战争结束不意味着“缅因号”爆炸的原因尘埃落定。人们发现，在战争中缴获的西班牙官方文件中，没有找到任何西班牙官方刻意炸毁“缅因号”的证据，反而发现西班牙人也曾开展过调查。西班牙人的调查结果认为，“缅因号”爆炸有几个因素需要注意：一是如果是水雷爆炸应当看到冲天的水柱；二是当晚风平浪静，如果用水雷只能用电线电起爆，但是现场没有发现任何电线；三是一般水中的爆炸会炸死很多鱼，但是现场没有看到死鱼；四是一般水雷炸船很难引起弹药舱爆炸，而这次爆炸的弹药舱紧挨着煤舱。但是，当时由于美国的压力，西班牙的这份调查报告根本就没有能够公开。

并不是所有美国人都认同美国海军的结论，他们认为最大的可能有两个：一个是水雷被放在了军舰底部发生了爆炸；另一个就是“缅因号”A16号煤舱煤的自燃引爆了隔壁的弹药舱。他们的认识与西班牙的调查比较接近，甚至有人认为“缅因号”爆炸是美国人自己干的，为的就是找借口开战。

1908年，古巴希望将“缅因号”残骸从港口中运出去，以保障航运安全，美国也希望安葬“缅因号”官兵遗骸，做好善后，由此双方联合开展了“缅因号”遗骸清理工作。从1910年11月开始，一个巨大的防水围堰筑了起来，中间的水被抽干，“缅因号”的残骸被编号运走。1911年11月，美国派出以海军军官弗里兰为首的调查团研究“缅因号”。这个调查团发现了更多细节，比如弹药库确实是被引爆的，但爆炸远比预料的大，一个水雷可能难以造成如此大的破坏。

1976年，美国海军军官海曼里科弗发起了一次私人调查。里科弗和几个美国科学家搜集了详细的资料，进行了认真的分析，里科弗还写了一本170页的书———《“缅因号”战舰是如何毁灭的》。他们认为，爆炸的源头应该在内部，具体来说应当是自燃的煤造成了整个爆炸。煤舱中煤的自燃是一个频发的问题，在美西战争中也有几艘船因自燃而损毁。当时美国军舰使用的煤含有沥青，容易自燃。自燃是可怕的，但是最可怕的是发生自燃的A16号煤舱紧挨着弹药舱，两舱之间竟然仅有一道不隔热的钢墙。

1999年，美国《国家地理》杂志也开展过调查，他们通过构建电脑虚拟模型，认同里科弗等人的看法。但是，仍然有很多人不认可这些结论，他们认为“缅因号”的防自燃措施是完备的，而且“缅因号”的煤已经存放过两个多月，更加不容易自燃。也许，引起美西战争的“缅因号”事件将永远是个谜。

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