《三国演义》对此的解释可谓深入人心。在该书的第七十八回中，罗贯中详细地描写了曹操杀华佗的经过。

曹操为造建始殿，亲自挥剑砍伐跃龙祠前的梨树，得罪了梨树之神，当晚做了个噩梦，惊醒之后便得了头痛顽症，遍求良医，均不见效。

后来，华歆向曹操举荐了华佗，曹操立马差人星夜将华佗请来为他看病。华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻肺汤”(按：也就是人们所熟知的“麻沸散”，是华佗发明的一种麻醉剂)，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。

多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇。于是他命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，而华佗所著的《青囊书》也因此失传。华佗本为“士人”，入仕为官才是他的人生目标，从医仅是“业余爱好”。

关于华佗之死，在民间流传最广的就是小说《三国演义》中的记载，曹操是杀死华佗的罪魁祸首，人们把指责和谩骂都指向了曹操。但也有一种声音认为，华佗之死，是他自己要挟曹操的结果。

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