9月，李宗仁派甘介侯赴美活动，甘对国务次卿腊斯克说，共军渡长江时，李已拟任命孙立人为台省主席，孙绝对效忠于李。于是，腊斯克派遣在二战中与孙立人一同作过战的莫里尔准将赴台，探询孙立人倒蒋的可能性。孙立人未作正面回答，只是发了一通牢骚。1990年普林斯顿大学出版的《韩战起源》一书提及：1949年12月，美国前任驻台北总领事克伦兹会晤陆军副总司令孙立人，称若孙同意控制国府，则美国将坚决支持他。孙立人拒绝了。那时撤到台湾的文武百官、情治系统等多为蒋介石的亲信嫡系，孙深感无能为力。1950年1月，麦克阿瑟派其得力助手、东京盟军总部情报处处长韦洛比将军访台，劝蒋介石将权力移交吴国桢，并离开台湾；若要留台，则不应干预行政，麦帅总部愿派一位高级顾问赴台协助他。蒋对此建议，予以坚决拒绝。

1950年2月11日，麦克阿瑟派专机到台湾接孙立人赴日。据麦帅档案记录，麦克阿瑟在会谈中勉励孙立人负起保卫台湾的责任，保证尽量提供军援。孙返台后向东南军政长官陈诚报告了会谈情况。赴日前，孙曾向陈诚呈报，并在后来辩称是麦帅总部主动邀他访日，但《顾维钧回忆录》指出，是孙立人主动要求共和党参议员佛格森安排他同麦帅会晤的。孙立人访日之行更加深了蒋介石对他的猜疑，事实上任何一国的元首都不会允许手下的高级将领同外国人建立反常关系，何况戴笠麾下的情报机构早在抗战时代，就侦悉孙立人与美国战略情报局特工接触频繁，这种不正常的来往一直持续到20世纪50年代。史迪威解职回美国后，孙立人曾以中国军官的名义发动上书罗斯福总统，要求让史迪威重返中国，这些都是逾越名分、干犯大忌的行径。

      从1949年五六月间美驻台北领事艾嘉致国务卿的七封电报可知，孙立人对美国外交官一直埋怨陈诚故意雪藏他，以至于他有职无权，他希望军民分治，又说台湾局势已发展到人心思变的地步，还抨击陈诚、彭孟缉等人起码落后于时代五十年云云。身为军方要员，向外国官员责骂本国政府，自然是越轨之举。

美国国务院自1950年初开始，紧锣密鼓地推动台湾政变。国务院中国科于1950年2月20日拟订“台湾政变草案”，建议以孙立人为斩府攀旗的政变指挥官，推翻蒋政权，以“反共，保台，联美”为政变宗旨，对蒋的处置方式则以软禁或放逐为主。

1950年3月20日，美国中情局一份机密报告称：“近几个月的报道显示，受过美国教育、现负责台湾防务的孙立人，正计划发动政变，俾使蒋介石成为有名无实的领袖，且铲除其亲信。”4月下旬国民党部队撤离海口后，美国驻台武官巴瑞特向国务院发了一通极机密电报，引述孙立人的话说：蒋介石及其党羽已到了“混乱与绝望”的状态，孙建议采取“剧烈的行动以挽回狂澜”。巴瑞特4月27日会见孙立人时，孙主动提出“蒋介石问题”。腊斯克于5月1日见到此电，两天后的5月3日，国务院政策计划处官员尼兹在一次秘密会议中正式提出了由孙立人发动兵变以倒蒋的方案。方案说，政变目的乃是“彻底铲除国民党的所有重要官员，由孙立人掌控全部军权”——这些工作必须在四十八小时内完成。政变后的政治真空则由美国调集官员去填补——三天之后，美国派出一批最能干的官员到台湾充任当地政府的顾问，使台湾成为亚洲的橱窗，并作为对抗苏联的秘密文宣基地。5月3日腊斯克呈交艾奇逊一份演示文稿，指出美国已在台湾部署秘密行动，以武装支持岛上的台湾领袖，他建议告知蒋介石，嘱其离开台湾，将权力交给孙立人，然后由联合国决定台湾前途。一旦台湾获联合国托管，杜鲁门总统即宣布撤销1月5日不协防台湾的声明。次日，腊斯克与艾奇逊开会决定通知蒋：他唯一的出路是请求联合国托管，美国会支持这项请求，并派遣第七舰队协防台湾。腊斯克承认，第七舰队巡逻台海，固然为保护台湾免受中共攻击，但也是为了防止蒋介石偷袭大陆。

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