟子警示明朝灭亡的道理。德川光囶从朱舜水那里吸取了儒家的忠君爱国、大义名分思想和重史、尊史、尚史的史学思想。此后，德川建立的日本“水户学”，成为明治维新以来近代日本社会主要精神力量。此外，不论日本省庵学的鼻祖安东守约，还是古学鼻祖山鹿素行，都是朱舜水的高足。

朱舜水并不自诩阳明传人，他以极高的品格博得各界尊重，自由施教的学风使其与弟子间建立全新的友情。除了得其真传的弟子，间接受其影响的人也很多。当时践行阳明学“知行合一”者，必走舜水探求实理实学之路。

当然，日本社会的启蒙与江户以后重视实学教育也有关联。读书不是为了做官而是为了生存，是江户教育的一大特点。江户的寺庙在各地办学，通常都叫“寺子屋”。教的课程是，读(千字文、汉文)、写(信、告示、诉状、商品名、收条、借据等)、算(算盘、记账方法)。内容五花八门，将来只要有用就让孩子们学。到1850年，日本人的识字率已达70%-80%，而英国产业革命后期的识字率仅20%-25%。可以说日本社会已经基本完成迎接大变革的思想准备。

明治维新时期的著名启蒙思想家福泽谕吉也是阳明学的信徒。他认为，国家的独立首先必是民众的自立，有自主意识才能自立，能自立者一定会自强，而当他们接受“民主”、“自由”理念时会很珍惜，很好地运用。而自卑的百姓希望有德者管理社会，久而久之会从相信变崇拜再到迷信。福泽的启蒙书卖了300万部，相当于每10个日本人中就有一读过他的书。

遗憾的是，王阳明的“良知”这一基本准则没有被日本人深刻理解。日本强大后，自恃武力，走向歧途。福泽后来成为“脱亚论”的倡导者，他对中国和朝鲜不屑一顾，“人民不开化，作为敌手就不足为惧，作为朋友就不足利用”，他甚至说“日本应该站在欧美的立场去看待今天的支那和朝鲜”。

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