建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋金陵。十三日进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。

“靖难之役”历时三年，前期作战南军连连败藉。但自济南保卫战后，南军主力屯驻德州，相机出击，以遏燕军。德州处在运河线上，南北交通便利，燕军自河北南下，始终处在德州的监控之下。燕军南攻时，南军或自德州横出断其归路，或袭扰其补给线，或乘虚北攻。所以，虽以朱棣之善用兵，南军再未出现过战争初期的那种大的挫败，燕军势力基本上被阻在山东以北。朱棣未克山东，故虽屡战屡胜，激战两年半，却始终未能打开局面。等到他越过山东，直趋金陵，半年时间便夺取了政权。

不过，朱棣撇下山东，径直南下，实属铤而走险。南北朝时，刘宋皇帝刘义隆进攻北朝的魏国，而北魏以它的国力和北魏太武帝拓跋焘之雄才大略，在击破刘宋黄河一线之军后，开始兵分五路，大举向南反击，长驱江淮，兵临瓜步，饮马长江，当时北魏太武帝达到了震慑南朝的目的，而未敢渡江以争江南。反观，朱棣的这种战术也只能在那时特殊的形势下才有可能成功。自明初朱元璋杀功臣后，明廷已无堪与朱棣相匹敌的将才，所以朱棣南下才有恃无恐。其次，“靖难之役”在那个时代的观念中，纯属一家一姓内部之争，所以建文帝虽一再下诏“勤王”，但真正勤王者少，而归顺燕军者多。不然，朱棣孤军南下，建文帝只需坚守金陵，坐待四方勤王之师会合，山东方面则截断燕军的补给线和退路，那样的话，朱棣处境势必极其危险。因此，换上另一人，换上另一种背景，则断不敢冒险采取这种战术，置山东于不顾。

战争虽结束，与此相关的历史却在发展。燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建 文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终;又有一说建文帝逃至东南亚，郑和下西洋的其中一个目的就是寻找建文帝。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。

当上皇帝的朱棣，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等被整族整族地杀掉： “命赤其族，籍其乡，转相扳染，谓之瓜蔓抄，村里为墟。”有“读书种子”之谓的方孝孺，因不肯为朱棣撰写即位诏书，九族全诛，这还没完，又将其朋友门生作为一族全部杀掉，十族共诛873人。这次清洗极为残酷，共有数万人惨死于朱棣的屠刀之下。

四年的“靖难之役”，给明初刚刚有所恢复的社会经济以较大的破坏，而直接遭到战争践踏的地区，破坏可为严重，上称“淮以北鞠为茂草”，当为真言。

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