作为清军统帅的叶志超，在此关键时刻却没有看到这些有利因素，他只看到玄武门的失守和奉军统帅左宝贵的战死，因而丧失了抵抗信心。当晚，他召集各统领商议放弃平壤，撤军至鸭绿江设防。诸将中只有马玉昆提出反对，叶志超不听，于是下令部队撤离平壤。

当夜8时，清军开始撤退。叶志超传令放弃辎重，轻装持械，趁夜而退。当时，大雨倾盆，清兵冒雨蜂拥出城。日军在黑暗中听到人马奔腾，以为是清军劫寨，于是拦路截杀。清兵混乱中不分敌我，胡乱放枪开炮，误伤累累。经过整整一夜，清军全部退出平壤，在混乱中死伤人数达到二千多，远远超过了在战役中的损失。16日拂晓，日军进入平壤，发现城内已没有清军一兵一卒，而被清军丢弃的武器、弹药、粮饷和其它物资无数，尽数为日军所得。

当初清政府听信叶志超谎报牙山战功，任命他为入朝诸军统帅，实乃一大失误。叶志超作为一个败军之将，一味消极防守，几次错过了趁敌未稳，主动出击的机会，最后主动撤出平壤，导致清军雨夜之溃。清军装备最精良的北洋陆军由此锐气顿失。日本历史学者说：“苦于粮食不足、担心清兵加强防御阵地的野津师团长，感到后援的第三师团一到，补给将 更加困难，于是决定在后援部队尚未到达时，便以第五师团进行强攻，这种作战是极其冒险的。如果连续激战两天以上，那么弹药和粮食将同时失去补给，只有放弃围攻，实行退 却。”

平壤失利的消息传出，清政府震动，下令严办。叶志超被械送京师，由刑部定斩监候。连在平壤战役中立有军功的卫汝贵，也因没有反对叶志超撤兵和在朝鲜纵兵抢掠而被斩决。平壤战役后，清军全部退至鸭绿江边，日军于是完全控制了朝鲜。

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