关于太子的命运，还有一种说法，说他逃出宫后，被一个贫苦的老太太收养。但是老太太家里实在太穷，只好把他送到国丈周奎的家里。当时长平公主也在周奎府中，姐弟二人见面后抱头痛哭。周奎举家向太子行君臣之礼，并问太子：你一直藏在哪里?太子回答说：城陷之日，我单独藏匿在东厂门外。一日夜出，潜至东华门，被一个贫苦的老太太收养。后来又将我送到崇文门外的尼姑庵中，在那里假装贫困无依的孤儿住了半个月。但是，周奎胆小怕事，不敢长时间收留太子，皇太子无奈再次流落街头，后来被巡逻的清兵以“犯夜”罪逮捕，交给刑部审理，皇太子向审理的官员说自己是前明皇太子，但是刑部主事官员，认为皇太子绝对不会这么名目仗胆的说自己是皇太子，就断其为假冒太子。但为慎重起见，刑部主事钱凤览就找来原司礼监太监王德化等人前来辨认，结果果真是皇太子。于是钱凤览见事情重大，立即上报多尔衮，多尔衮认为皇太子如果活在世上，就是明朝遗老遗少的一面旗帜，于是下令将皇太子处决。

除了以上两种说法，还有一种说认为，皇太子成功地逃出了北京，顺利逃到南方。后来被南明小朝廷的李继周接往南京。行前太子问李继周：“迎我进京，是让我做皇帝吗?”李继周说：“此事臣不知。” 其实这时的南明处于福王朱由崧的控制之下，他听说崇祯皇帝的太子前来投奔，这还得了，如果证明这个少年真是太子，他就得归政于太子，那他就无法当皇帝了。所以皇太子到南京后，他没有直接的接见他，也没让他入宫，而是被安排在兴善寺暂住，并派两名太监去见太子，辩认真伪。两人见了之后，说果真是皇太子，福王大怒，处死了两名太监。后来又让原总督京营太监卢九德去辨认，卢九德鉴于前车之鉴，不敢表态，只说有些像，却认不真。皇太子在南京的消息传出去之后，引发了小朝廷的政治危机。朝臣们分成了两派，处于长江中游的左良玉等人以拥护皇太子的为名率军入京，江北的黄得功、刘良佐等总兵也上疏要求善视太子。福王为了保住自己的皇位，就想方设法除掉这位真假未明的皇太子。他逼迫曾经充任太子讲官的王铎，一口咬定太子是假。并将太子下狱审讯，说假太子真名叫王之明。并下狱收监，还没来得及处置。南明小朝廷就被清军攻破。南京百姓冲入监狱，救出了皇太子，只可惜几天之后，太子落入清军之手，后被多铎处死。

随着岁月的流逝，关于崇祯皇子们的传说，并没有销声匿迹，直到康熙年间，以“朱三太子”为号召，举兵抗清，这就是著名的“朱三太子案”。康熙十二年冬(1674年1月)，北京有个叫杨起隆的人，诈称自己是朱三太子，组织旗下奴仆﹑佃户，密谋起事。后来因为事机漏泄，被清廷镇压，杨起隆逃走。康熙十九年，在陕西汉中有有人自称朱三太子反清，清廷指其假冒，在京磔死。三藩之乱之时，福建蔡寅也有人诈称朱三太子，拥众数万，与台湾郑经勾通反清，被清军击败于天宝山。康熙四十年后，江苏太仓﹑浙江大岚山等处反清力量均称拥立朱三太子。四十七年正月，捕获在浙江大岚山起兵抗清的张念一，四月，清廷根据他的口供在山东汶上县捉获张姓父子，指为起义军所拥立之朱三，押解至浙审问。张供认本名朱慈焕，系崇祯帝三子，长期流落河南﹑浙江等地，先后改姓王﹑张，以课读糊口，时年已七十五岁，与江南﹑浙江等处反清力量并无关系。但清廷指其伪冒明裔，以“通贼”罪仍将朱氏父子解京处死。朱三太子一案从此才告终结。

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